蒙区统战建政权
为了建立广泛的统一战线，吕明仁不断地派干部深入蒙区，调查了解情况。并与王爷、蒙古族进步青年及原来进驻库伦旗的三师独立团取得联系，宣传我党的方针政策，组织蒙古族进步青年同伪官吏进行斗争，并与独立团建立了“八路军驻库伦旗办事处”——实质是我党在库伦旗的第一个革命政府。
为了巩固在库伦开辟工作所取得的成果，1月15日，吕明仁在返回阜新地委驻地后的第二天，就写信给在库伦工作的同志，指出：要尊重少数民族地区的风俗习惯，正确处理好蒙汉民族及八路军与群众的关系，工作中要注重调查研究，发扬民主作风，广交朋友，扩大宣传与训练干部的工作，注重培养使用当地蒙古族干部，等等。
1月25日，东蒙古人民自治军司令员阿思根、中共热辽边地委书记吕明仁先后抵达库伦旗。当日，吕明仁参加了东北民主联军(后改为东北人民解放军)西满军区代表吕正操与东蒙古代表阿思根及兴安地区代表乌力图在郑家屯签署军事协定——《吕阿协定》。《吕阿协定》的主要内容归纳为：（一）东蒙自治军接受东北民主联军西满军区的领导和指挥，共同打击反动武装；（二）西满军区向东蒙自治军派驻政治工作人员，开展政治工作；（三）西满军区为东蒙自治军提供武器、弹药和部分给养。
会后，吕明仁与阿思根以及库伦旗进步青年代表德勒黑等人举行三方会谈，商定成立库伦旗联合政府，组建东蒙自治军第八团（后改为蒙骑兵二师十四团），并决定解散原旗保安队。
为了充分发动蒙古族人民投身于打倒国民党反动派和封建势力的人民战争，吕明仁接见了包忠爱、王保山等蒙古族青年代表，要求他们广泛宣传党的民族政策，揭露国民党蒋介石的大汉族主义，提高广大蒙古族青年，特别是青年知识分子的政治觉悟，动员更多青年投身于民族解放运动，在形成一支骨干力量的基础上，建立蒙古族人民武装。
1946年2月，中共阜新地委在吕明仁主持下，在阜新县平安地作出了“建立蒙古族人民武装”的决定。同年2月，正式成立了中国共产党库伦旗委员会和库伦旗民主联合政府。
1946年3月14日，在吕明仁的关怀和支持下，20多名蒙古族进步青年在阜新县平安地集会，从此，一支强悍的蒙民大队诞生在内蒙古草原上。蒙民大队成立后，吕明仁指示县大队给这支队伍拨了17支长枪、10箱手榴弹。到1946年7、8月蒙民大队发展到400多人。蒙民大队自组建以后，铁骑驰骋辽吉蒙大地，先后参加67次比较成型的战斗，歼灭敌人300多名，缴获各种武器千余件，弹药3万多发，大车百余辆，战马600多匹；解放城镇和乡村500多个，组织武工队和农会300多个，为巩固根据地、解放家乡立下了赫赫战功。
1946年2月中旬，国民党调集重兵，继续向我东北解放区疯狂进攻，锦州、北镇、黑山、阜新等地连连被国民党侵占，形势十分严峻。1946年2月15 日，吕明仁主持召开了地委会议。会上，他传达了上级指示精神，继续北撤通辽，深入蒙古族地区，建立新的革命根据地。
哲盟游击驰疆场
1946年2月23日，吕明仁率领阜新地委机关及阜新市委、黑山、北镇两县党政军机关转移到通辽。由于战事影响所辖地萎缩，阜新地委改为通辽中心县委（对外称“通辽人民民主建国会”），领导通辽、开鲁两县工作。根据上级党委决定，吕明仁任 “通鲁工作委员会”书记。
在吕明仁带动下，中心县委齐心协力，积极开展工作。他们一手抓城市工作，依靠工人反奸、清算，恢复生产，维持社会治安，一手抓农村工作，培养积极分子。为了联系群众，吕明仁用自己骑的马给群众拉犁、种地，亲自刨茬子、扶犁、点种、赶大车，很快把农民群众发动起来，建立了农会和民兵组织。
