攻读马列
1948年7月，刘子正从泰山地委调到鲁中区党委集中，准备参加接管济南。由于形势变化，接管济南事暂缓。7月24日，中共中央下达《关于开办马列学院的决定》： “为适应时局发展的迫切需要，中央决定创办高级党校，名为马列学院。”两天后中央书记处又发出通知，除重申了刘少奇和陈伯达的任职外，任命杨献珍为马列学院教育长。马列学院招生通知中，第一期分配给山东二十个名额。刘子正主动申请到马列学院学习。1948年8月，山东组成以张震寰为队长、刘子正为指导员的二十人队伍，开赴河北平山县西北坡附近的马列学院筹备处驻地。第一期预定学时一年半，分三个学期授课。11月8日正式开学，原定刘少奇在开学典礼上的讲话，因故推迟到12月14日。刘少奇讲话中强调了为什么要办马列学院，为什么要学习马列主义。他指出： “马列主义是我们党的理论基础，但我党在提高理论修养方面是有缺点的。”他还针对学员入学时问题，就理论联系实际、学习世界各国革命经验和世界史，以及既要反对教条主义又要反对经验主义、提高文化及学会写文章等，作了细致的讲述。
1949年3月27日，马列学院随党中央迁到北平，始住香山，当年10月28日迁至西苑自得园。从此，这座前皇家园林就成为马列学院和后来的高级党校的校址。
刘子正参加革命近二十年，一直在地方基层战斗、工作，虽有丰富革命斗争实践，但局限性很大，视野不宽。来到马列学院，在诸多名家授课指导下学习，接触到新境界，心中豁然开朗。特别是听了刘少奇的报告后，使他在观念上、思维上别开洞天。可以说，人马列学院学习，使刘子正在革命道路上踏上一级新台阶。这也是他青年时期求知若渴不得如愿的最大补偿。他决心在基础知识上充实自己，用系统的马列主义武装自己。但是，他才学习一年，教程尚未学完，就于1950年底和张震寰被双双抽出留校工作。刘子正无条件服从，但内心不甘愿。杨献珍看出他的心思，答应他们可以边工作边学习。
为加强管理，改进工作，中组部副部长李楚离和杨献珍，于1952年9月24日，就调整马列学院组织机构和干部任职问题给刘少奇上呈了请示报告。其中建议伍辉文、刘子正（原教务处组织科科长）任校组织处正、副处长。1952年9月30日刘少奇在报告上批示同意。
刘子正进中央马列学院学习，正处于中国革命的转折时期，由武装斗争转为和平建国的过程中，对他自己也是人生的转折，由一名革命者转为建设者。他需要的不再仅是勇敢，而最需要的是知识，不再仅是经验，而更需要的是理论。他在奔赴马列学院的路程上充满了信心、希望和激情，既有对革命成功的自豪，又有对未来建设的憧憬。入高级党校学习成为他永不磨灭的记忆。
他在纪念杨献珍诞辰100周年的文章中说： “我在马列学院、高级党校学习和工作期间，体会最深、认为极端重要的，现在仍应坚持的，就是杨献珍同志贯彻执行我党在延安整风期间所独创的理论联系实际的学习方法。这是一条极其宝贵的经验。”他对党校的“学习理论，联系实际，提高认识，增强党性”十六字方针，非常赞同、拥护，并严格遵照执行，认为这“十六字方针”既包含了反对教条主义，又包含了反对经验主义。他认为“唯上不顾群，唯书不视实”，都是错误的。学习首先端正学风，工作要首先端正作风，撰文演讲首先端正文风。有什么样的风，就有什么果。他对在党校发生的争议，认为学术争论不能政治化，学术争鸣是民主的，科学的，是进步的表现。要尊重甚而保护不同意见，真理往往脱俗而出，伊始不被认识，在争论中辨明。他认为，现实中存在思想斗争是必然的，进行积极的思想斗争也是必要的，但要严肃认真，不能过火。
