抗日战争爆发后，于会川根据党的指示，辗转徐州、济南等地，先在“东北救亡总会”工作，后到山东聊城爱国将领范筑先部，任高级参谋兼政治干校副训育长。
1938年4月，经党组织批准，共产党员周持衡将于会川推荐给山东一专区（泰山西一带）专员郁仁治，任专署军事科长兼保安部队参谋长。是时，中共山东省委领导的山东西区人民抗敌自卫团亦活动于泰西一带，开辟了以泰肥山区、大峰山区，平阿山区为依托的泰西抗日根据地。郁仁治为扩大势力，抢占地盘，企图把自卫团编入他手下的保安团。自卫团根据中共山东省委书记郭洪涛“可以在人家的旗帜下发展自己”的指示，拿出两个大队（当时共17 个大队）名义上编为泰西保安团的两个营，但自卫团保留对这两个营的指挥权和人事安排权。同时，自卫团提出要派自卫团的人担任泰西几个县的县长。郁仁治虽没有同意派自卫团的人任县长，但也不便派自己的亲信，遂派与自卫团有来往的于会川及省府宣传队的周持衡、邹鲁凤①（系中共党员）等任肥城、东平、平阴等县县长。
1938年6月，于会川就任肥城县抗日政府县长。于会川任县长后，在中共泰西特委肥城县委及开明士绅刘继河等支持下，组建了由共产党员和进步人士为主要成份的县政府，以成份比较好的二区区队为基础重新组织起500余人400余支枪的肥城县保安大队，于会川兼任大队长。为保证党对这支队伍的领导，于会川要求特委为五个中队配备了政工干部，组织了政治宣传队，加强了思想政治工作，使保安大队成为党领导的泰西抗日武装的主力之一。然后，肥城县委及抗日政府巧妙地利用于会川的“合法权力”对区乡政权进行了改造，派共产党员（如三区）和进步人士（如一区）担任乡长。为建立巩固的抗日根据地打下了基础。
长期的革命斗争，使于会川深深懂得党的统一战线政策的重大意义。所以，他非常注意执行党的统一战线政策，善于团结各界爱国人士共同抗日。肥城有影响的士绅刘继河，开明士绅李开印、董羽笙等在他的争取下都热情投入抗日的行列，为党的事业奋斗了一生。
肥城县保安大队在于会川的指挥下，与山东西区人民抗敌自卫团互相配合，密切协作，多次打击下乡骚扰的日军。19 38年夏，于会川带领保安大队部驻东西焦庄，正遇肥城的日伪军30 余人到牛家庄带抢粮。于会川分析了双方的情况，决定迎击敌人。他指挥部队隐蔽地占领了牛家庄带的有利地形，以逸待劳。当先头的伪军进至纪家洼南牛家庄北时，于会川一声令下，战士们一起开火，打得伪军晕头转向，丢下一具具尸体，狼狈逃窜。后面的40多名日军见势不妙，固守一块坟地，以坟头为掩护负隅顽抗。于会川当即命令部分部队在两侧牵制敌人，命五中队从正面发起进攻但由于敌火力很强又有坟地可依托，强攻没有凑效，双方形成对峙局面。于会川认为硬打已不可能取胜，即命大部队佯装败退，自己带领一个小分队迁回到牛家庄南，伏击追击之敌。日军见于的保安大队撤退，果真钻出坟地组织追击。这时，于会川躲在一棵大树的土坎下，用长枪瞄准敌人， 一连 3 枪，打倒3 个日军。撤退的部队也向敌人反扑过来，击毙敌人七八名。敌人掉头向城里逃去。
战斗结束后，部队驻东尚里村（今属新城镇）。于会川对全体指战员说：“这次战斗打死了10 多个鬼子，在肥城是头一回，是个胜仗。但是我们200 多条枪，打40多个日本兵，还没有全把他们消灭，太可惜了。”并讲了一名战士要求县长发支不走火的枪的事。使大家懂得了加强军事训练，提高军事素质的重要性，调动了大家的练兵热情。在村南一个大院里，他亲自向战士们讲解手榴弹的性能和使用方法，讲解长短枪的瞄准要领，手把手地教战士们学习军事技术，严格要求， 一丝不苟。经过这样经常训练，提高了部队的战斗力。