为了团结各阶层人士，广泛地开展统一战线，吕明仁认真贯彻党的民族政策和宗教政策，团结一切可以团结的力量，共同对付国民党反动派。在充分发挥蒙古族进步青年的作用、通过各种渠道做争取团结蒙古民族、宗教上层人士的工作的同时，吕明仁通过走访、座谈、调查，指示立即召开参议会。经过民主选举，产生了通辽县政府委员及县长，吕明仁被选为参议会长，聂品任县长。闭会时，吕明仁致词，勉励大家监督政府执行议案情况。会议根据议案要求，首先清算了日伪少将原通辽维持会长刘居正、沈事奇及垄断通辽经济命脉的“八大家”。清算斗争的胜利，使人民群众的思想觉悟得到空前的提高。
在吕明仁的指导下，以清算的胜利果实为资金，逐步建立了运输合作社、木工、缝纫、纺织等合营小工厂以及商店等，使人民群众的生活得到了改善。接着又建立了工农干部学校，吕明仁任校长，学员多来自于农牧民运动中涌现出来的积极分子，为哲盟培养了一批得力的地方干部，也为日后哲盟根据地的开展打下了坚实的基础。3月30日通辽省立中学正式开学。不久，吕明仁又建立了菜园子农会，吕明仁参加大会并讲了话。在吕明仁的领导下，通辽地区各种形式的群众团体不断涌现，并培养和锻炼出一批革命积极分子。
由于吕明仁同志始终贯彻了中央关于建立巩固东北根据地的指示精神，坚持民族解放的方针，广泛地开展统一战线，从而很快打开了工作局面。
1946年4月29日，经内蒙古自治运动联合会东蒙古总分会委托，中共西满分局决定，撤销原辽西五地委（新民地委），原辽西五地委并入辽西一地委（铁岭地委前身），在通辽中心县委的基础上建立新的辽西五地委（哲里木盟地委），吕明仁任地委书记。辽西五地委辖打虎山——通辽铁路以西各县（辽县、开鲁县、阜新和彰武联合县、黑山和北镇联合县、科左中旗、科左后旗、奈曼旗、库伦旗。
同时，以原辽西第六军分区和第五军分区为基础，吸收辽西军政学校一部分领导参加，三个方面的力量组成的通鲁警备区（对内称第五军分区）在通辽正式成立。司令员高体乾，政委吕明仁。
为统一哲盟地区的武装和军事指挥，1946年5月18日，根据东蒙古人民自治军司令部及东北民主联军辽西军区司令部指示，阿思根、吕明仁、高体乾等达成协议，决定正式成立东蒙人民自治军第二师和通鲁警备区联合司令部（即蒙汉联军）。司令员乌力图，后高体乾，政委吕明仁。联合司令部为哲里木盟境内所有武装部队（包括主力部队和地方武装）的最高军事机关，直接受东蒙自治政府内防部和辽西军区领导，负责指挥本地区的蒙汉主力部队和地方武装的作战，协助地方开辟工作、建立民主根据地、肃清土匪、安定民生等项任务。为了加强对军队的领导，同时决定成立哲里木盟军委会，由吕明仁兼任书记。
5月24日，中共辽西省委书记陶铸到达通辽，宣布组建中共哲里木省地委，哲里木省地委由11人组成，书记吕明仁。
6月，中共辽西五地委（哲里木省地委）改称中共辽吉五地委，吕明仁仍任书记，辖区不变。
6月1日，哲里木盟蒙汉联合政府于通辽正式成立，乌力图任主席，吕明仁任副主席。哲里木盟辖奈曼、库伦、科尔沁左翼中、科尔沁左翼后等四旗和通辽县。从此，结束了哲盟蒙汉旗县领导上的分离状况，将哲盟党政、军政统一起来，使之成为一个坚强有力的实体。