开展批评与自我批评要遵循坦白诚恳、与人为善、惩前毖后、治病救人的原则。他赞同和支持杨献珍的观点，指出在总结总路线、大跃进、人民公社问题上，应尊重唯物论、尊重辩证法，世界观和方法论要一致。他尖锐地批评了当时严重存在的共产风、浮夸风、强迫命令风、生产瞎指挥风和干部生活特殊风等错误。这都是从他掌握的理论中得到的勇气。
工作多端
刘子正在高级党校一呆就是十五年。他从组织干事做起，先后任组织科长、组织处长、校党委常委兼党委办公室主任、校务办公室主任等职，同时还任中央直属机关党委委员。他主管的工作项多事杂。党校的组织人事、政治思想、内部事务，在校党委的集体领导下，均由刘子正具体负责。这使他成为无事不涉的“大管家”，实则是“总杂役”。解放初期，党校正处于组织建设、校园基本建设的起步阶段。在这百废待举之时，许多事几乎都须刘子正亲力亲为。当时正是烽火连天的抗美援朝和“三反”、 “五反”运动等接连不断的时期，工作难度大。刘子正仅就选调和配备干部，从各地各部门挑选人才，便跑遍了各地。为提高教学水平，他聘请了一批苏联专家来研究、授课。但他们的吃住行等问题随之而来。
为了改善教学和生活条件，党校加大了建设力度，相继修建了专家楼、教学楼、学员楼、办公楼、食堂、运动场等设施，到1954年党校的工作和生活逐步走上了正规。这些事虽有行政处主办，但刘子正也在校领导的指派下，花费了大量心血。
1953年刘子正参加了以贺龙元帅为团长、康克清为秘书长的第三次赴朝慰问团，任第一分团秘书长，进行了长达三个月的慰问志愿军的活动。他们走遍了朝鲜的半壁江山，上高山、下坑道、到连队、看望伤病员，深入第一线将祖国人民的关怀带给最可爱的人，并慰问了朝鲜当地的党政军民。同时还与朝鲜中央党校进行了深入的交流，带回了一批可以借鉴的资料。
1958年中央号召干部下放时，校党委决定，由刘子正具体负责组织抽调干部下放到山西省劳动锻炼，做社会调查。他几次不辞辛苦去各点看望，了解下放干部的情况。在贯彻总路线、大跃进、人民公社的三面红旗时期，党校的主要领导先后到外地、下基层，或离校承担其他重任，刘子正肩负起主持日常工作的重任。
1958年夏，毛泽东提出“农业八字宪法”。校长杨献珍为了坚持实事求是，进行科学实验。他让种过地的刘子正具体过问。人们严格按照农业八字宪法的要求精耕细作，严密管理，终于喜获丰收，亩产700余斤。刘子正满意地说： “农业八字宪法是粮食生产的基本方法，认真做了会增加粮食产量。可是报纸上说l亩地能产万斤粮，显然是在夸大其词、弄虚作假、哗众取宠”。杨献珍据此及他到各地调研的结果，开始对“人有多大胆，地有多大产”和“跑步进入共产主义”的提法进行了严肃的批判。
在“大跃进”高潮中，党校发生了一起奸杀案。刘子正被校党委指定为破案小组的负责人。他同办案人员深入研究，认真分析案情，锁定内部作案，普遍摸排，搜寻线索，但不同意通常发动群众的做法，以免动作太大，影响校内气氛，干扰教学秩序。结果三天破案、抓获了凶手。当刘子正向全校人员宣布案件告破时，操场上的人群热烈欢呼鼓掌。
1956年党校在先农坛体育场举行了首届运动会。刘子正负责组织和保卫工作，为此不辞辛劳，筹备数月，妥善安排各种事项，并代表校党委主持大会。刘少奇、邓小平也到场出席开幕式。运动会很成功，为增强学员与教职工的体质，活跃他们的文体活动起到促进作用。可惜举办了几届就被无休止的政治“运动”所替代。
为了分期分批培训全国地专级以上的各级干部，1956年杨献珍携张震寰到苏联中央党校考察取经，带回了苏共中央党校的园区布局图，大大开拓了党校的规划视野。杨献珍上呈了扩建党校的请示报告，很快得到中央批准。杨献珍把建设新校园作为当务之急的工作，交给身兼校务办公室主任的刘子正具体抓。
