1936年11月底，刘子久、沈东平等一行六人由北平赶赴河南。刘子久到河南后立即开展党组织的恢复工作，先后到许昌、开封、西华、确山、荥阳、洛阳、偃师、孟津、博爱、郑州、杞县等地把散落在各地、失掉关系和获释出狱的60多名党员，经过认真考察，或恢复党籍，或接上关系，分配相应任务，逐步恢复和建立各地的党组织。1937年春，刘子久等人还积极动员开封、许昌、郑州等地的进步青年和纱厂工人到太原参加薄一波领导的“国民师军训团”和冯文彬在陕西三原举办的“安吴青训班”学习，为党输送了一批革命力量。
1937年4月初，刘子久由开封赴北平向北方局汇报党组织的恢复及活动的情况。北方局研究了河南工作，决定成立中共河南省工作委员会，由刘子久任书记。北方局还决定，由他代表河南党组织从北平直接赴延安参加中共全国代表会议。在5月2日的会议上，刘子久聆听了毛泽东所做的《中国共产党在抗日战争时期的任务》的报告和《为争取千百万群众进入抗日民族统一战线而斗争》的论述，使他明确了当时的形势和党所面临的任务。在会议期间，刘子久向中央写了《关于河南形势与党的中心任务的意见》，提出建立全省统一的领导机关，河南工作应直属中央领导等看法。
9月初，中共河南省委在开封正式成立，朱理治任书记，刘子久任宣传部长，负责宣传文化工作、救亡工作和部分统战工作。刘子久领导创办了《风雨》周刊，成立了战教团、光明话剧团、孩子剧团三个抗日文艺团体，对于掀起河南抗日救亡运动起到了推动作用。
1938年春，为加强郑州党的工作，开展同国民党第一战区司令长官部的统战工作，省委决定成立中共郑州中心县委，由刘子久任书记。6月6日，开封沦陷，郑州告急，第一战区司令长官部由郑州迁往洛阳，中共郑州中心县委撤销，省委派刘子久赴洛阳工作，任中共豫西特委书记。他主持豫西特委工作后，根据中央和省委指示，抓紧发展党员，迅速建立健全各级组织。至1938年8月，豫西特委领导下的党员达2300多人，占当时省委领导下的党员总数的1/3；特委下辖五个中心县委和20多个县委，占省委所属县委总数的1/2。豫西党的力量得到空前发展与壮大，为领导各项工作的开展打下了基础。
中共六届六中全会闭幕后，刘少奇率中共中央中原局机关由延安奔赴河南，1938年12月上旬，顺利抵达豫西渑池八路军兵站。在这里，刘少奇主持召开豫西特委扩大会议，任命刘子久为中共豫西省委书记。刘子久与省委其他同志研究决定在渑池兵站举办干部训练班，培训党的干部和武装工作干部，训练班先后开办两期，轮训干部80多人。1939年4月，八路军驻洛阳办事处主任刘向三调走，中央决定，由中共豫西省委书记刘子久兼任“洛办”主任，以“洛办”为掩护，领导豫西地区党的工作。
1939年9月，刘少奇第二次由延安来到河南竹沟。他宣布合并豫西、豫南两个省委，恢复中共河南省委，由刘子久任省委书记。10月下旬，刘子久赴竹沟主持省委工作。
三、两度赴延安向中央汇报工作
1940年4月，根据中央指示，河南地下党组成了以刘子久为团长的河南代表团，赴延安参加党的“七大”。5月初，代表团抵达延安。几天后，刘子久在王家坪向朱德、王稼祥、王若飞汇报了河南地下党的工作，由张琴秋做速记，后来整理成了3万字的《刘子久关于河南工作的报告》，总结了河南党组织三年多来取得的成就、存在的问题及其经验教训，提出了党在河南今后的工作任务和应遵循的工作方式和方法。
在延安期间，毛泽东接见了河南代表团，同刘子久等人座谈了争取中间力量、发展进步力量、孤立顽固力量的问题。陈云、王稼祥等人还多次与刘子久、张维桢共同研究河南工作。同时，中央决定河南省委由中央直接领导。由于党的“七大”延期召开，中央派刘子久和张维桢返回河南。12月，刘子久接到刘少奇电报，调他到豫皖苏根据地工作。
1941年1月，刘子久抵达豫皖苏抗日根据地，任中共豫皖苏区党委书记。5月，刘子久任中共皖东北区党委(又称淮北区党委)书记。8月，华中局决定成立淮北苏皖边区军政委员会，负责领导边区一切工作，邓子恢任军政委员会书记，刘子久等为委员。
1943年10月，中央来电要刘子久赶赴延安，进中央党校帮助中央审查河南地下党的干部，并准备参加中共“七大”。他接到中央电示后，安排交代工作，11月离开淮北根据地，经徐州、开封、安阳、太行和晋西北，于1944年2月11日抵达延安。他向中央报告了淮北的工作，并根据自己所知道的情况，向中央证明河南地下党的干部绝大多数是好的和比较好的，没有发现撤退到延安的河南干部中有国民党特务。在中央党校，他刻苦认真地学习了马列主义的经典著作和毛泽东的著作。
1944年7月5日，刘子久给淮北区党委写了一封信，作为在中央党校学习心得的汇报。在信中，他运用马列主义的立场、观点、方法，对淮北工作中存在的一些问题。从理论上做了阐述和分析。这封信的内容涉及整风学习、改造思想方法、转变领导作风等问题。这封一万多字的长信，刘子久原打算请毛泽东、刘少奇阅示后，托人带回淮北。毛泽东看后，认为写得很好，应该在党的机关报上公开发表，并指示新华社向淮北及各根据地广播，以便使各地各级领导机关以及广大党内党外的同志均能阅读和收听到。1944年7月27日延安《解放日报》发表了《关于学习问题给淮北区党委的信》。不久，这封信又印成单行本向全国各根据地广泛发行。10月，中共中央决定建立中共河南区党委，任命刘子久任中共河南区党委副书记兼河南军区、河南人民抗日军副政委。离开延安前夕，毛泽东单独找他谈话，向他交代具体任务和开展豫西工作应注意的问题。
1944年11月7日，刘子久带领一部分军队干部和地方干部，从延安出发，绕道晋西北，会同韩钧、郭庆祥带领的晋绥八分区六支队的一个大队先行南下，领导创建抗日根据地的各项工作。
1945年4月，中国共产党在延安举行第七次代表大会，刘子久在缺席的情况下，当选为中共中央候补委员。
