1937年“七七”事变后，高克亭经党组织营救出狱，在党组织的安排下，他去延安，在陕甘宁边区党委组织部任统计科长，并有机会多次聆听了毛泽东等党中央领导同志的讲话、报告，政治思想水平得到了很大的提高。1938年8月，高克亭被中共中央选调从延安奔赴山东抗日前线。到山东后，他被分配到苏鲁豫皖边区省委组织部任组织科科长，并分管蒙阴、泗水等县的工作。1939年3月，高克亭同志调任鲁东南特委书记，管辖莒县、日照、诸城、胶县、赣榆等县和高密到胶县铁路以南一带的工作。他经常深入农村，发动群众，组织抗日自卫团和各种抗日群众团体，建立抗日民主政府。1940年底，高克亭调鲁中区党委工作，先后任区党委宣传部长、组织部长、区党委副书记兼社会部长等职务。在艰苦的反“扫荡”斗争中，他总是不顾个人安危，带领区党委部分机关干部和鲁中军区武装，穿插于敌人包围圈之间，机动灵活地打击敌人，保护了根据地人民群众的生命财产安全。他还亲自到泰山区和晋南区的接敌区和敌占区检查指导工作，组织领导党员干部开展反“蚕食”、反“自首”斗争，组织动员群众空室清野，坚壁藏粮，疏散转移人员，组织部署反“扫荡”，为夺取抗日战争的全面胜利作出了积极贡献。
1945年至1950年，高克亭同志先后担任鲁中区党委第一副书记兼军区第一副政委，鲁中南区党委第一副书记兼军区副政委、书记兼军区政委。他认真贯彻执行党的《五四指示》，参加领导了鲁中区的土改运动，积极组织领导支前工作，为配合莱芜、孟良崮、济南和淮海等战役的顺利进行，为粉碎国民党军对解放区的全面进攻和重点进攻，夺取华东战场上的胜利，立下了不朽功勋。
中华人民共和国成立后，高克亭先后担任中共中央山东分局委员兼工委书记、分局工业部长、分局副书记、山东省委委员、山东省副省长等职。他参与领导了“三反”、“五反”运动，打击了一批贪污、腐化分子，维护了革命队伍的纯洁性。
1958年10月，高克亭调青海省工作，先后任副省长、省委副书记、书记等职。他组织领导了青海省的三线建设，建设和扩建了青海省的一些基础工业和重工业，为青海工业的发展奠定了一定的基础。
在文化大革命期间，高克亭遭受政治迫害，蒙受屈辱达7年之久。
党的十一届三中全会后，高克亭自青海省重返山东省工作，历任山东省委常委、省常委会副主任、省委书记、省政协主席、省顾问委员会主任和省委党史资料征集研究委员会主任、省党史学会会长等职。
高克亭始终关心、支持、领导山东的党史工作。他亲自领导与组建了党史机构，建立了山东省党史纪念馆，抢救了大批党史资料，先后领导编写、审定了山东党史大事记、组织史、解放战争时期山东重大战役和大量专题丛书，特别是晚年，仍积极主动编写审定<<八路军山东纵队史》和《中共山东地方史》，为山东的党史工作日夜操劳，做出了重要贡献。
1998年3月17日，高克亭因病逝世，终年88岁。高克亭从事革命事业70余年。他70年如一日，始终孜孜不倦追求真理，坚持真理，始终勤勤恳恳、全心全意为人民服务;始终忠心耿耿、兢兢业业为共产主义事业努力奋斗。他的一生，是革命的一生，光辉的一生，是为党为国为民忘我奋斗的一生。他的高尚品质、崇高革命精神和为党为国为民所做出的光辉业绩将永载史册。