那时新中国刚建不久，百业待举，物资匮乏，要想在几年中完成这项工程十分艰巨。刘子正拿着中央的计划调拨单，三番五次的走东北，到兴安岭调拨木材，到鞍山调拨钢铁。那时的鞍钢是全国最大的钢铁企业。当时，全国钢产量只有区区500多万吨，鞍钢的全部产量统归中央调拨，任何人无权动用。中央下达的指标是按鞍钢设备的设计能力和生产能力所定的，已经是满负荷，哪还能为中央党校增加生产？刘子正请在鞍山市委任职的刘舜卿疏通，钢材才得以解决。刘子正面对大批建材兴奋地说，这些紧俏物资，都是从鞍钢轧钢车间和兴安岭直接装运来的。在刘子正和全体管理、工程人员的奋力工作下，在短短的几年里，党校的主办公楼、教学楼、图书馆、大礼堂、食堂、学员楼、员工干部宿舍楼等七十多栋大型建筑拔地而起，具备了我们党的理论最高学府的规模。至今，主楼前横立的匾碑上的“实事求是”，依然熠熠生辉。立这块碑时，刘子正强调： “实事求是这四个字是党校的办学宗旨。党校就是追求真理、传播真理、为党培养人才的地方。”
中央为了提高少数民族干部的思想理论水平，为边疆的的经济建设培养人才，自1954年起在中央党校开办了新疆干部培训班，每年抽调一批工作在第一线的少数民族领导干部来中央党校学习。刘子正离开党校前，一直担任这个培训班的政治指导员，班长是时任全国人大副委员长、新疆民族自治区主席的赛福鼎。班主任是康生的夫人曹轶欧。
为了让每个民族干部，适应北京环境和学习生活，刘子正做了大量的准备工作。为尊重少数民族的生活习惯，特意从新疆抽调来厨师和运来牛羊肉，及奶茶奶酪等，并在学院大食堂辟开新疆伙食专区，后来办起新疆班食堂。这个食堂是专供、专制和专享，即使在三年经济困难时期，也保证学员们生活水平基本不变。每逢古尔邦节等节日，还组织学员们参加丰富多彩的联欢活动，使他们深深感受到了祖国大家庭的温暖。学员们都高兴地说： “在北京的学习生活比在家乡还要好。”平时只要有时间，刘子正总是习惯地到民族干部的教室和宿舍转转，找人聊聊，问寒问暖，好多民族干部跟他都结下了深厚的友情。在刘子正负责新疆班的近十年时间里，中央党校为新疆民族自治区政府培养了一大批各级领导干部，有些还担任了中央各部委及自治区的主要领导。
1962年5月，正当刘子正陪同赛福鼎在天津视察工作时，中苏边境发生大批边民越境外逃的“伊、塔事件”。接到通报以后，刘子正同赛福鼎立即返京，并在中央的安排下送赛福鼎返回新疆处理这一事件。不久，刘子正又受中央委托，前往新疆了解和调查此次事件的原委。他一到新疆就不辞辛苦深入到基层，与工作在第一线的各族干部深入交谈，掌握了第一手的材料，同时还抽空探望曾在党校学习过的学员，推心置腹地做耐心的思想工作，稳定了干部队伍。
在新疆期间，刘子正为宣传国家的稳定和统一，为民族事业的进步与发展，做了大量艰苦细致的工作。他要求党员干部反对地方民族主义和大汉族主义，坚决反对民族分离主义和分裂势力、宗教极端势力和暴力恐怖势力及其各种破坏活动，坚决抵制利用宗教反对政府的图谋。回到北京之后，刘子正向中央写出了全面的调查报告，指出：这次事件给当地的经济发展和社会稳定造成了严重的危害。其发生的原因：一是沙俄的历史影响。二是苏联对伊犁经济、军事、文化渗透和控制。三是中苏关系恶化后，苏联驻伊犁领事馆和苏侨协会的直接策划和参与。四是主观上我们对苏联霸权主义本质认识不够，放松了警惕。同时，当时我们国家处于经济困难时期，基层组织工作比较滞后，还不能适应边疆少数民族地区形势变化的需要。这为中央了解实际情况，掌握和调整政策，加大支援和促进边疆经济发展的力度，积极培养和使用少数民族干部，起到了重要参考作用。
