1914年,马晓云入本乡小学读书,尚武自强。继入本地高等小学学习。小学毕业后到东北闯荡。1924年在天津入东北军,历任班长、排长、连长等职。1926年,马晓云离开东北军,回到家乡当过本村联庄会的头领。
1929年,马晓云到舅父在周村开设的“恒兴厚”钱庄当学徒,不久就升任钱庄的副经理。1937年七七事变后,早有救国之心的马晓云从周村回到北旺庄,串联石文斋、聂麦青、马涵三、尹德村等人宣传抗日,筹集枪支弹药,等待时机组建队伍抗日。
1937年12月,黑铁山抗日武装起义爆发,成立了山东人民抗日救国军第五军,马晓云的哥哥马耀南参加了起义的领导工作,弟弟马天民也参加了第五军。1938年1月,日伪军突然包围了北旺庄,逮捕了马晓云。后经山东人民抗日救国军第五军的领导安排,由弟弟马天民救出。马晓云回家后,不顾伤痛,立即举起抗日救国的大旗,仅两个月的时间,就召集了500余人的队伍。同年4月,马晓云带领部队开赴盟山集结,接受第五军的领导,被编为山东人民抗日救国军第五军第七支队,马晓云任支队长,樊带乡任教导员,聂麦青任参谋长。支队下辖三个中队和一个特务队。
马晓云充分利用人熟、地熟的有利条件,先后带领部队袭击伪乡公所、伪区公所和伪警察署,夺取了部分枪支,发展壮大武装队伍,战斗力越来越强。
1938年6月,山东人民抗日救国军第五军整编为第三支队,马耀南任司令员,杨国夫任副司令员,霍士廉任政委。马晓云领导的七支队与马涵三领导的二支队及槐焕文的两个中队合编为七团,马晓云任团长。
第三支队成立后,混入抗日队伍的国民党员张景南、高竹钧乘杨国夫副司令员率特务营去临淄之际,带领四个连队,包围了驻在邹平县城东关的三支队司令部。驻在邹平城外刘家庄的马晓云得到消息后,立即率部前来救援,击溃了叛变分子,保卫了司令部。
1939年5月,日军对清河地区抗日根据地进行“扫荡”,马晓云奉命带领七团深入日占区,在胶济铁路两侧活动,打击和牵制日军,配合第三支队主力和根据地人民的反“扫荡”斗争。在这期间,马晓云带领部队频频出击,拔掉小周家庄的日军据点,突袭涯庄车站,连战皆捷。因此,各地日军告急求援的电报不断飞向日军的司令部:黑铁山铁矿的炸药库被盗;湖田火车站遭到袭击;张店火车站内火车头相撞;马尚铁路桥被炸毁;王村站外军用列车出轨,物资被劫走;普集站外装甲列车被炸,增援的小股日军被伏击;涯庄车站据点被拔掉。日军只好把“扫荡”根据地的部队抽调回来,保护铁路沿线。
1939年7月,第三支队主力转移到桓台县牛王庄时,突遭日伪军袭击。马耀南司令员突围到大寨村时,遭日伪军伏击,不幸壮烈牺牲。马晓云闻此噩耗,悲痛万分,思想上更坚定了抗日的决心。是年,他加入中国共产党。
1939年底,马晓云遵照中共党组织决定,到延安抗日军政大学学习,并得到徐向前司令员的接见。1942年春末初夏,马晓云学习期满回到山东,被分配到八路军清西军分区任副司令员。
1942年,是抗日战争最艰苦的岁月。军区特务队中个别不坚定分子,经不住考验,相继叛变投日。针对这一情况,马晓云向上级建议,亲自到长白山区对特务队进行整顿。通过马晓云的思想政治工作和军事整顿,特务队的军事、思想素质大为提高,取得了攻打司家官庄、花沟等据点和袭击湖田炸药仓库的重大胜利。
马晓云在开展对日战斗中,十分注意策略,对日伪人员分不同情况区别对待。先后处决了叛变投日的杜新斋、马振亭,特务李玉峰,汉奸耿世桥、段相九;对那些能够争取的日伪人员,则力争教育争取,使其立功赎罪或参加到抗日队伍中来,从而分化瓦解伪军。经过一段时间的艰苦斗争,抗日根据地得到巩固,抗日队伍不断发展壮大。
1944年1月,根据中共山东分局、山东军区的指示,清西军分区改为渤海军区第六军分区,许云轩任司令员,李曼村任政委,马晓云任副司令员兼清西专员公署专员。
8月10日,李曼村和马晓云率6个主力连、青城县大队及地方武工队800余人,去拔除青城县王家庄据点。在战斗中,马晓云不幸被日军一颗炮弹引爆的炸药击中,壮烈牺牲。
8 月13 日,李曼村政委在田镇主持了马晓云烈士的追悼大会,安葬了马晓云。
1961 年,淄博市周村区人民政府为了纪念马晓云,将烈士的遗骨与他的大哥马耀南烈士、三弟马天民烈士一起移到周村烈士陵园安葬。
2014 年8 月29 日,马晓云被列入民政部公布的第一批著名抗日英烈和英雄群体名录。(牛存强)