接管嘉兴
钱塘江，旧称浙江，简称钱江，从源头算起，全长500余公里，是浙江省内最大的河流。因钱塘江入海口呈喇叭形，涌潮袭来时，潮头壁立，波涛汹涌，恰似万马奔腾，成为世界罕见的大潮奇观。
1949年4月20日子夜时分，中国人民解放军百万雄师发起了千里横渡长江的战役。此役犹如钱塘江潮那样，汹涌澎湃，以摧枯拉朽之势，横扫蒋家王朝的巢穴南京及江南广袤大地。吕志先率华东南下干部鲁中南支队第五大队，随人民解放军第三野战军在南京以西顺利渡过长江。由于国民党军队溃散，解放军于1949年5月2日顺利占领了浙江省杭州市。不久，中共中央就决定成立中共浙江省委，谭震林任书记，谭启龙任副书记，接着很快成立了浙江省政府和省军区。1949年4月27日，三野28军解放了湖州市。5月7日，27军解放了嘉兴市，至5月11日嘉兴全区获得解放。
1949年5月初，中共浙江省委派原中共苏浙皖边区工作委员会书记钱敏，到湖州组建地委。
1949年5月初，中共浙江省委接到人民解放军华东军区通知，27军已解放了嘉兴，因该军要担负解放上海的任务，不能负责接管嘉兴。于是浙江省委决定调派吕志先担负接管嘉兴的任务。接到省委决定后，吕志先于5月11日带领数人赶赴嘉兴，负责组建中共嘉兴市委和嘉兴军管会。1949年5月17日，张敬堂、张澄秋率领南下干部77人和“青大”、“浙干”学生20人到达嘉兴。此时，中共嘉兴市委宣布成立，吕志先任市委书记，张敬堂为市委副书记。1949年5月24日，人民解放军华东军区电令，嘉兴市成立军管会，由中共嘉兴市委和27军留下的干部负责组建工作，并任命吕志先为军管会副主任，代理主任的工作。1949年6月2日，宣布成立嘉兴市人民政府，董方明任市长，张澄秋任副市长。
大约在1949年5月上旬，浙江省委决定湖州地区和嘉兴地区成立第一地委，钱敏任第一书记，吕志先为第一副书记，汪星为第二副书记。第一地委辖湖州、嘉兴两市及嘉兴、平湖、嘉善、海盐、海宁、桐乡、崇德、吴兴、德清、长兴等10县。6月初，浙江省第一专员公署在湖州市成立，孙章禄任专员。
同时，经中共浙江省委批准，第一地委设立东片临时工作委员会，加强嘉兴市和嘉兴、嘉善、平湖、海盐、海宁、桐乡、崇德、吴兴、德清、长兴等县的军事管制工作，吕志先兼任东片临时工作委员会书记。
在第一地委的管辖区内，先后建立了行政专员公署及两个市、10个县的人民政府，63个区人民政府。还成立军分区，警备团以及10个县大队，41个区中队。
此外，为了稳定金融秩序，统一财经，嘉兴市军事管制委员会代理主任吕志先发出布告，宣布人民币为本位币，废除国民党时期的金元券。根据华东局发布的华东区金银管理暂行办法，实行金银管制，取缔银元贩子及金银黑市交易。军管会还积极调运物资，规定税目税率，坚决打击囤积居奇、投机倒把的不法奸商，逐步平抑嘉兴市场的物价，稳定人民币的地位和市场秩序。7月中旬至8月，嘉兴地区连降暴雨，水涝成灾。东片低洼地带灾情特别严重，仅嘉兴县受浸农田就达42.5万亩。地委书记钱敏和第一副书记吕志先，紧急动员大批干部下乡，发动群众排涝抗灾。解放军也出动部队救灾抢险，经过军民奋力拼搏，近80%的被淹农田得到抢救。
9月中旬，浙江省第一地委更名为中共嘉兴地委，第一区专员公署更名为嘉兴地区专员公署，地委专署机关从湖州迁驻嘉兴市，同时撤销东片临时工作委员会。浙江省委决定，吕志先任嘉兴地区专员公署专员。