1946年6月29日，针对敌我斗争形势的变化，为统一哲里木盟地区的政治领导和军事指挥，吕明仁主持召开了内蒙古人民自卫军通鲁警备区、骑兵2师和旗县大队团、队长会议。会议决定部队进行整编，建立政治工作制度，调整部分干部。
1946年夏，国民党军队攻占四平、郑家屯后，毗邻哲盟的昌图、康平、法库也相继被国民党军队占领。在敌强我弱、敌进我退的紧张形势下，我军不断撤出驻地。当时国民党军队已进到火车站，流弹在四周不停地飞过，警卫连都撤走了，情况非常危急，但吕明仁为了等部队炸掉电厂，坚持不出城。他身边只有警卫员康殿才和周澍澄，为了以防万一，两人手拿子弹上膛的手枪，护卫在吕明仁的左右。直到发电厂传来爆炸声，吕明仁才带着他们从老飞机场撤出市区。
8月30日，叛匪苏和巴特尔发动暴乱。哲盟、科左翼中旗两级政府的领导人吕明仁、乌力图等被围困在舍伯吐的孙家窑村，情况万分紧急。在这紧要关头，吕明仁和李洪范联名写信给盟军分区司令员高体乾，要他派兵前来救援。经独立旅的紧急奔袭，击溃了叛匪，为盟旗两级领导解了围。
1946年10月，吕明仁的左背生了严重的疽疮，经常发烧。当时医疗条件很差，形势不允许他离队治疗。他不顾恶疮剧痛，仍坚持工作和战斗。由于形势的变化，根据省委指示精神，在敌强我弱的情况下，我军实行战略转移。此时吕明仁的负担最重，他强忍着背痛的剧烈疼痛，带着高烧，照常组织地委会，研究怎样适应形势开展斗争。
l0月6日至 12 日，吕明仁主持召开了通辽、开鲁县区委书记会议。他做了总结报告，他首先命令部分武装阻击来犯之敌。指出：“目前处于最困难时期，敌人进犯，日益逼进。要组织好地委和各县旗的干部、地方部队有计划地迅速而又沉着地转移。”
在敌强我弱的情况下，根据省委的指示，吕明仁与蒙汉联军司令部首长研究决定，令蒙古骑兵二师从科左中旗境内迅速撤出，转入通辽县境内，从东面阻击大林方向向通辽进犯之敌；同时派骑二师二十六团的一个营，控制南面入侵之敌。并对盟、地、旗、县、区的干部、县（旗）大队、武工队、区小队，进行短促而周密的部署，迅速、沉着地组织转移，避敌锋芒，展开游击战争。
在紧急情况下，吕明仁临危不惧，尽管当时他背上生疮，经常发烧，疼痛难忍，但他还是咬紧牙关，有条不紊地边撤边布置工作。1946年10月15日，在临撤退前，他还带病坚持给开鲁县委写信，提出“通辽东西，顽军两个营(收编的土匪)于今日窜至大林，独立有五个连在那前面初定作战。南面顽军有七八百人在甘旗卡一带窜扰。我独立旅已南下集中力量打击这一股。据目前情况看，通辽城不一定丢，但东西我之兵力较空，在新的接防部队未来之前，也需防备敌人突入通辽。因而，通辽的机关也要疏散。通辽的情况，也可能影响到开鲁人心暂时不安，要做好准备……”开鲁县委按照吕明仁的指示，积极做好防止敌人突入的准备。
1946年10月22日，国民党王牌七十一军八十七师攻占通辽。通辽失守后，吕明仁指示各县要号召各区立即搞好武装，准备转移打游击。
10月26日，国民党军队侵占开鲁县城，开鲁失守。哲盟地委地委、政府机关及通辽、开鲁两县的干部，在地委书记吕明仁等率领下，从开鲁全部撤至扎鲁特旗境内。
10月下旬，在鲁北镇，吕明仁带病同地委的其他同志研究如何展开游击战争，同敌人斗争。吕明仁把各县、旗汇集来的武装编在一起，成立了“长江骑兵团”，他亲自担任团长兼政委。全团有五百余人，下辖三个连，地委机关干部及警卫连编为一个连，通辽县机关干部及县大队为二连，开鲁县机关干部及县大队编为三连。经过短暂的休整，即转战于扎鲁特旗北部的高力板、哈拉吐达、瞻余及科左中旗北部舍伯吐一带。