日军在牛家庄战斗中吃了亏，气急败坏地寻机报复。不久，日军探知于会川的部队驻防尚里，便组织优势兵力进行合击。在强敌进攻面前，于会川镇定自若。他在指挥主力部队向虎门转移的同时，派遣一个中队迂回到敌人背后，自己带一队人马边打边撤，吸引敌人。当迁回部队在敌后发起攻击后，于部反戈一击，合围敌军之一路，毙伤日军10 余名。
于会川不但能征善战，而且为人正直，治军治政有方。他任县长不久，一些县衙和区乡的旧僚，纷纷携带礼品到县府驻地“祝贺”新县长就任。于会川见状，先派人热情接待他们，然后指着他们送的礼品说：“这些东西是你们自己掏钱买的？还是向百姓敛的？要是你们个人花钱买的，可以作为你们对抗日政府的资助收下，如果是向百姓敛的，请你们带回去退还给百姓，你们若是不说实话，或不照本县长说的办，我就先拿你们开刀， 定严惩不贷，”乡绅们没想到，还有给东西不要的县长， 一时不知所措。于会川问了几位长者的姓名，缓和了一下气氛又说：“请你们回去捎个信，没有来的就不要让他们来了，你们今天都把东西拿回去。我这个县长和别人不一样，是奉命来抗日的，不搞‘一朝天子一朝臣’。凡是支持和同情抗日的我都欢迎，凡是真心为百姓办事的我都重用”。乡绅们见于会川如此廉明正直，纷纷议论：这个于县长还真象个青天哩。从此，“于青天”拒礼的事就在肥城传开了。
于会川穿着朴素，曾以“布衣县长”载誉全县。刘继河见他身体不好，又是40岁的人了，还要与战士一块滚地铺，卧荒野，就把自己的一件狐皮大衣，改成一件皮夹袄送给他。于会川见他不惜以大改小，如此重义，当面难以谢绝，但不久他就借口皮袄生了虱子不好捉，退还给了本人。
为了便于爬山行军，于会川也让警卫员给他弄了双山里人穿的前面带钩，后面带襻的铲鞋。战士们看到县长穿着一般青年都不爱穿的铲鞋笑着说：“哈哈，开天辟地还没见过县太爷穿铲鞋哩！'于会川风趣地说：“这叫小金钩。穿上它能行军、能爬山，又耐寒又结实，一脚能踢死个鬼子。这是抗日县长特有的待遇，其他县长想穿还没资格哩。”
于会川非常体恤民情。他经常教育政府人员和保安部队的干部战士说：“我们是老百姓的政府和军队，不是老爷衙役。老百姓都是我们的父母、兄弟、姐妹。为他们效力是我们的天职，欺压他们就是不忠不孝不涕。”他不但严格要求别人，更能严以律己，为人师表。因长期征战，于会川患有慢性肠胃炎，有时病得拉不动腿，但他从不叫身边的人向外说，更不准特殊照顾。牛家庄战斗时，于会川正病得厉害，警卫员解光临、张晋给他炒了几个鸡蛋想让他补补身子。于会川见了，沉着脸问： 菜是哪来的？大家都有吗？”解光临等忙解释说：“鸡蛋是我们自己花钱买的，花椒芽是在山上摘的，听说鸡蛋能补肚子，是专门做给您吃的”于会川深情地望着两个十六七的小鬼说：“你们的好意我知道。可你们想想老百姓听说你们是为我买的鸡蛋，他们能多要钱？我是人民的县长，只能为人民办事，不能沾人民的便宜。还有那花椒芽，我们吃了这盘，群众就要少收好多花椒。这是头回，我不难为你们了，但这也只能是最后一回。 ”
按专署的规定，各县要每月上交部分粮款给专署。但于会川觉得，战时政府和军队无固定地点，走到哪吃到哪，加上日伪军的横征暴敛，群众的负担已经够重了，如果再按常规收缴赋税，群众哪里还有生路？ 所以一直没有向农民群众按例征收粮款。即使收一部分，他也只是象征性的给郁仁治一点，多数则接济了山东西区人民抗敌自卫团。
于会川的所做所为，引起了郁仁治的强烈不满。郁仁治忿忿地说：本期望于会川能成为我的左膀右臂，没想到他竟与我分道扬镰。1938 年9 月，郁仁治决意以克扣上交粮款为由，加罪于会川。一日，他通知于会川到演马庄（今属肥城王庄乡）会面。县政府及保安部队的干部战士都认为郁仁治定没安好心。怕有不测风云，劝他不要去。于会川分析了当时的形势，认为郁仁治在肥城的力量不大，群众不拥护他，而保安队却人多势众，又有自卫团作后盾，量他不敢轻举妄动，决定请示泰西特委后前去会他。为防不测，自卫团与保安队在军事上做了充分的应变准备。