清匪反霸是军事接管的一项重要工作。特别是嘉兴地区，地处浙江、江苏、安徽三省交界之处，京（南京）、沪、杭等大城市分布四周。境内，西有群山连亘，东有河港纵横，南有茫茫大海，北有浩荡太湖，地理环境十分复杂。这里，曾是国民党反动统治的中心地带，也是许多国民党党、政、军、特要员的家乡，各种反动组织遍布城乡，蒋经国还将他的国防部青年预干总团放在嘉兴。解放后，一批潜伏下来的国民党特务，加上大量的土匪、散兵游勇、1日军政人员、土豪恶霸，人数不少。他们互相勾结，控制乡村，共同对抗新生的人民政权。他们在政治上提出一系列反动纲领，同时采取各种方式，或收买、或混入，煽动群众反参军、反征粮，甚至煽动地方武装叛乱，窃据基层政权。如嘉兴独立营三连及王店区中队等在土匪煽动下先后叛乱。在经济上他们封锁乡村，破坏人民政权征粮、恢复生产和救灾工作，煽动群众暴力抢粮抗税，拦路抢劫各种物资、劫持商船车辆，破坏交通。军事上采取忽聚忽散，你来我走，你走我来的方针，与剿匪的人民武装打游击。
面对反动势力的猖狂反扑，嘉兴地委遵照省委和省军区的指示精神，坚决贯彻执行“军事清剿、政治瓦解与发动群众武装自己”相结合的剿匪方针，于1949年10月初，会同嘉兴军分区的领导，经过周密筹划，制订了全区剿匪作战计划，决定建立四个清剿指挥所，由地方党委及部队领导统一组成，专门清剿重点匪区及大股匪特。经过嘉兴地区军民历时两年半的持续清剿，共歼灭匪特5400多人，有力地捍卫了新生的人民政权。
在接管过程中，嘉兴地委、专署领导认真贯彻和落实党的相关政策，着力恢复和发展生产。根据当时党所制定的对官僚资本“原封不动、整套接收”的方针，嘉兴专署下令接收了银行等金融机构及官僚资本企业，留用大部分人员，政府派出代表参与管理和监督。还针对不同的工商企业，采取国营、公私合营、私营等不同形式，为各企业提供发展空间。对私营工商企业加以保护，并由联络代表帮助解决具体问题，如资金、原料、电力等，使之尽快恢复生产。在处理各方关系时，采取公私兼顾、劳资两利的方针。为建立城市经济秩序，还大力加强工商管理工作，稳定物价，打击不法投机商人。在税收方面，采取自报公议，合理分担的方式，扶持工商业的发展。为促进农业和蚕桑业的生产，政府向农民贷放秋蚕种，收购水稻良种。在征收农业税的问题上，吕志先于1949年12月21日召开的地委扩大会议上强调，要正确处理好减租与征粮的关系：一是必须在减租反霸、发动群众的基础上进行征粮；二是必须在征粮中结合减租和做好生产准备工作；三是分配征粮任务不可简单草率，要实事求是，迅速把任务分配到村。由于广大干部群众解决了认识问题，到1950年上半年，嘉兴地区共征税收折合大米7118万斤，购买爱国公债62.9万余份。1950年4月5日至10日，嘉兴地委举行第二次党代会，钱敏代表地委作工作报告，吕志先传达省党代会精神，以及省委给嘉兴地区代表会议的指示信。会议强调：“当前必须把春耕生产和救灾度荒作为压倒一切的中心任务”，抓紧抓好抓落实。
1950年5月27日，嘉兴地委部署土地改革工作，专员公署成立土地改革委员会，吕志先为主要负责人。随后，各县都成立了相应的机构，抽调人员组成土改工作队，负责指导和处理有关土改的各项事宜。吕志先来自山东老解放区，对土改工作具有丰富而又成熟的经验，他亲自抓干部培训、组织建立和土地的整理。他还深入基层调查研究，并抓好先行乡的土改试点工作。在土改全面铺开的阶段，吕志先针对一些不法地主转移土地财产、破坏耕畜、乱砍山林、造谣惑众等破坏土改运动的情况，提出要坚决贯彻落实好党的有关“依靠贫雇农，团结中农，中立富农，打击不法地主，发展农业生产”的政策，迅速扭转了土改工作的被动局面，使这项工作得以顺利进行。经过土地改革，嘉兴地区的农民分到了土地，真正成了农村土地的主人，农民的生产积极性进一步提高，农业生产迅速发展。
吕志先于1951年3月调任温州地委书记；4月至1952年10月，任浙江省委办公厅主任；1952年11月至1953年12月任浙江省委副秘书长兼办公厅主任；1954年1月至1955年12月任浙江省委宣传部长：1956年1月至1957年3月任浙江省委监察委员会副主任（原省纪委并入监察委员会）；1956年7月后，连续担任中共浙江省委常委（副省级），直至1965年1月调离浙江省。
主政金华
1959年1月21日，经中共中央批准，浙江金华地委成立书记处，省委常委吕志先任第一书记，李学智等6人任书记处书记。