刘子正在中央党校期间，正确地执行党的干部政策。为中央党校的组织建设和干部队伍建设勤恳努力、任劳任怨地做了许多工作。他还就如何办好党校，为我党培养更多的具有马列主义水平的好干部，向先后几任校长提过不少有益的建议。他认真学习和研究马列主义，同党校的其他领导同志一起，为维护马列主义和毛泽东思想的完整性、纯洁性、准确性做出了自己的努力。
照顾彭总
1959年10月，蒙冤被批的彭德怀搬出了中南海，来到西郊的挂甲屯吴家花园住，名日自修马列主义，党的关系转到中央党校。为此，彭真、杨尚昆、安子文等专门把党校的校长杨献珍等党委常委找到吴家花园，当面布置了任务。刘子正是常委，也到场。彭真说： “请党校帮助彭总学习，代拟个学习计划，可以学点哲学，学点政治经济学”。又说： “不要一个人犯了错误就谁也不敢接近了，你们帮助彭总读书，有什么问题可以开诚布公地谈。”杨尚昆嘱托说：彭总今后暂时安排在党校学习，虽然他受到批判，可他是我党的老革命。你们要派组织原则强的主要干部担任联络工作，有重要文件及时送收。有什么要求要及时向中央汇报。这件事对常委以外的任何人都要严格保密。此时的杨献珍正因“反五风”的言论被康生污蔑为与彭德怀“一文一武，遥相呼应”之时黑手，不便再与彭德怀接触，但考虑到事关重大，当场提名由刘子正负责这一任务，当即得到了杨尚昆的首肯。这样，刘子正便成为党校与彭德怀的联系人。彭真当面叮嘱他： “刘子正同志，彭老总要在这儿住上一段时间了。这里离党校较近，希望你们多照顾着点彭老总。他的党组织生活以后也在你们这儿过。老总要看文件，看各种书籍，希望你们一一给以解决……还有，再请一位讲师，给他谈谈政治经济学。”接受任务后，校党委开了一次会，指定两位教研室的同志任学习秘书，帮助彭德怀学习哲学和政治经济学。其主要任务是帮助彭德怀制定学习计划，寻找一些参考材料，定期交谈交谈。
同时，确定党校的负责同志大约每个月去看望彭德怀一次，谈谈心。作为联系人，刘子正经常去彭德怀处看望照料，了解到有什么问题和需要，及时报告解决。领导的嘱托，组织的决定，良知的驱使，感情的倾向，使刘子正一直倾心竭力地承担着这项不为人知的工作。同时，他也可以名正言顺地、毫不避讳地接触彭德怀，在不干扰彭德怀读书学习，思考问题和正常休息的前提下，经常去看望他。天长日久，耳濡目染，他对彭德怀的品格更为钦敬。
彭德怀一直保持着劳动人民本色，也意在做些实验，便在院内和警卫人员一起种了些庄稼、蔬菜、瓜果，还挖塘养鱼。以劳动作为积极的休息。刘子正每次去，见彭德怀干啥，就随同一起干，挽起袖子锄地，卷起裤脚下塘，两人边干边聊，相谈甚得。彭德怀是位刚正不阿、坦荡无忌的人，他觉得刘子正也是个实事求是的人，有时便袒露些心迹，抒发些郁闷。刘子正内心完全理解，深切同情，但只能做些浅浮的抚慰。思想上的共鸣则在不言之中。
彭德怀曾问刘子正： “你相信一亩地能打万把斤粮食吗？”刘子正甚解其意，但话题太过敏感，便间接答道： “我过去在农村没有见过，现在也没有亲眼见过。去年杨（献珍）老在党校种的麦子是我从来没有见过的大丰收，一亩地也就打了700来斤。这是实事求是、可以信赖的产量”。于是，彭德怀亲自种试验田验证，也只打了近700斤。面对彭德怀的实验产量，刘子正说： “看来，一亩地产700多斤，比较靠谱。”他以事实表态，委婉地支持彭德怀反对大跃进“浮夸风”的立场。
彭德怀学习非常认真。党校组织学习苏联“政治经济学教科书”和毛选四卷，每次他都积极参加，认真发言。
