1942年8月，遵照中央军委指示，115师与山东纵队番号撤销，建立山东军区，部队整编为13个主力团，并加强了地方武装，使山东地区抗日根据地在战略方针上、军事建设上达到完全统一。部队深入敌后，积极建立民兵组织，扩大游击战争。中共中央北方局提出改造锄奸机关，充实骨干力量，深入开展群众性的反奸细斗争。
1942年4月，根据中央北方局深入开展群众性反奸细斗争的精神，结合山东地区抗日斗争的情况，阮途深入部队连营和敌后武工队，调查了解基层部队开展锄奸工作的组织机构、人员配备、工作方法；同时又深入敌后调查敌伪行政机构，了解敌伪人员状况。摸清敌伪人员的活动规律，还指导我敌后武工队、游击队开展政治攻势的方法，落实中央关于发动政治攻势的方针。阮途起草了《我军在敌后发动政治攻势的基本做法》，总结了我敌后武工队、游击队在边沿地区、游击区开展政治攻势，加强对敌伪军、伪组织人员的争取瓦解工作情况。提出采取政治攻势与游击战相结合、包围据点喊话，散发张贴宣传品与召开群众大会合的方法，利用伪军与日寇之间的矛盾，争取伪军的投诚或为我工作。宣传我军优待俘虏政策，打击死心塌地的顽固派，争取动摇分子，欢迎主动倒戈投诚的人员，推动了我军敌后工作的顺利发展。仅1942年，山东地区就有7000多伪军归顺于山东军区。
1943年，随着我敌后武工队发动的政治攻势及游击战争的发展，山东地区的局面发生了根本性的转变。敌人的“蚕食”战略被一次次击破，敌人也加强了对我根据地的特务派遣活动。
针对斗争形势变化的特点，山东军区为加强隐蔽斗争的领导，抽调骨干分子深入敌伪据点边沿村庄和据点附近，侦查发掘各村的秘密坐探、间谍分子，掌握汉奸特务的活动规律，打掉敌伪的耳目。当时，山东军区抽调600余名机关干部和部队干部，组成43个武工队，身着便衣，腰藏短枪，深入敌占区开展活动。并以合法职业作掩护建立联络点，配合我军的战斗。
阮途作为骨干力量，带领武工队小分队深入敌占区，组织群众散发抗日策反的宣传单、小册子，召开伪军定性座谈会，宣传党的宽严政策，教育敌伪乡、村长，建立革命的两面政权。
他们坚持边沿斗争，以小股武装深入敌伪据点附近，打击敌、伪外出活动，打乱敌、伪所建的伪政权。经过艰苦斗争 ，山东各地开辟的隐蔽抗日根据地迅速扩大，动摇了敌伪政权的统治。1943年，山东地区共拔除敌伪据点342处，约占山东全部敌伪据点10%，给敌人的“蚕食”政策以有力打击。
同年4月，阮途由山东军区政治部锄奸科调到敌后，负责大城市的侦察工作。在此期间，阮途带领锄奸科干部深入敌后，一面开展调查研究，总结我军在反奸细、反破坏、反摩擦斗争中的经验；一面组织发动政治攻势，分化瓦解敌伪动摇分子。对顽固分子组织群众进行针锋相对的斗争。5月，由他起草了《营连锄奸工作暂行条例》草案，以山东军区政治部名义下发至营连，明确了营连锄奸工作任务，充实锄奸人员和建立锄奸组织的审批手续；明确了锄奸工作组员的选拔条件、工作方法、工作任务；制定了锄奸工作组员的纪律要求和工作守则。此文件由山东军区政治部1943年5月17日下发，现存于中国人民解放军军事档案馆。
此条例下发后把山东军区的敌后武工队、游击队锄奸工作纳入部队的建设之中，使之规范化、目标化。1943年冬的一次政治攻势中，仅胶东、清河、滨海3个区，散发宣传品52种，共16万份。在滨海地区向31个敌人据点送宣传品，其中28个效果很好，有3个据点伪军向我军写信要求建立秘密联络，有两个据点提出反叛投诚。由于部队普遍开展政治攻势，在山东地区共开辟隐蔽抗日根据地2.5万平方公里，建立8000多个村的党的工作基础，团结了300多万群众，把许多敌占区变成了抗日根据地。
山东军区针对敌情的变化，于1943年6月组织锄奸科、敌工科，对日本特务在鲁中边区的破坏活动进行针锋相对的斗争。阮途当时参加了敌工科科长何侠率领的小分队，深入泰安、莱芜边区的“川村实验区”教育群众，打击死心塌地为日本特务机关卖命的汉奸，分化川村之雄组织的反动会道门。川村之雄是日本特务机关济南“朝阳公馆”派往鲁中边区的大特务，他在边区拉拢收买地主、豪绅和反动会道门头子，大搞策反活动，并企图在我根据地内部安插特务。何侠、阮途等人进入“川村实验区”之后，发现川村之雄以进步人士的身份公开活动，他们便约他在泰莱边区会面。川村之雄没有按约定时间赴约，当天小分队在泰山脚下院上村的一个老乡家留宿。第二天凌晨，阮途等人正在熟睡，何侠早起警戒，发现日本兵数十人冲进院内，双方交火，由于寡不敌众，小分队一面抵抗，一面撤退。小分队被打散，等返回鲁中根据地时，得知其中1人牺牲，3人受伤，1人被俘，其中何侠受伤。后经我地工人员周密侦察，对川村之雄的特务机关进行了一次报复性的打击，对死心塌地的汉奸作了重点镇压。1944年1月，山东军区公安局与军区政治部锄奸科合署办公。何侠任公安局副局长，阮途继续留在锄奸科担任科长，负责敌后大城市的侦察工作。
同年4月，山东军区接到中央指示，下令由鲁中军区对顽伪吴化文进行第三次征讨。吴化文，山东掖县人，1920年投靠西北军冯玉祥部，1930年任济南警备司令，1938年任国民党整编独立第28旅旅长，1943年投靠汉奸汪精卫被任命为和平建国军第三方面军上将司令。他依靠日军扶持在鲁中区屯兵万余人，残害百姓，极端反动。鲁中人民对他恨之入骨，强烈要求拔除这个钉子。山东军区曾两次对其讨伐。事先，阮途带领锄奸科人员，深入到鲁中区博莱县南岩村进行侦察。南岩村与吴伪据点仅几里之遥，阮途等人潜入前沿，查清了吴伪据点的碉堡位置、火力配备、兵力部署。并在南岩村组织民兵、民工，为这次讨吴战役做了充分准备。同时，阮途还组织地方武工队进行骚扰和发动政治攻势，教育伪军倒戈。战役打响后，由于我军火力猛烈，加之吴伪人员厌战，仅在两个月内就生俘少将3名、军官500余人，争取反正的就有1600余人。这次战役挫败了吴伪的锐气，巩固了鲁中根据地，占据了沂、鲁、蒙各山区的交通要道。
1944年12月，中央决定由各军区、各分局加速干部培训，以满足我军向北发展的需要。同月，中共山东分局在济南办党校，阮途被抽调参加党校学习。在学习期间，他们一面参加理论学习，一面参加生产，阮途在学习中思想理论水平产生了一次大的飞跃。这次学习为他后来参加东北战场的解放战争，以及担负公安政法部门的领导工作，奠定了重要思想基础。