金华，地处浙江省中部偏西、华江沿岸浙赣铁路沿线一带。春秋时属越国。1949年5月，人民解放军击溃驻守金华的国民党军队后，在金华设立浙江省第八行政区，10月改名金华专员公署。1958年后，金华辖缙云、东阳、金华、桐庐、开化、永康、建德、淳安、衢县、江山、遂昌、兰溪、义乌等13个县，是浙江当时面积最大、人口最多的地区。
从1959年1月起，吕志先任职金华的三年，是我国遭遇特大经济困难的三年，也是实事求是、依靠群众、艰苦奋斗、恢复党的优良传统的三年。
上任伊始，吕志先轻车简从，对全区范围内的各县进行调查研究。那时的金华地区，由于1958年全民大闹钢铁，田园荒芜，粮食歉收，饥饿己逐步漫延全区。1月31日，金华地委就粮食问题向省委作专题报告：在农村，因自然灾害等原因，部分地区出现粮食紧张现象；在城镇工矿区也出现粮食供应困难局面。地委决定把粮食工作作为整社的主要内容，建立严格的管理和分配制度，同时要求省委给予积极支援。
为了解决粮食生产困难的局面，金华地委认真贯彻中央《关于人民公社管理体制的若干规定（草案）》，整顿人民公社，把生产资料所有制由基本社有制改为基本队有制，解决权力下放；开始清理账目，算账退赔，纠正“一平二调”错误；修正包产指标，落实包产、包工、包成本和超产奖励的“三包一奖”制。1959年5月初，吕志先组织金华地委领导成员认真学习毛泽东主席写的一封党内通信，认识到信中指示的包产问题、密植问题、讲真话问题，是调动干群积极性的关键问题，要求全区把毛主席的指示作为一切工作的指导方针，作为教育和改进干部思想作风的中心内容，并组织全体党员干部队伍认真学习讨论。
1959年5月18日，在吕志先的主持下，金华地委作出发展家畜家禽生产规定的十一条，要求各公社、大队、生产队立即向社员传达，充分调动集体和个人两个方面的积极性，开展深入持久的“四养”（养猪、羊、兔、鸡鸭鹅等）活动。5月29日至6月1日，浙江全省畜牧工作会议在金华召开。会议推广了金华的一些做法，研究如何贯彻执行中央关于畜牧生产的方针，确定1959年全省畜牧生产任务。会议提出了集体饲养和社员家庭饲养并举方针，要求机关、团体、工矿、学校、企业都要积极饲养畜禽。为了全面落实全省在金华召开的畜牧会议精神，1960年1月20日至27日，金华地委开展“以养猪为中心，以护畜为重点”的畜牧生产大检查，树立“以粮为纲，粮畜并举，全面发展，综合平衡”的方针，进一步掀起发展畜牧业的高潮。2月6日，地委召开电话会议，提出1960年发展畜牧业任务：提出实现一人一猪或一亩一猪的目标。
对于1958年以来在金华地区出现的“一平二调”的共产风，吕志先是深恶痛绝并要求坚决纠正的。他认为“一平二调”的共产风，不符合社会主义的市场经济规律、损害了绝大多数人的根本利益。1960年7月，金华地区开始全面纠正“大跃进”中平均主义和无偿调用物资、劳力、资金的错误，对“一平二调”进行算账退赔，对一些典型事例进行剖析。在此之前，省委转发金华地委上报的《上华等公社重犯“一平二调”的错误》、《部分公社核实产量不实事求是》、《一个公社党委书记的严重强迫命令作风》等三个材料。7月28日，中共中央将上述三份材料批转全国各地，要求各级党委用这些材料教育干部，认真批判和纠正“共产”风、浮夸风、命令风，树立严肃执行党的方针、政策观念，提倡踏踏实实、实事求是的作风。
1961年1月25日，金华地委发文，要求各地进一步贯彻党的政策，坚决退赔兑现。3月18日至20日，地委召开全区算账退赔会议，要求各级党委继续加强退赔工作。据统计全区共平调财物11570万元，到1961年底，已累计退赔6225万元。地委要求1962年内全区分期分批彻底算清平调帐。