从1959年11月到1965年l 1月前往西南搞大三线建设，彭德怀在吴家花园住了六年。在此期间，刘子正在同彭德怀的直接接触中，留下了深刻的印象。他为人耿直，心怀坦荡，毫不隐瞒自己的观点。他顾全大局，严以律己，能够实事求是，坚持真理，修正错误。他学习勤奋，勤劳简朴，平易近人，关心群众，组织观念也强。他关心社会，关心群众，亲民爱民。他多次表示要继续做些于人民有益之事，觉得“老当寄生虫不是办法，尸位素餐，心中惭愧。”
刘子正在联系和照料彭德怀的岁月里，竭诚尽心。他知道彭德怀并不需要生活照料，而是在心理和情绪上的慰籍，应帮助他排解政治上的郁闷和心绪上的孤独。那期间，杨献珍也在“三旗” “五风”问题上受到了批判，更不便去看望和接触彭德怀。但是，杨献珍对刘子正谈到的一些观点，及其流露出的真情实意，常由刘子正与彭德怀畅聊时不由自主地带出来。可以说，杨献珍和彭德怀两个惺惺相惜的人之间，由刘子正“互通款曲”。如果说伍辉文等人去看望彭德怀是代表党校党委，刘子正则更带有一定个人色彩，说话内容更为宽泛和自由。
刘子正亲自感受到彭德怀人品的高尚，对革命事业的忠诚，对事实的尊重，对追求真理的执着，对人民的关心，对党的热爱，称他是一位纯粹的共产党人，真正的马列主义者，对他由衷地钦佩、敬重。彭德怀通过接触，对于刘子正对他“亦师亦友亦尊长”的态度，颇有信任感。他们交流无戒忌，相互的信任度，如师友之真诚，如同志之崇高，使刘子正将彭德怀终生为鉴。
1964年1月，刘子正调离党校，南下杭州，特意去彭德怀处辞行。刘子正怀着惜别的心情说了一句话： “我永远学习彭总坚持实事求是、维护真理的精神。”文化大革命中，刘子正自身难保，但当他听到彭德怀重遭迫害致死的消息时，悲情难抑，长叹一声说： “历史将还他清白！”粉碎“四人帮”以后，刘子正才如释重负地说： “老革命终于可以平反昭雪了”。
批杨之争
杨献珍是位杰出的理论家、教育家，中国哲学界的帅才。他于1942年开始了他的党校生涯。1947年12月25日，中央决定创办马列学院，任命杨献珍为教育长，后任校长，可以说，党校管理、教育工作几乎耗尽了他一生的经历与精力。他在长期的党校工作中，始终亲兼授课，这使直接受到他培养教育的干部，可谓“桃李满天下”，也使他自己在党内具有相当的思想影响力。
杨献珍待人亲和，宽厚仁爱。大家对杨献珍尊称为“杨老”。杨献珍关爱干部，尊重事实。1952年初，全国展开了轰轰烈烈的“三反”运动，打破了马列学院校园的宁静。当时，学院的运动领导权实际由别人主控，把学院主管总务后勤的副秘书长刘元士，经过四十天的指供、逼供、诱供，终于打成“大老虎”。刘子正在日常工作中与刘元士有所接触，没有发现其有不轨迹象，也没有看出有品行问题，曾几次对杨献珍反映对此案的看法。杨献珍对刘元士的贪污问题始终持有怀疑态度。但他碍于某些压力，未能挺身而出，纠正错案。后来，刘少奇发现了此案，直接找杨献珍了解情况，对他没有抵制这个错案进行了批评，责成中组部负责人安子文认真查处。最后，纠正了错案，杨献珍在中组部的会议上承担了责任，作了深刻检讨。此事使刘子正非常钦敬杨献珍的高尚人格，认为他实事求是和勇于担责、实则代人受过的精神值得学习。刘子正来自孔孟之乡，自幼受尊师重教的思想熏陶，尊重知识、敬仰学者是他的基本修养。他本人曾做过小学教员，有过教书育人、为人师表的经历和体验，因此内心特别尊崇“师道尊严”。刘子正是马列学院第一期学员，全体总共106人，杨献珍与他们接触广泛，个个了解。师生加同志的关系，使他们的感情甚笃。刘子正特别尊重杨献珍高深的学识，高尚的品格，真诚的为人，在学识上、工作中、人际里，都以他为楷模。刘子正留校工作后，由于工作关系加师生之谊，与杨献珍接触很多。
