1966 年 4 月 1 日，对哈军工来说是一个特殊的日子。在这一天，所有哈军工的干部、教员、学生都默默地摘下代表着军人身份的领章和帽徽。国防科委以所属院校建制序列划一为理由，决定军事工程学院脱离军队序列，更名为"哈尔滨工程学院"。从这一天起，原来意义上的"哈军工"已不复存在了。许多院级领导调动了工作，刘居英留了下来，担任院长兼党委书记。
多年以后，女儿曾问父亲，哈军工改制时，你为什么不调走，不离开部队？！他深沉地说：我舍不得啊！是啊！当年他从朝鲜战场归来，协助陈赓院长办学，把一生中最好的年华留在了这里。他爱这里的一砖一瓦，他爱这里的一草一木，他爱教育工作，他爱亲自从全国高考中招收的优秀学员，他爱这所倾注了他大量心血的学院，正像1970年在"解放"刘居英大会上他所讲的："我热爱教育工作，我热爱学院。……我在学院工作无怨无悔。……如果再给我一次机会，我还会选择从事教育工作！"这就是深深刻印在刘居英心上的"哈军工"情结。
▲父亲和全院师生员工一起坚持到最后关头，经历和见证了哈尔滨军事工程学院难忘的荣辱兴衰年代。照片拍摄于1966年冬，在哈军工一道门大门岗内。
1966年5月3日，周恩来总理陪同阿尔巴尼亚部长会议主席谢胡访问哈尔滨。在北方大厦，黑龙江省委、省政府举行盛大宴会，欢迎阿尔巴尼亚贵宾。周恩来总理入座主宾席后，突然站起来环顾大厅，寻找哈军工的刘居英。省里没有通知刘居英参加，赶紧派车去学院接他。当刘居英出现在周总理的面前时，虽然少了红领章和红帽徽，他还是习惯地敬了军礼。周总理询问哈军工的情况，刘居英回答："还好，刚刚改制，集体转了业。大家思想不通，困难不少，但还能够正常工作。"总理点点头，看着刘居英缓缓地说："什么事情不能光想好的、有利的一面。你呀，要多学习，多想一想自己的缺点、弱点和错误，不管什么时候，都要经得起风浪，树立信心，看到希望。"
多年以后，当刘居英渡过"文革"的劫难，回想起当年周恩来在那次晚宴上对他所说的一席话，感慨地说："我当时没有理解，总理那是在暗示我，要我对即将来临的政治风暴作好思想准备。总理对我的爱护和关怀，我终生都不会忘记！"
不久，一场史无前例的"无产阶级文化大革命"开始了。6 月 1 日，《人民日报》发表了《横扫一切牛鬼蛇神》的社论。晚上，中央人民广播电台向全国广播了北京大学聂元梓等七人的大字报，刘居英的哥哥，时任北京大学校长兼党委书记的陆平成为"文革"首批被打倒的中国高校领导人。随即，同任大学校长的刘居英也被卷入到这场汹涌而来的政治洪流之中，遭受了无情打击和残酷迫害。
8 月 , 中共黑龙江省委第 588 次常委会议 , 同意国防科委关于撤销哈尔滨工程学院代理党委书记兼院长刘居英党内外一切职务的决定，刘居英被打倒了。在此后的岁月里，揪斗、游街、蹲牛棚等"群众组织专政"一直如魔影伴随着他。
▲1978年5月1日，黑龙江省委关于撤销《对刘居英同志所犯走资派错误审查结论》的决定。
1968 年 3 月 8 日，刘居英以"三特（日特、国民党特、苏特）一叛"罪名正式被公安机关逮捕，关押在黑龙江省公安厅监狱中一年多。
在这疯狂荒诞的岁月里，长期卧病在床的老父亲再也经不起打击病逝了，70 多岁裹着小脚的老母亲崔星齐，被群众专政，天天押着去劳动改造，遭受凌辱打骂。她生养的三个子女都参加了革命，都是中国共产党党员。为此，老倆口曾遭受日伪迫害，生活艰辛，为求生存母亲还当过"老妈子"（佣人），连什么是"地主婆"都不知道，她最终被迫害致死，是哈军工"文革"中被迫害致死的 45 人之一。夫人许良毓也被投入监狱，儿女们受牵连被分配去了劳改农场。身陷狱中的刘居英始终坚信党和人民，坚信历史终究会还自己清白，自己对党对国家对人民是忠诚的，是问心无愧的！
▲"全家福"照：1952 年刘居英从朝鲜前线回国开会，一家人照了这张刘家唯一的"全家福"。但是"文革"改变了这一家人的命运。时任中国两所顶尖学府校长的兄弟俩，首当其冲被批斗罢官，父母相继去世，照片上的子女受牵连全部下乡当了知青。图中人物：父亲刘宗岳（中右二）、母亲崔星齐（中左二）、姐姐刘以贞（后右一）、哥哥陆平（后左二）、嫂嫂石坚（后左一）、刘居英（后右三）、许良毓（后右二）。
1969 年 3 月，中苏两国军队在中国领土珍宝岛上爆发军事冲突，战争形势趋紧，黑龙江省也从大后方变成了对苏前沿。哈军工要内迁的消息在大院中悄然传开，由于学院面临解体搬迁，加快了对关押干部的审查处理。
▲1968 年冬，刘居英出狱后在哈军工文庙图书馆前留影。
▲1969 年刘居英在哈军工办公大楼前留影
1969 年 8 月，刘居英被释放回家，此时，原本幸福和睦的一家人仅剩 15岁的小儿子刘小明孤单一人在家，夫人许良毓在铁路局南岔干校接受改造，三个女儿远去北大荒农场当了知青。小儿子还是在学校老师的力争下，作为"可以教育好的子女"留城，分配到黑龙江汽车修配厂钣金车间当了一名学徒工。父子二人相依为命，刘居英赋闲在家里为小儿子做饭。不久，黑龙江省革命委员会给刘居英作出结论：犯有顽固不化的走资派严重错误，属于敌我矛盾，暂按人民内部矛盾处理。
▲刘居英出狱后与夫人留影纪念
▲1971 年夏，刘居英同夫人许良毓在哈军工办公大楼前。
▲1971 年冬，家庭条件有所改善，从55号筒子楼搬到老红楼区 63 号楼，刘居英同夫人许良毓在楼前留影。
▲"文革"期间，刘居英与杨仲枢是"牛棚"邻居，都被赶到 55 号筒子楼居住。1993 年刘居英到长沙参加校庆活动时，看望病中的杨仲枢教授。