进人严寒季节，由于此前因辽吉军区被服仓库遭敌人破坏，使本来服装供应就很困难的辽吉部队，更是雪上加霜。部队在转移途中，由于二师尚未换上防寒服装，有的战士耳朵冻掉了，有的腿脚冻坏了，部队中非战斗减员日益增多。为稳定部队情绪，吕明仁与赵石等领导研究决定由梁一鸣陪乌力图盟长去王爷庙，赵石带几个人到驻在突泉的辽吉军区后勤部，通过争取，顺利解决了二师的服装，弹药等物资补充、补给。
在寒流、飞沙、冰冷、饥饿、疾病等艰苦的现实生活中，吕明仁从不悲观，克服重重困难，和同志们生活战斗在一起；冒着寒风，给干部、战士讲述中央文件精神，鼓舞大家的革命斗志。一次，在一个风雪交加的早晨，他们刚到科左中旗北部的一个村子，吕明仁就让秘书宋树功带着纸和笔，和他一起来到村外的一座庙里，以膝盖顶木板做桌，由他口述，宋树功记录，给省委写了一篇报告，讲述了通辽、开鲁撤退的经过和经验教训，以及当时干部战士的思想情况，及时主动地向上级党委反映情况，沟通上下级联系。
11月9日 ，国民党军队侵占舍伯吐，中共哲里木盟党政军机关撤出舍伯吐。至此，哲里木盟地区基本沦为国民党统治区。哲盟的盟、旗、县的民主政府真正成了“马背上的政府”。
在艰难复杂的形势面前，吕明仁始终坚定革命必胜的信心。11月14日，吕明仁在科尔沁草原东陲的白城市通榆镇，召开了各地区负责人会议，在传达中央社论《论战局》的同时，提出了“坚持岗位，拼死奋斗”，反对“悲观失望，退却逃跑”的要求。
12月2日，为了开辟路西地区，恢复重建根据地，在吕明仁统一领导下，阜彰县委抽调250名干部、战士，组成南进武工队，由县委书记刘异云率领打回阜新北部地区，收复福兴地。武工队恢复失地，建党建政，仅两个多月，走遍4个区近百个村庄，在阜新北部地区又重新立住脚跟。
12月，在地委召开的高力板会议上，吕明仁做了《对一年蒙古工作的历史检讨及今后工作与任务的总结》，全面地检查和总结了一年来在民族地区开展工作中的经验与教训，提出了今后的工作任务，要求各级党组织和领导干部，要认真总结经验，检查思想，彻底纠正“左”的倾向，防止右的思想产生，以求得蒙古工作在今后更好地开展。随后，吕明仁提出了“剿匪、反霸、锄奸”的口号，成立了“蒙民自治科”，同时，注重贯彻党的民族政策，在奈曼旗大沁塔主持召开了蒙古族青年座谈会，举办了蒙古青年培训班，成立了工农干部学校，发动群众运动，斗地主，分浮财。
12月23日，中共哲里木盟地委，哲里木盟政府随同蒙汉联军一起从高力坂南下，开始局部反攻。
同月，吕明仁接省委通知要他从前方到白城子（今白城市）参加辽吉省委会议。由于他的病未能及时医治，加之终日劳累，这时恶疮剧烈发作，高烧达摄氏41度，同志们劝他休息几天再走。吕明仁把个人的安危置之度外，拖着带病的身躯，冒着严寒，由高力板乘马，日夜兼程，历经两天时间赶到省委，当到白城后，吕明仁未来得及开会就晕倒了。省委书记陶铸同志非常着急、格外关心，亲自把他送进医院。他做了两次手术，连续三天昏迷不醒。陶铸一再嘱咐，无论花多少钱，要把明仁的病治好。在医护人员的全力抢救下，吕明仁才脱离了危险。
吕明仁在白城住院时，斗争形势发展很快。省委决定一、五两地委合并，并由吕明仁担任书记兼一分区政治委员。吕明仁听知此讯后，他再也躺不住了，不顾伤口尚未愈合仍在流脓淌血，立刻接受南下的紧急任务，收复被敌占领的一、五地委管辖区。