吕志先历来重视以“增产节约”为中心的各种类型的劳动竞赛。1959年9月23日至26日，金华地委召开有1500多人参加的青年、妇女社会主义工农业生产建设积极分子代表会议，参会代表都是在社会主义劳动竞赛中涌现出来的先进生产者。吕志先在讲话中，充分肯定代表们所取得的成绩，强调“我们已取得的伟大成就如果与我们建设社会主义和建设共产主义的美好远景比较起来，那么，我们面临着的任务还是很艰巨的，因此决不能自满”。吕志先还号召全区青年和妇女，在“红、勤、巧”的竞赛中，要人人争先进，个个争上游。会后，金华地区有100多万青年、妇女，从城市到农村，从工厂到田野，开展了轰轰烈烈的竞赛活动，成为当时增产节约运动的巨大动力。
1960年3月14日，毛泽东主席视察了金华双龙水电站，对金华人民自力更生、艰苦奋斗发展小水电的成绩，给予充分的肯定。他说：“浙江水力资源丰富，搞水电大有前途。”毛主席非常关心农村，亲自考察了农作物生长的情况，强调“要重视粮食生产”。吕志先组织金华地委领导成员和各县委第一书记，认真学习毛主席视察金华时的重要讲话，并结合当时金华地区春耕插秧的实际，主持召开电话会议，强调能否高速度完成早稻插秧计划，是关系到能否全面落实“要重视粮食生产”重要指示，能否实现今年粮食丰收的重大问题。号召全区要充分挖掘劳动潜力，动员可以动员的一切力量，投入到春插当中。而且，要开展社与社、队与队、人与人之间的插秧竞赛，开展“比、学、赶、帮、超”的活动。会议还要求各级领导要深入实际，分片包干落实到队，帮助基层解决实际问题。
吕志先对金华地区三级工业企业（区、县、社）的调整和整顿，倾注了大量的心血。1959年4月29日至5月11日，吕志先与地委其他领导成员一道，主持了有5000多人参加的全区工业大会。会议肯定了全区工业过去取得的成绩，揭露了全区工业在生产中存在的计划、布局、管理、福利和领导干部思想作风等问题。会议要求立即在全区深入开展增产节约运动；对现有工矿企业，要从组织、体制、制度上进行整顿；调整工业布局，缩短战线，保证重点。会议还对改进企业管理、建立正常生产秩序、鼓励技术革新、关心职工生活等问题做出规定。
5月25日，金华地委出台了《关于整顿县以上厂矿企业的方案》。6月8日，制定了《金华工业发展方向》，指出金华工业是地方工业，其任务是贯彻“三就四为”方针，即就地取材、就地加工、就地销售；为农业、为人民生活、为大工业、为出口贸易服务。
6月17日，吕志先根据省委指示为了加强对社办工业和手工业的领导，决定专区成立社办工业、手工业管理局，各县成立管理科，公社配备专管员，具体负责社办工业、手工业的管理和领导，与工具改革办协作，搞好一改（工具改革）双土（土农药、土化肥）生产。
1960年3月20日，金华地委向省委上报了《关于工业技术革新和技术革命群众运动开展情况的报告》。报告充分反映了金华地区工业战线以煤气化和机械、矿山、煤碳、交通运输为重点的技术革新和技术革命的情况，并针对生产关键和企业的薄弱环节，大搞技术攻关。报告还总结了这场群众运动的经验和存在的问题，提出开展以“五比”活动（比速度、比办法、比效果、比推广、比协作）为主要内容的大检查，以推动群众运动向纵深开展。浙江省委于1960年4月13日转发了金华地委的报告。
1962年1月11日至2月7日，吕志先参加了中共中央在北京举行的扩大工作会议（简称“七千人大会”），这次会议的主要目的，是总结经验，统一认识，加强党的民主集中制，切实贯彻调整国民经济的方针。
为了传达贯彻好中央扩大会议精神，3月13日至27日，金华地委召开工作会议，传达贯彻刘少奇、邓小平在扩大的中央工作会议上的报告和讲话，学习中央关于改变农村人民公社基本核算单位、增产节约、精兵简政以及粮食问题的决定和指示，并讨论了金华当前的工作。在这次会议上，吕志先结合金华的实际，作了实事求是、推心至腹的讲话。
