刘舜卿任泰山特委秘书长期间，除了参与领导泰山地区的武装斗争外全面负责机关事务和军需供应。他在工作中吃苦耐劳，斗争中不怕流血牺牲无论条件如何艰难困苦，总是一声不吭地埋头苦干，坚忍不拔地坚持斗争当时环境极为艰险，物资匮乏，供应极度困难。他总把机关的安危，同志们的衣食时刻挂在心头。每当形势恶化，情况危急，他在指挥机关疏散转移时总是将安全让给别人，把危险留给自己。
1939年“五一”大扫荡，日寇调集千人，用分进合击的战术，分六七路把我特委机关压制在一个山峪。在此前一天，特委布置分散行动，夏辅仁等几位特委领导随部队主力已转移到外围。刘舜卿留后，率全体机关人员由警卫连掩护突围。大家都愿跟主力部队行动，刘舜卿便率队沿部队转移方向追赶，由特委第--大队政治处主任李枚青指挥少数兵力断后。拂晓时刚与部队取得联系，敌人从多面一齐扑了上来。刘舜卿率领的部分人，被压缩到狭窄的河谷，前有悬崖峭壁，后有尾追日军，警卫部队已被冲散，只剩刘舜卿和直属机关人员及后勤供给人员，从一条沟蹚着水砂往外冲。一些同志已在枪林弹雨中倒下。刘舜卿眼看牺牲在即，衣帽已几处被打穿，手提的文件匣也已打破。生死危亡已在意念之外，他唯一担忧的是怕牺牲后文件落人敌手慌乱中，他把文件匣掩埋在沙河大石子旁的沙土里，又奋不顾身地冲向前去把敌人注意力引开，全力指挥大家突围，自己最后冲出重围。
敌人撤退后，刘舜卿沿原路返回，反复在沙滩上寻找文件匣。满滩脚印坑坑洼洼，因当时仓皇之间没仔细辨别具体方位，没做记号，埋藏文件匣的地方无法辨认，终未找到。究竟是时间短促未及找遍，还是被敌人搜走，无法判断。第二天敌人撤走后，刘舜卿立即回圣井村收容失散人员，并写信向夏辅仁和特委报告掩埋文件经过，请求组织处分。4-5天后收到夏辅仁复信给予撤销工作和留党察看3个月的处分，令刘舜卿立即回机关。
刘舜卿回机关，夏辅仁意如万钧地说:“一个秘书长，连个公文匣都保护不住。”在特委会议上，大家总结了这次反剿袭突围的情况，肯定刘舜卿指挥若定、撤退有序、突围得当，以及个人奋勇断后，避免了重大损失。刘舜沉痛地讲述了文件丢失经过并做了深刻检查。他讲述道:当时情况极端危急牺牲、被俘似不可免，尽管重要文件已经销毁，文件匣内仅剩2张手绘泰山区地图和1份内部期刊，仍然不想让它落到敌人手里，才出此下策。夏辅仁责问:“你为何不与文件共存亡?”刘舜卿申述说:“我死了，文件肯定会落到敌人手里。埋藏起来或许落不到敌人手里。”夏辅仁误以为刘舜卿在顶撞，提高了声音:“事实证明文件落到了敌人手里，你还活着。”几位在座的说:“现在文件是找不到，尚不能断定是被敌人挖走。”“文件不重要，敌人拿走也危害不大。”刘莱夫说:“刘舜卿同志指挥突围有功，丢失文件有过。功过不能相抵。环境恶劣，丢失文件不乏其例，都没有严肃追究。舜卿作为领导干部必须做出深刻检查，以儆效尤。”刘莱夫的话有些模棱两可，但还是被夏辅仁听出隐喻他给刘舜卿的处分未必相宜。夏辅仁接话强调:“正因不乏其例，这次必须严肃处理。”站在党的利益上，刘舜卿郑重表示:“愿接受任何批评和处分。但是，我一直想不出，当时情况下该怎么办?”董等均表示，在那种危急关头，难说刘舜卿处置不当。实情应属情况太危急，时间太紧迫，来不及妥善处置。夏辅仁说:“既然舜卿同志愿意接受处分，那就维持我已答复刘舜卿来信的意见:'撤销工作，留党察看三个月’。”众人蓦然一怔，面面相觑不知该说什么。夏辅仁接着说:“我们讲原则，不讲乡情。没有别的意见，就这样定了。”这时大家才注意到，在场的莱芜人居多，似有微妙，更不便多言。一个未经充分讨论和表决的处分决定，被“一锤定音”。事后，有人认头夏辅仁有意识不纯之嫌，也有人说刘舜卿犯“功高震主”之祸。刘舜卿自省他的角色本来就处在承上启下、左右兼顾的岗位，特委成员从外地回来，都是向他这坐镇守摊的秘书长沟通情况，汇报工作，再由他转报书记和其他成员。这自然使他起中轴作用。这是战争环境中大家“分兵把口”、经常分散形成的。除机关具体事务他独自拍板外，重大事宜上他从不越权、越责、越位至于他与吴瑞林交流多，支持多，也是应吴的需求而尽的个人义务，不涉及职权。这是他参加革命后，第一次感受到内部思想的复杂，第一次明白，做事不仅按对错标准，还得顾及他人的心理感受。刘舜卿很快调整了思想情绪背着处分，光着脑袋(没有职务)，继续工作在繁杂的工作中。事隔多年，知情者谈及此事，都说处分有失公允，对刘舜卿的使用也有影响。1954年，已任山东省委副书记的原泰山特委宣传部长董琰在给刘舜卿的信中说:“大可不必处分。即便处分，也不应如此之重。”刘舜卿一生铭记这次教训，多次豁达地说:“处分影响到我的职务，一天也没有影响我为党工作。
特委的成立，使以莱芜为中心的泰山区抗日力量有了统一领导，行动更加协调。它跨县域调整了党的领导机构，开辟了以莲花山为依托的抗日根据地;成立了四县继而七县联合办事处，加强了地方武装建设，改造了区乡政权;进一步发动群众，大量发展了党员，至1939年年底泰山区党员已达万人占鲁中南区党员的2/3，仅莱芜一县即有近6000人。这使泰山地区的军民有了更大的活动区域和可靠的群众基础与社会基础，有力地开展了反扫荡斗争刘舜卿在一系列的工作中努力奋斗，积极献策，任任怨，革命第一，做出了应有贡献。