名誉辽吉立丰碑
1947年1月，由于战事紧张，辽吉一、五分区遭到破坏，一、五地委合并成一地委，吕明仁任书记兼一分区政治委员。辽吉一地委驻地在奈曼大沁他拉，下辖康平、铁岭、法库、昌图、新民、阜彰联合县、科左前旗、库伦旗、奈曼旗等旗县，主要任务是恢复被国民党军队占领的辽吉一、五分区。
2月7日，中共辽吉省委书记兼省军区政委陶铸、省委组织部部长曾固等人，带着党组织的重托和对胜利的希望，从白城子赶到洮南的医院，为吕明仁夫妇南下送行。
1947年2月中旬，中共辽吉一地委书记吕明仁、地委组织部长曾志，率领一、五地委部分干部（大部分是绕道临江、哈尔滨、齐齐哈尔返回西满的铁岭、法库、昌图、康平、科左前旗等地干部）抵达辽吉一地委驻地奈曼旗大沁他拉镇。到达驻地后，吕明仁立即召开地委委员会议，传达西满分局和省委指示，整训部队，整顿各级领导班子，制定工作方案，统一安排各旗县的工作并作具体指导。吕明仁亲自给干部作报告，重点讲解对国民党反动本质认识，克服在困难面前的动摇性，坚定必胜信心。
不久，随后，吕明仁又派蒙古族干部到奈曼旗章古台努图克（区）做群众工作。并亲自到各个地方走了一圈，回来之后立即召开各县、旗、区委书记会议，讨论如何发展农村生产的问题。
2月13日，吕明仁派土改工作组分别在奈曼旗的王府、西地、八仙筒、衙门营子等地开展土改，还组织3支地委武工队分别进入旧庙、务欢池和阜新西北水泉及福兴地一带活动，搞反奸清算运动，并动员当地群众参军参战，保卫胜利果实，在路西的奈曼、阜北、库伦等广大地区，建立起较为巩固的根据地。
在吕明仁的带领下，南下的军分区部队和各武工队英勇作战，所到之处，捷报频传。不到两个月，在吕明仁的统一领导下，军分区部队和各武工队紧密配合，收复失地，在阜新北部、库伦西部广大地区建立起巩固的根据地。根据中共辽吉省委提出的“开展敌后游击战争，创建敌后游击根据地”的方针，吕明仁带病组织“东进”，亲自指挥作战，收复被国民党军抢占的地区。他率领一地委主力武装历经多次激战，相继收复了康平、法库、彰武等地。不久，又再次率领原一、五地委撤出的干部插回原地，恢复了这几个地区的工作。
2月下旬，吕明仁组建了路东（大虎山至郑家屯铁路以东）工作委员会和东进支队，他和地委副书记刘瑞森、一分区司令员赵东寰率领有关的县、旗干部和分区部队东进，挺进敌后开展游击战争。
3月1日，吕明仁领导东进的辽吉一分区部队，收复了库伦街，国民党守军弃城逃走。接着，东进部队又先后收复了科左前旗的后新秋、冯家窝堡和科左后旗的博王府等地，摧毁了科左前旗、科左后旗的国民党旗政府及保安队。
经过4个来月的艰苦战斗，科尔沁草原的形势发生重大变化，我军由战略防御转为战略进攻，收复了许多失地。吕明仁领导“长江骑兵团”迅速南下，收复失地。
“长江骑兵团”是一支由吕明仁亲自创建的武装部队，其前身是通辽、开鲁两县撤退时各地方武装，初创时仅有500余人枪，吕明仁亲自担任团长兼政治委员。“长江骑兵团”在吕明仁的率领下，吸收了康平、铁岭、法库、昌图五县的干部、战士，迅速南下，挺进敌后，队伍旗开得胜，很快打开了局面。“长江骑兵团”历经四个多月，转战五百多公里，在蒙古草原的剿匪斗争中发挥了巨大的作用。