首先，吕志先分析了当前国际及国内形势，目前国内的经济情况是有相当严重的困难的。第一，就是最近两年来，农业有很大减产，这个减产要恢复起来，不是那么容易，除了自然灾害以外，还犯了严重的错误。第二，现在建设规模超过了现有经济基础，超过了实际可能。第三，市场物资供应紧张，钞票多了，物资不多；职工多了，工资照发；生产的东西不多，供不应求。
其次，对解决当前的困难，吕志先认为条件还是有的：一是对这种困难，中央已经看到并制定了正确的方针政策；二是这几年来基本建设搞得多，生产能力确实扩大了；三是这几年刮了“五风”，群众确是受了挫折，但党的政策贯彻下去后，群众还是相信党的：四是干部的经验教训比过去多了，过去有个时期头脑热得一塌糊涂，现在头脑清醒些了，谨慎些了。
吕志先认为，克服困难的有利条件很多，问题在于是否坚定执行中央制定的方针、政策、措施。当前，要抓好如下几项工作：一、抓精兵简政，精减城市人口，精简职工，组织他们到农业第一线去；二、抓增产节约，主要是增产农业、轻工业、手工业，清仓滤库，力求节约原材料；三、坚决贯彻中共中央关于农村以生产队为基本核算单位的指示，不要认为这是临时性的措施，而是长期的根本制度。
最后，吕志先严于律己，对自己在金华地委的工作，总结了几条经验教训：一是违反了毛主席一贯教导的实事求是、群众路线的根本思想；二是没有很好地坚持党的民主集中制的原则；三是在领导作风与方法上不够谦虚、谨慎；有些时候情况没有弄明就对下级指责、点名。在此，表示深深的歉意。他说：急躁情绪、骄傲自满、不谦虚谨慎，这是小资产阶级个人主义的表现，需要在今后的工作中加以克服。
1962年4月，因工作需要，浙江省委决定吕志先调离金华地委，担任杭州大学校长兼党委书记。
执掌杭大
杭州大学座落在浙江省会杭州市中心的天目山路与宝俶北路交汇处，校园面积520亩，约35万多平方米。从学校大门外往里一望，只见校园内林木扶疏，绿树成荫，幢幢大楼拔地而起，耸立其中，不失为闹市中一片绿洲，教书育人的绝好去处。
早在1952年，浙江省委、省政府以浙江大学文理学院的一部分与之江大学文理学院为基础，筹建浙江师范学院。2月5日，浙江师范学院正式成立。同时，原浙江师范专科学校并入该院为专修科。
1958年，以浙江师范学院为主体，筹办综合性大学。同年12月，杭州大学正式命名。1959年6月26日，组成杭州大学第一届校务委员会，省委书记处书记林乎加任校长。
1960年7月9日，杭州大学与省委党校合并，对外仍挂两块牌子。1961年11月中旬重新分开。
1962年5月，浙江省委、省政府任命吕志先担任杭州大学校长兼党委书记。吕志先到任后，从重视知识分子作用入手，广泛听取教师对教学、科研工作的意见，狠抓全校教师、学生的思想政治工作，充分调动教师的积极性。在吕志先的倡导下，杭州大学实行每周一次的校长、书记办公会议制度，得到党外副校长的赞同。这种办公会议的基本内容是学习中央文件，通报党委对学校重大问题的决策意见。必要时，还吸收有关部门的负责人参加。
1962年9月5日，副校长、老教授陈建功70周岁生日。吕志先代表杭州大学与省科协，联合举办陈建功的生日聚会，为他祝寿。陈建功是我国著名的数学家，上世纪四十年代，他与著名数学家苏步青，与美国、欧洲两地的著名数学家，形成世界数学铁三角。
1963年3月，副校长陈建功受杭州大学的委派，出席了广州会议。回来后，陈建功在校长、书记办公会上传达了广州会议精神，对陈毅副总理的报告大加赞赏，特别是对知识分子是劳动人民的一部分的提法，更是赞不绝口。他说，好多年来，中国知识分子不敢讲真话，不敢讲心里话，各项建设事业受到讲假话的严重危害。我们中华民族，一定要造成讲假话可耻、讲真话可敬的社会风气。吕志先从陈建功的汇报讲话中，深深感受到我国老一辈的知识分子，绝大部分是爱国爱党的，只要重视和信任他们，是能够发挥他们的特殊作用的。