1958年大跃进，群众的生产积极性被不理性地激发成一股狂热，全国各地出现共产风、浮夸风、强迫命令风、生产瞎指挥风、干部生活特殊风。刘子正认为这些是不对的，但觉得是群众运动难免出现的过头之处，不宜“妄加评议”，但又按耐不住，便请教杨献珍，如何看待这些现象，是新生事物，还是脱离实际。杨献珍断然表示， “人有多大胆，地有多大产”这豪言壮语，已经堕入主观唯心主义，在许多事情上，完全把形而上学当成辩证法。
这期间，杨献珍授课、谈话及作报告，都尖锐批评“五风”。他那大胆、尖刻、犀利的激情话，有事实、有论据，有胆识，说出了席卷全国的大跃进、人民公社的致命问题。它使头脑清醒者为之振奋，盲目冒进者为之惊愕，头脑发热者如泼冷水，心怀叵测者为之胆寒。这些话得到广泛的共鸣和赞赏，立刻在党校内外引起热烈的反响，听者都感到痛快淋漓，切中时弊，认为是一番发人深省的警示。人们为他的睿智和政治胆识所感染。
1959年7月2日至8月1日，中央政治局扩大会议在庐山召开。彭德怀致毛泽东的一封信，遭到批判。8月2日至16日，八届八中全会继续批判彭德怀的“右倾机会主义的进攻”，并作出处理决议。杨献珍是中央委员，对会上称彭德怀的问题是“两大对抗阶级的生死斗争的继续”，感到不安和困惑： “真是怪事，怎么能说彭老总会反党？”康生就此抓住不放，诬蔑称： “庐山会议期间，杨献珍和彭德怀一文一武，一个在山下，一个在山上，互相配合，向党进攻。”1959年11月22日，康生、陈伯达、安子文找杨献珍谈话，指出他的“严重错误”，责成他进行检查。
12月9日康生召开中央党校党委会，布置对杨献珍的批判，要求对杨献珍的错误明确表态。面对这“泰山压顶”之势，身为常委的刘子正和众委员一样，只能表示坚决按中央的指示精神批判杨献珍的错误。从1959年12月15日起到1960年6月16日，中央高级党校党委先后举行了二十三次全体会议，对杨献珍举行了长达六个月的批判。委员们的批判发言，有的秉承康生、陈伯达的旨意，把杨献珍的言论上纲为反党、反毛主席；有的机械地把康生、陈伯达的意见简单重复几句，聊以应付；刘子正和大多数人则是外屈遵于上级的布置和内惧于组织的监督，不能不批，但因思想认同于杨献珍讲话的观点，在无奈之中，采取了重复别人、隔靴搔痒、就事论事、小批大帮的方式敷衍交差。
刘子正颇感“批杨”不对，多次按耐不住地私下流露：本来是按照哲学理论分析和解剖问题，提出自己的建议，可能有些表达言辞上说过了头，矫枉必须过正嘛，不说的狠些不会引起大家的警觉。党内历来是本着实事求是的原则，言者无罪、闻者足戒。这样兴师动众地批判，以后还有谁会再讲真话？
这期间，刘子正内心充满了无尽的苦衷，良知和组织观念在内心激烈地碰撞着。论感情、论道义，对杨献珍的任何批评都是不应该的。杨献珍的看法，他也有。杨献珍的说法，他也说过。何错之有？把一些至多属各述己见的学术问题当成政治问题对待和处理，实不应该。这不符合党的“百花齐放，百家争鸣”的方针。他见到杨献珍时私下流露了这种纠结，杨献珍反而宽慰他： “我理解。我现在保不了你们，你们要自保。”这是何等的师恩啊！
在强大的压力下，杨献珍在党委会上被迫作了三次检查，违心地接受了许多被强加的不实之词，承认自己犯了“反党、反毛主席、反总路线、反大跃进、反人民公社”的严重“错误”。刘子正听了，内心颇为苦闷。
党校批杨，纯系康生策划。刘少奇和邓小平指出杨献珍是好人犯错误，意保其过关。彭真也说： “杨献珍已经检讨几次了，我看可以了。”康生则抓住不放，力图一棍子打死。1959年底，中央任命艾思奇为副校长，主持工作。不久，中央任命中纪委副书记王从吾为校长。杨献珍被降为副校长。