1947年3月初，吕明仁和分区司令员赵东寰带着分区、地委、专署部分干部，十三团、骑兵团以及地县武装工作队向康平、法库方向前进。行军数天，于3月13日在敖力营子(今康平县沙金台乡)安营扎寨，准备第二天一早进攻张强镇。
3月14日凌晨，部队吃过早饭正在集合准备向张强镇方向进发时，忽然国民党东北长官司令部特务团一个营和王兴华部一个团，从南面打过来一排迫击炮弹，接着枪炮声连成一片。敌人在未遭到任何抵抗的情况下冲进了村子包围我军。吕明仁迅速赶到集合场地，经同十三团团长段志清和政委杜西书商量，命令部队撤出敖力营子抢占村外高地。十三团二营六连班长邵耀宗同志率全班首先占领最高山头，部队即进入作战准备，并占领了全部制高点。此时天色已亮，吕明仁赵东寰和十三团段志清、杜西书在制高点上观察全局情况。判断敌人并不多，根据我方的力量和有利地形，完全可以歼灭该敌。在拼命向我方进攻时，吕明仁等领导决定先不予还击，待敌人攻到山腰再予以反击。看到反击时机已到，吕明仁即下令开火，发挥各种火器的威力，向敌人猛烈射击，把敌人的火力压倒了，随后，冲锋号响起，吕明仁率领部队发起全线总冲锋，使敌阵容大乱。又派一营朱宏调营长带领部队绕到敌人的侧翼，攻击敌人的指挥位置，断其退路。成群敌兵见无路可逃，便举起白旗纷纷投降。
康平敖力营子之战，击溃了国民党东北长官部最精锐的美式装备特务团一部，缴获大量的枪支弹药，打击了敌人的嚣张气焰，鼓舞了干部战士的革命斗志。此战毙敌200多人，俘敌350多人。并缴获重机枪2挺，轻机枪4挺，冲锋枪11枝，所缴获的武器全是美式装备。我军伤亡团政委以下五十余人。经过敖力营子战斗，部队进行整训，充实了兵员，提高了战斗力，士气更加旺盛，人人求战心切。而后，吕明仁又率领部队配合主力部队，收复了库伦、科尔沁左右旗、科左前旗、康平、彰武等地。
3月下旬，吕明仁在库伦突然接到紧急报告，通辽发现一种奇怪的传染病，患者两三天甚至两三个小时就不治身亡，老百姓人心惶惶。疫情就是军情。吕明仁带着警卫连和随军医生星夜赶到通辽，经会诊发现是鼠疫。吕明仁说：“我们是共产党�必须与百姓同生死共患难。你们要全力抢救患者，千方百计扑灭这种传染病。需要什么，我们全力支持。”紧急动员所有医务工作者、机关学校和全体百姓立即行动起来�投入到扑灭鼠疫的战斗中。经过十几天的紧急行动，通辽的疫情得到缓解。
4月初，按照原定计划，吕明仁率部队由库伦出发，向康平前进。
康平原是地委、行署和分区机关所在地，此时也是沈阳敌人最突出的据点之一。敌人侵占康平后，对我坚持斗争的工作人员和积极分子进行残酷迫害和打击。敌占领康平已达八个月之久，我军尚未袭击过。我军移地稍事休整后，于4月7日收复康平县西北的哈拉沁屯（现张强镇）。经反复侦察，得知康平县城守敌仅有少量正规部队，大部为地方保安队，吕明仁决定奔袭康平。当日晚便以急行军的速度向康平运动，于4月8日凌晨接近康平县城。乘敌撤换岗哨之机，吕明仁部队以各种火力突然发起攻击，一举攻入城内。经过两个小时的猛烈冲杀将守敌七十一军一个骑兵连和敌保安大队全部歼灭，毙伤敌军八十余人，活捉敌保安大队长李执训，俘敌官兵430多名，毙、伤敌人80余人，缴获大批武器和全部敌伪档案。攻克康平县城，不仅是军事上的胜利，在政治上、经济上都具有重大的意义。
军事上的节节胜利，使根据地紧张局面得到了缓解。吕明仁决定抽几天时间从前线返回一分区驻地奈曼旗，检查、布置春耕生产。当吕明仁得知开鲁县仍有鼠疫发生，并且部分群众生活困难需解决，便不顾旅途的疲劳，带领两名警卫员和一个警卫班奔赴开鲁。