为了给知识分子创造必要的工作条件，吕志先和学校其他领导一道，为年老而学有专长的教师配备了助手。兼职过多的教师工作作适当调整，以保证他们有六分之五的时间用于教学和科研。学校增添了一批图书资料和仪器设备，使教师们提高了工作效率。在当时物资供应普遍不足的情况下，全校九级以上的158位老师都得到一定的物资照顾。在房产、家具的调整上，实行教学人员第一、行政人员第二的原则。
根据高等学校工作条例规定，学校进行了教学人员确定与提升职务的工作。1962年11月，第四次校务委员会通过41人提升为讲师。1963年9月，第五次校务委员会决定提升3位副教授为教授；8位讲师提升为副教授（报请国务院批准）。同年12月11日，校务委员会议又讨论通过4位讲师提升为副教授。
1963年下半年，根据中央、省府有关指示，进行了工资调整，全校升级人数共467人，占全校教职工总数的43.8%。
吕志先担任杭州大学校长、党委书记后，认真贯彻落实《高教六十条》和“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，把原来政治、经济、中文、外语、历史、教育、新闻、数学、物理、化学、生物、地理12个系，23个专业，调整为10个系、14个专业。学生人数由1960年下半年在校学生数5181人，到1964年9月只有2204人。
根据1962年学校“四固定”即任务、规模、专业设置及学制、编制等方案，大学部人员编制按教职工与学生1：3.6制定。1962年1月至8月，根据过渡编制方案和中央、省委有关指示，全校共精减232人，其中大学部教师75人，教辅人员21人，职员56人，勤杂工23人，临时工37人，附中和幼儿园20人。
函授教育也作了调整。1961年5月17至20日，第七次省高师函授协作会议在杭州大学举行。这次会议着重商讨函授教育如何缩短战线，提高质量的问题。根据这次会议精神，杭州大学决定停办历史、地理、生物、俄语4个函授专业，集中力量办好中文、数学、物理、化学4个函授专业。1963年秋，杭州大学4个函授专业改为招收专修科毕业为起点的本科生。
加强“三基”教育，活跃学术空气，是吕志先着力抓好的一件事情。根据《高教六十条》精神和以往教学工作中存在的问题，学校提出：要加强“三基”教育，即基本理论、基础知识和基本技能，不断提高教学质量。基础课要由有经验的教师讲授。每门课程要保证有一种教材，有固定的教师讲课和辅导。在教学中，必须充分发挥教师的主导作用。
由4年制改为5年制科系，各门课程都重新制订教学计划和教学大纲，选编教科书和讲义。中文系开设了不少当时属于新学科领域的选修课；物理系除普通物理实验外，还开设中级物理实验和无线电、半导体专门化实验。此外，研究生招生专业逐年增加，1962年增加工业心理，1964年增加黎曼几何、物理化学；1965年增加动物生理、植物生理等。
学生强调以学为主，严格执行《学生守则》，严格执行考试考查制度及升级、留级、退学、毕业等制度承认学生之间在基础、才能、努力程度等方面的差别，不强求一律。
各系都把师资培养列为中心工作之一。各教研组均要求青年教师因人制宜，制订进修计划，以便进行监督检查。老教师在业务上以师带徒的方式对青年教师进行对口培养。有的送外校进修。这些措施很快取得成效，青年教师纷纷走上讲台，成为教学工作的一支重要力量。
数学系在陈建功教授指导下，采取读书报告会的方法培养学生和青年教师。这种读书报告会是以一人报告为主，参加听报告的学生或教师可以随时提出意见，提出疑问，当场讨论，还可批评报告的内容、报告的方法以至报告人的态度等等，这种教学相长的方法，深受学生和老师的欢迎。
由于实事求是精神得到恢复，“双百”方针得以进一步贯彻落实，学校的学术风气逐渐活跃起来。为了活跃学术气氛，1962年9月至12月，杭州大学组织了一系列专题学术报告会，其中有：胡士莹的《变文的体裁与特点》、夏承焘的《词调的声情》、王驾吾的《王安石政论文》等等。外语系曾先后邀请葛传槊、胡孟浩等国内外语界知名学者来讲学。1964年4月31日至5月4日，全校举行校庆学术报告分会。1964年，数学系徐瑞云教授与我国著名数学家华罗庚一起主持了我国第一次函授数论学术会议。