于会川到郁仁治住处后，先以礼相见，给郁恭恭敬敬行了个军礼。于会川见郁仁治不予理采，料定他准没有好言语，便先发制人满腹牢骚地说：“郁专员，我们是你领导下的抗日武装，1000 多人要吃饭穿衣，要补充枪支弹药，而你三四个月不给我们一文钱，一粒子弹，叫我们怎么抗日？”郁仁治本要问于会川的罪，没想到自已倒先受到责问，气得脸色铁青。于会川接着又以请求的口气说：“郁专员，请给我们发粮发晌，不然我们就不能坚持抗日了”于会川不卑不亢，使郁仁治一时不知该如何结局。动硬的于会川早有准备，街内村外都有自卫团和县保安大队的部队；不了了之，又怕被下属耻笑只好悻悻地说：“我也很困难各县都交不上粮款来，让我怎么办？先给你们200个手榴弹吧”然后把于会川让到里尾，拿出地图转开话题说：“我叫你来主要研究攻打肥城一事。我决定后天攻打肥城。我率专署部队攻打北门，命你率县保安大队攻其南门。上午10 点正式发起进攻，违者军法处之”。
于会川知道这是郁仁治的缓兵之计，同时也是条毒计。如于会川不去攻打肥城，郁仁治即可按他个违抗军令、畏敌不前的罪名；如果于会川真的去打肥城，就可借日本人之手削弱其力量。于会川则针锋相对，作了两手准备。将保安大队拉到康王河南伊家沟待命。然后派出一个武装小分队向县城接近，察看郁仁治的动静。当小分队见郁仁治部根本就没有向肥城开进后，向城里打了几枪便自动撤出战斗。
10 月，郁仁治见无法公开治罪于会川，便无端下令撤了于会川的县长职务。郁仁治的倒行逆施引起了肥城人民的无比愤慨，纷纷集会上书，要求郁仁治收回成命，要求于会川继续当县长。在次群众集会上，刘继河慷慨激昂地讲了段于县长的家史和他的为人，深深地打动了群众最后，刘继河激动地说：“于县长是东北人 ，有很高的学问，他既不图升官发财，也不去追求名利地位，而是为了赶走日本帝国主义，不使我们中华民族当亡国奴，才背井离乡来到我们肥城的。过去那些国民党的县太爷们，吃的是七个盘子八个碗，穿的是绞罗绸缎，而我们于县长却吃的是窝窝头加青菜汤，穿的是粗布衣和青铲鞋，干的都是为了咱老百性，时刻都会流血牺牲的事，他却连一文薪水都不拿。开天辟地，大家见过这样的县长吗？"
群情激昂，振臂高呼：“于会川是人民的县长！坚决跟于县长抗战到底！"
郁仁治一意孤行，顽固坚持其立场。泰西特委为维护泰西的统一战线，同意于会川放弃县长职务，但不变机关，不放弃对区乡政权的控制，不交军队。为尽量减少与顽固派的磨擦，肥城县保安大队，暂时使用了范筑先新属的鲁西北抗日游击总司令部第十七支队的番号。于会川任司令，张维之任副司令，仍活动于肥城一带。
郁仁治撤销于会川的县长职务后，先派杨学贤任肥城县县长，但肥城人民不承认他这个县长。杨学贤跟着于会川转了10 多天、没有弄到一人一枪，自觉没趣，溜了，后来，郁仁治又任命朱伯铭任县长，因肥城各界的强烈反对，朱未敢赴任。
1938年11月，中国共产党领导下的泰西抗日武装改编为八路军的山东纵队。肥城县保安大队改编为六支队三团，于会川任团长，李文甫任政委。是月，郁仁治部遭日军袭击，郁仁治阵亡。沈鸿烈任命河北民军一部之头目田家滨（自称旅长）为肥城县长。
田家滨任县长后，自恃有人有枪，不事抗日，经常与六支队等抗日武装搞磨擦，并逐步发展到抢掠百姓，关押吊打抗日干部。全县人民忍无可忍，1938年9 月，掀起了“驱田运动”，将田家滨赶出了肥城.