4月11日，吕明仁来到开鲁，他立即召开开鲁县党政干部会议，传达一地委发出的《关于发展农业生产运动》的指示，检查和部署群众生产、扩军和财经建设（包括本单位生产、个人节约在内）等“三大任务”，强调群众生产为一切工作的中心，并提出要开展“下马运动”，大力发展农业生产。会议同时对扑灭鼠疫工作进行了布置。
4月11日傍晚，吕明仁当面指示县委书记徐鹤京于当天夜里召开县委紧急会议。参加会议的县委委员有：徐鹤京、张日新（县长）、皮时和（老红军酒厂党支部书记、厂长）、麦新（组宣部长）、陈荣（县大队队长）、边亭（民运部长）、刘杰（城关区区委书记、区长）。会议的内容共有四项：一是，加强防御残匪袭击和流窜骚扰；二是，安定民心做好生产自救；三是，动员支前粮、草供给；四是，根据战争和群众生活需要种植棉花。会议一直开到深夜零点以后。
吕明仁正在主持召开会议时，突然接到省委的急电：让他立即赶到奈曼旗有紧急任务。4月12日早7时，吕明仁结束会议后没休息，凌晨便带着警卫员库殿才、通信员同树成策马飞奔，急返在大沁塔拉。当他们三人扬鞭催马行至开鲁与奈曼旗交界的辽河北沿康家窑渡口时，发现河水已经平槽，不巧，船工不在，无人摆渡。因任务紧急，吕明仁决定立即涉水渡河。冰雪初融，河水刺骨。当冲过两股水流时，一道冰排猛袭过来，将康殿才撞倒。吕明仁毫不犹豫，前去抢救战友。他虽然生在渔家，素习水性，但因水深流急，背疮又未痊愈，几次努力都无法接近康殿才。周澍澄此时已陷入淤泥不能自拔，眼看着首长和战友在激流中沉 浮，急中生智，鸣枪报警。人们闻声赶来。船夫合衣跳入水中营救。吕明仁被救上岸，但因肺部呛水，抢救无效，不幸牺牲，时年31岁。
吕明仁牺牲的噩耗传出后，辽吉地区的干部群众无不潸然泪下。中共辽吉省委书记陶铸万分悲痛，指示将吕明仁的灵柩送回省委驻地，在白城子省委大院里，陶铸见到棺木时，满含热泪长时间默守。为了缅怀英烈，中共辽吉省委、省政府、省军区隆重举行了万余人参加的追悼大会。陶铸主祭并亲写挽联：“英雄已著千秋业，辽吉长留一瓣香。”追悼大会上，陶铸手抚灵柩缓慢地说：“明仁是位好同志、好党员、好干部，他的牺牲是辽吉一大损失。”追悼会表彰了英武果敢，开怀有序的地委书记吕明仁，追授吕明仁为“辽吉功臣”。
千人追悼会结束后，将吕明仁灵柩安放在齐齐哈尔市“西满革命烈士陵园。”1948年4月，毛泽东主席为陵园题词“共产主义是不可抗御的，星星之火，可以燎原，死难烈士万岁!”，朱德总司令题词“浩气长存”。
为了缅怀吕明仁烈士，吉林省白城市设立了吕明仁纪念室；1946年和1951年，吉林省白城市和内蒙古通辽市分别以吕明仁名字成立了“明仁小学”， 并在校内建立了吕明仁烈士纪念馆和吕明仁烈士塑像。将吕明仁牺牲所在地康家窑村命名“明仁村”，并将该村所在的乡命名为“明仁乡”。 科尔沁草原的许多地方，用他的名字给街道、工厂、学校、医院命名。 l948年，辽北省政府将白城子“民众教育馆”改成“明仁教育馆”，在锦州市辽沈战役纪念馆和哈尔滨东北烈士纪念馆，皆展出了吕明仁的生平简介和英雄事迹，并为吕明仁制作了浮雕肖像。
如今，吕明仁烈士的陵园内已经古树参天，吕明仁烈士纪念碑庄严竖立着，碑阴铭刻的碑文这样写道：
刻美名于石上，
记丰功于永恒……