杨献珍与康生是旧识，早在延安时期二人有所往来。1956年9月28日，在八届一中全会上，因延安抢救运动大批伤害干部而蛰居很久的康生，当上了政治局候补委员，开始拉拢杨献珍。先送礼，后看望，要杨献珍把其夫人曹轶欧调到中央党校。杨献珍对曹轶欧在政治上、组织上和生活上作了照顾性安排，这使康生和杨献珍的来往更密切了。每逢周末康生来中央党校，二人常在一起聊天。但是，杨献珍对康生这个“当面是人，背后是鬼”的党内巨奸，没有提防，终被其害。
1962年1月11日至2月7日，中央在京召开扩大的工作会议，史称“七千人大会”。刘子正和中央党校党委常委都参加了这次大会。他回来后高兴地告诉一些同志： “主席见了杨老，对他说：听说1959年你在中央党校也受了批判。我看现在可以翻身了”
根据会议精神，要给1959年反右倾运动中受批判或处分的同志甄别平反。刘子正借助这股东风，率先积极向时任中央党校校长的王从吾细谈了所谓杨献珍错误来龙去脉和对其的错误批判，以及党校内群众的反映。党委的多数委员和许多群众也向王从吾校长提出为杨献珍同志甄别平反的意见。王从吾非常重视刘子正及其他校领导的意见和群众的反映，与校党委认真研究了为杨献珍甄别平反的具体方案，党委的五位常委一致通过了为杨献珍平反的上呈报告。彭真在此报告上批示： “同意为杨献珍平反”。
毛泽东和其他中央领导人都在彭真的批语上划圈表示同意。由于康生从中作梗，甄别一波三折，直到1963年1月，中央任命时任人大常委会副委员长林枫为中央高级党校校长后，才向全体学工人员宣布了王从吾为杨献珍平反的上呈报告和毛泽东及其他中央领导同志的批示。这时，长期压在刘子正心头的一块石头才算落了地。
“七千人大会”之后，中央党校群众对康生和曹轶欧“左”倾和瞎指挥及飞扬跋扈作风提出批评。刘子正是党委常委兼党委办公室主任、组织处长。群众的这些意见，都是由他汇集、整理、上报。康生夫妇大为恼怒，认定中央党校是杨献珍的后院，刘子正是杨献珍的门生，这些意见都是杨献珍在“作祟”。他们第一恨杨献珍，其次恨刘子正，必予除之而后快，一直窥测机会。
1963年秋，凭刘子正的政治敏感，一股袭杨阴云已经显现，一场更大的政治风暴正呈“山雨欲来风满楼”之势。他再也不愿使自己的政治良心受磨难，更不愿再亲眼目睹自己尊敬的师长在人格、尊严上无辜受摧残。在明知爱莫能助的情况下，他选择了“走为上策”，毅然决定离开中央党校。他对知己同志说： “只要康生在，党校无宁日。”还说： “早走早好，晚走晚好，不走不好。”1964年1月，刘子正深情地告别了杨献珍和共事多年的老同志，以及他付出诸多努力与辛劳建起的校园，携眷离开首都，远下杭州。
整人的机会总是留给那些品质恶劣的人。1963年2月，杨献珍在讲课中说： “事物既是‘一分为二’的，也是‘合二而一’的。”这本是中国古代关于对立统一的光辉思想，又被心怀叵测的康生抓住向毛泽东告状；这种与毛泽东“一分为二”论并不矛盾的学术观点，不仅得不到健康的探讨、争鸣，结果反被酿成一场政治阴谋、肆意迫害，把杨献珍投入万劫不复的灾难中。1964年春，经惨遭批判，杨献珍被贬为社科院哲学研究所的副所长。
刘子正闻悉，心中酸楚，说： “作为理论学者是在探讨如何解决问题的最好办法，能提出新观点丰富人们对事物的全面认识是个好事。怎么会演变成了嫉贤妒能、清除异己的政治斗争？”
杨献珍在中央党校的两次罹难，完全是康生的祸手造成。他晚年痛切地认识到：康生是一个古今中外从来没有过的最大的权奸或HL{超级权奸。这家伙是林彪、 “四人帮”的参谋长或高级参议，是中国人民最大的祸害。在“文化大革命”中，经他一人点名迫害的高级干部就达800多人，其中被迫害致死的400多人。真是罪恶滔天。现在，全国人民和全世界人民都看到他的可耻下场了。