驱走田家滨后，肥城各界代表聚集焦庄，民主选举肥城县县长。根据泰西地委（由特委改称）提议，大家一致同意前县长、六支队参谋长于会川兼任肥城县抗日民主政府县长。
于会川就任抗日民主县长后，建立了近40 人的警卫队，加强治安管理同时，发动广大农民开展了轰轰烈烈的减租减息和简易合理负担工作，减轻了贫苦农民的负担，调动了群众的抗日积极性。全县人民对于会川第二次任县长后的工作给予高度评价，并把他的功绩编成歌谣传颂。其中有首《四说歌》唱道： 一说张耀南，泰西做专员，只爱民不图钱，杀敌最勇敢。二说于会川，合理来负担，为人民谋幸福，租息都来减……
心里只有人民
1940年2 月，于会川任泰西行政委员会副主任，后改任鲁西支队司令员.19 41年初，到延安中央党校学习，并参加了整风运动。此间，他通过系统学习马列著作和毛泽东著作，批判王明“左”右倾机会主义路线，思想觉悟和理论水平都有很大提高。19 44年底，他被组织派往晋西北调查局做情报工作。1945 年8 月抗战胜利后，于会川调中共中央东北局社会部工作。11 月，于会川任中共大连市委社会部长，兼大连市公安总局副局长，大连市法院院长，集情报、肃反、治安等项重担于一身。
当时的大连，刚刚从日军的长期控制下解放出来，日伪残余势力仍很猖撅，且整个辽东半岛除旅顺、大连以外，都在国民党占领之下。为了争夺大连，国民党反动派又向大连安插派遣了大批特务，社会秩序混乱，破坏捣乱、放火暗杀事件频频发生。受命于艰难之时的于会川，已经患了严重的癌症，19 45年8 月和11月，曾两次大吐血。但他没有将这些告诉领导和战友，没有按照医生的嘱咐去做，也没有把自己的身体和生命放在心上，而是一心扑在工作上，扑在为大连人民创造一个安居乐业的环境上。刚到大连，没有床铺，他硬是在冰冷的地板上熬了半个多月，而且每天都工作到凌晨三四点钟，有时甚至通霄达旦。他的眼窝越陷越深，脸色蜡黄，豆大的汗珠不断从脸上滚下。领导和他身边的人都为他担忧，劝他休息，但他一直在坚持着，在他的带动和影响下，全体公安干警团结奋斗，破获了一个个重大案件。
1946年2 月1 日（农历年除夕），当全市人民都沉浸在节日的幸福之中时，于会川却为了破获日伪汉奸、法西斯特务隋云药等策划的3000人暴动案而彻夜未眠。直到天亮，他看到缉捕人员确实将隋云薪带到法院时，才拖着沉重的身体休息了一会。隋云药案件的破获，使大连人民免遭一场灾难，清除了不安定因素，为人民安居乐业创造了有利条件。可于会川的病情却到了十分危险的时刻。
第三次大吐血！高烧40 ℃ 参加诊断的医生亦为之惊讶。
“再不能工作下去了，那怕是一分钟也不行！”医护人员郑重警告说。
但这些都已装不进于会川的心里，因为他心里全装着大连人民身体刚好转，他又开始工作了。在他最后离开办公室的那天，凌晨5 点他才批阅完最后个文件他摇晃着不支的身体对大家说：“再不成子。支持不下去了，胃里又好象有许多血，现在要吐了……”
1946 年5 月2 日，于会川为了人民的事业洒尽了满腔热血。大连人民无不为失去了一位一心为着人民的好干部而悲痛万分。于会川将一颗赤诚的心献给了人民，他自己也永远活在人民的心里。（本文刘长水执笔，在编写过程中主要参改了赵学法撰写的《甘洒热血写春、秋》等文）
