抗日战争时期，1937年9月奉八路军总部命令在晋北灵丘等地发动群众开展游击战争。1937年11月至1944年9月任晋察冀军区政治部锄奸部部长达7年，他干的是“得罪人”的工作，曾经把政治部宣传部长潘自力警卫员的枪收缴了。余光文认为保卫工作的根本任务就是“铲除奸细、保护好人”。有一批青年知识分子从敌占区到晋察冀，白区中共地下组织发来电报，说其中混有特务，这批青年全部被捕；余光文接手此案后，反复核查，仅一个人有问题，其余全部释放。对死刑案件，他一定亲自审理，反复找疑点，推翻原判重审；经他释放的无辜者，后来不少担任要职。1944年9月到延安中共中央党校学习。1945年4月至6月作为晋察冀代表团成员出席中共七大。
解放战争时期，1947年2月至1948年任晋察冀军区司令部管理处处长。1948年5月起任华北军区司令部第四处（管理处）处长。参加平津战役等。
中华人民共和国成立后，1949年12月至1951年10月任华北军区直属队党委常委。后任公安部办公厅副主任，1955年6月兼任第十八局局长。1961年11月回部队工作。1962年3月至1964年5月任中国人民解放军军事科学院院务部部长、院务部党委书记。1962年1月3日，被授予少将军衔。1965年5月任军事科学院副秘书长。“文化大革命”中受迫害。1978年予以平反，恢复名誉。1979年2月任军事科学院顾问。1983年4月离休。荣获二级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。中国人民政治协商会议第五届全国委员会委员。1985年12月2日因病在北京逝世。
16岁时，余光文开始做长工，身材高大，擅拳术。1925年，他加入了农会和农民自卫军。1927年，参加湘赣边界秋收起义。曾任晋察冀军区政治部锄奸（保卫）部部长7年。1943年12月10日，日军在扫荡中突袭了转移到柏崖村的八路军部队，余光文带领战士突围，其女时年3岁的余泽军被马夫救出，其妻张立和刚出生不久的小儿子被俘。
因为张立坚决不肯说出八路军的下落，日军惨无人道地把张立尚在襁褓中的儿子扔进开水锅中，并用刺刀捅死了张立。张立牺牲时年仅23岁。据记载，当天被杀害的八路军和老百姓共百余名，被称为柏崖惨案。
图为：1939年在唐县稻园村晋察冀军区政治部。右起：王平、朱良才、舒同、余光文。
柏崖惨案
1943年12月10日，日军在扫荡中突袭了转移到柏崖村的八路军部队，余光文带领战士突围，时年3岁的长女余泽军（小宝）被马夫邵永顺救出，余光文的妻子张立和刚出生不久的小儿子被俘。因为张立坚决不肯说出八路军的下落，日军惨无人道地把张立尚在襁褓中的儿子扔进开水锅中，并用刺刀捅死了张立。张立牺牲时年仅23岁。当天被杀害的八路军和老百姓共百余名，包括晋察冀画报社指导员赵烈、总技师何重生等9人及数名工兵；沙飞等四人负伤。被称为柏崖惨案。
鬼子撤后，余光文带着部队回来，看到惨死的妻子、孩子，昏迷过去，余泽军看到妈妈、弟弟，也大哭，在场的所有人放声痛哭。他们买了一棵大树，锯成四截，做成一副棺材，将张立母子合葬在村东头。
根据资料：1943年秋季日军大扫荡时，余光文为支队负责人，聂荣臻专门给他一部电台，他夫人张立刚生第二个孩子不久，也带着两个孩子，跟随部队转移。
12月10日，部队拂晓前到柏崖村，他们找到昨晚转移来此村的晋察冀画报社沙飞等人，看他们正准备吃饭，就说部队饿了一天一夜，先让给他们吃；他们正准备架电台与上级联系，听到枪响；根据电台一直跟踪他们的日军包围了村子。余光文留下5个战士及张立和孩子，带着部队冲出去。5战士先后牺牲；马夫邵永顺抱着他们三岁的女儿小宝（余泽军）冲出去，子弹呼啸，小宝仍呼呼大睡，邵永顺把她藏在了山洞里。
张立带着三个月的小儿子被日军抓住，押到村口麦场，已经有一些老百姓；张立虽然穿便服，但带着手枪，身份暴露；日军夺过张立怀中的婴儿，扔进开水锅里（画报社煮开的水），又用刺刀把张立刺死，还把一个老乡的孩子也扔进了锅里。
日军撤后，余光文带着部队回来，看到惨死的妻子、孩子，昏迷过去，小宝看到妈妈、弟弟，也大哭，在场的所有人放声痛哭。他们买了一棵大树，锯成四截，做成一副棺材，将张立母子合葬在村东头。
又据《铁色见证——我的父亲沙飞》一书柏崖惨案中有关部分，亲历者李志书：后来我和何重生的通讯员到柏崖我们住的屋，掀开锅盖，两个孩子在里面，余部长的爱人裸体死在院子里，我们找席子盖上。第二天我们想回柏涯看动静，路上看到余部长，他问我们干嘛？我们说回去埋人，他骂了我们一顿，说敌人已经撤退，赶快找部队，都让他们回来，你怎么一人跑了，胆小鬼。我说什么也没有，拿什么找队伍。他就给点粮票和钱。
亲历者李金月：我们跑下山时，看见余部长在哭，我们进到村里，看见他老婆已被鬼子挑死，他的孩子煮在锅里。我和高华亭把孩子拿出来，放在孩子妈的旁边。晚上余部长带我们走了。
