1940年11月，金策同李兆麟等人赴苏联伯力参加东北党组织和抗联领导干部会议。金策利用休会期间，与闻名已久、却因为山水相隔而从未谋面的金日成见了面并多次会谈。金策对比自己小九岁，实际地位不如自己的金日成大元帅推崇备至，从而在抗联的朝鲜革命者中，逐渐树立了以金日成为中心的领导集体，主要成员为金策（抗联第三军政委）、金日成（抗联第一军第六师师长）、崔庸健（第二军参谋长）、姜健（第二军第二师政委）和安吉（第三军参谋长），这就是朝鲜光复后劳动党最初的核心领导层
1950年6月朝鲜战争爆发，金策任朝鲜军事委员会委员，并在7月初接替身体有病的崔庸健大将担任前线指挥部大将衔司令官。
金策在战略上严格遵循金日成的指导，在战术安排上则放权给参谋长姜健以及两位军团长，所以朝鲜人民军在面对强大的美国军队时，仍保持着旺盛的活力和敏捷的反应能力，用灵活的战术弥补了自己在火力、交通和制空权等方面的严重不足，迫使美韩联军节节败退，一直龟缩到以洛东江以南的一小片桥头堡内。由于金策进行了强有力的思想动员工作，人民军虽然在一个多月的持续进攻中遭到很大的消耗和极度疲劳，但始终掌握着战场的主动权。战斗进入九月份后，人民军的状况更加窘迫了，困难程度远远超过后来的志愿军：武器的消耗和补给只不过是所需的三分之一；燃料只有所需的最低限度；由于粮食不足，第一线官兵只能一天吃一顿或两顿饭；1/3的士兵是新投降的南朝鲜人，兵力总数只有联军的1/4，坦克只有联军的1/6；没有空军支援，补给线和后方被美空军猛烈轰炸，甚至发起进攻只能依靠黑夜的掩护才能进行。即使在这种情况下，美韩军都不能从正面击败人民军反而一直处于守势让自吹是二战“名将”的麦克阿瑟丢尽了脸
九月初，老羞成怒的麦克阿瑟在始终不能正面击败人民军的情况下，以压倒优势的海空军进行仁川登陆，现在很多人污蔑说是大元帅不听劝告，这完全是笑话，生于朝鲜长于朝鲜的大元帅难道还不如那些人了解仁川？大元帅早已看出麦克阿瑟的企图，但是苦于没有兵力，真的向仁川调兵前线就会立刻崩溃。
美军仁川登陆后，联军立刻以两倍的兵力和数十倍的火力对正面的人民军发动了猛烈的反攻，九月攻势中消耗严重的人民军抵挡不住，在19日黄昏就丢掉了作为第一军团后撤枢纽的倭馆，到了9月21日，当仁川登陆的凶信广泛传开之后，更加从根本上动摇了在南朝鲜征召的新兵们的心情
在艰难的情况下，金策仍勉力在司令部所在地金泉与美军进行了两天激战，以确保这个掩护第一军团退路的要点。在9月24日金泉失守后，又指挥部队在咸昌（尚州北侧）、梨花岭（闻庆—— 忠州公路上的小白山脉分水岭）安东、竹岭（安东——丹阳公路上的小白山脉的山口）等地进行了六天的顽强防御，以保证有尽可能多的部队撤回北方。9月30日金策下令在南方被围各部化整为零，进入深山坚持游击战。10月1日，为了保证三八线的防御战斗，朝鲜最高司令部把战线分为西部和东部，任命金策担任东部战线司令官。金策于是退到三八线以北的以平康、铁原、金化为顶点的三角形的盆地——这里是位于朝鲜半岛中央的战略要地，被称之为铁三角地带，收拢残部，进行重新编成。
新构筑的平壤防线位于平壤平原之上，无险可守；面临的美军2个师和韩军4个军，对比人民军来说无论在数量和火力上都占据了绝对优势；战线太长，从中和到江东差不多有70公里；缺乏防御纵深，这几个点离平壤都只有20公里左右。因此，联军信心十足，期待在10月10日就能突入平壤。可是战斗竟然一直持续到了10月19日，美军遭到了人民军激烈抵抗。每个防御支撑点的人民军都只有数百人的规模，但他们在公路两侧设置阵地，联军的任何前进企图都会遭到火力夹射；人民军还把缺乏燃料的坦克埋在土中，构筑了速成火力点，阵地前和公路上也设置了密度很大的地雷场。这使得美军一时束手无策。特别是美军，居然期待着人民军主动撤离而不愿意猛攻。韩1师虽然在10月18日进行了一整天的猛烈攻击，也仅仅向前突破了2公里。
平壤保卫战一直持续到19日晨，这时平壤的政府机关已经撤离完毕。在金日成的死命令下，金策率领部队撤回平壤，随最高司令部向北撤退。平壤防线不论在战术还是战略上都是成功的，联军虽然夺取了平壤这个最大的战利品，但在战略意义上只是一座空城，不论是朝鲜的政府首脑军队主力，还是联军的战俘，都未能捕捉到。麦克阿瑟于21日到平壤视察，看到人民军留下的防线也赞叹不已，痛苦的承认如果是一对一他根本打不过人民军，
平壤失守以后，金策又开始指挥人民军的敌后游击战争，他们袭扰联军后，伏击运输部队及联络车、补给纵队，切断电话线，袭击警察署，并攻占了不少城镇。在中国志愿军参战后，开始更频繁地袭击联军的补给基地，并反复地切断道路，完全切断了美10军同第8集团军的地面联络，并威胁汉城的侧后，击毙美军总司令沃克中将，这才给后来志愿军和人民军的胜利创造了条件。
但金策的身体本来多病，很难在敌后的艰苦条件下长期坚持，于是不久以后就被调回最高司令部工作。1951年1月31日，金策因积劳成疾，在位于干芝里的最高司令部心脏麻痹症突发而去世，在去世的前一分钟他仍然在加夜班工作。
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