1962年至1965年，文科教师出版的著译有10余种（本）。
1963年上半年，理科各系制订科研规划时，数、理、化及生物、心理6个学科共填报科研项目51项、173题。其中，属国家交给的基础学科共7项，属省科委和省有关厅局交给的研究任务7项，中国科学院有关所（室）交给或准备交给的研究任务4项。
1964年9月，学校决定将教务处所管理的科研工作分出来，成立科研处。
吕志先和其他校领导认真贯彻《高教六十条》，杭州大学知识分子的作用得到充分的肯定。校系领导经常采取开“神仙会”、登门拜访、与中青年教师交朋友的方式，加强与知识分子的联系。对于教育革命中被错误批判和处分的教师一律予以平反，向他们赔礼道歉。一些变动工作欠妥的，重新让他们担任了原来的工作，合理地安排他们的教学科研任务。
加强思想政治工作，活跃文体生活，是吕志先担任杭州大学校长后新增的一项重要工作。吕志先上任校长前的1961年下半年，中央提出了改进高等学校政治理论教育的意见，要求政治理论课要开设马列主义基础理论课与思想政治教育报告两门课程。吕志先接手校长后，经校长、党委书记办公会议研究通过，马列主义基础课包括马克思主义三个组成部分和党的历史课程，理科每周两学时，文科每周三学时。到三年级讲授完毕。
1962年下半年起，教工也开始系统地学习政治理论。全校150余名没有系统学过哲学、政治经济学、中共党史这三门基本政治理论的青年教师，以自学或跟随学生班听课的方式进行补修。中老年教师和业已学过上述三门基础理论课的青年教师，根据自己的基础、专业性质的需要，选择不同的课目，以自学为主，辅以集体讨论。校党委及时总结和推广这些行之有效的经验。
从1963年2月起，全校开展了“学习雷锋”的活动。学生中，爱护公物、助人为乐的风气得以发扬。在教师中，包括一些中老年教师也主动学习雷锋。全校举办“向雷锋同志学习”展览会，展出了全校师生学雷锋的先进事迹。
1963年下半年，学校向广大教师明确提出教书又教人、管教又管学的要求。7月上旬，吕志先召开青年教师座谈会，要求教师寓思想政治工作于教学。他还亲自在政治系抓政治课教学改革的试点。1964年上半年，政治系把教师深入学生班做思想政治工作作为一项制度，规定每个教师每周下学生班一天左右。政治系政治教学改革试点的经验受到中宣部的重视，曾转发全国。为了活跃文娱生活，校团委和学生会于1963年9月整顿了校文工团和校美工团。整顿后的校文工团有民乐队、铜管乐队、弦乐队、歌咏队、话剧队、戏曲队、舞蹈队和创作组。校美工团有国画组、水彩画组、宣传画组及素描组。贯彻《高教六十条》后的几年，是杭州大学最有生气的时期之一，全校教职员工的积极性得到进一步提高，教学秩序稳定，学术空气浓厚，教育教学质量有了明显提高。可是，随后政治运动日趋频繁，又不断冲击正常的教学秩序。
1963年起，按照党中央的部署，全国高校开始进行“五反”运动，即反对贪污盗窃、反对投机倒把、反对铺张浪费、反对分散主义、反对官僚主义。
1964年11月，政治、中文、历史、教育4个系的师生949人和理科教师、机关干部204人，共1153人，分赴诸暨、萧山两县参加“四清”运动，前后历时8个多月。其后，物理、地理、外语、数学、化学、生物、体育等系师生也分期分批下到新昌、平湖等县参加“四清”运动。
据吕志先1965年初离任后统计，杭州大学固定资产总值为1068万元，其中仪器设备为340万元。校舍面积10.3万平方米，其中教学用房4万平方米，生活用房6.2万平方米。学生宿舍6幢，共1.6万平方米。教职工住家474户，单身教工498户。学校有图书11.1万余种，49.27万余册（到1965年2月底止）。
1965年1月，吕志先离开他非常热爱又熟悉的杭州大学校园和师生，奉命调到国务院外交部工作。
