1926年考入清华大学数学系，成为当年曾经发现培养华罗庚的熊庆来教授唯一的学生。
11927年的中国，军阀混战，国民党在上海制造了4·12惨案，杀害了许多共产党员，在北京串通军阀张作霖杀害了李大钊。就在这样一个到处都充满白色恐怖的环境下，1927年5月，冯仲云加入中国共产党。曾任清华大学党支部书记。 中国少了位数学家，却多了位著名的抗联将领。
1929年冯仲云因参加党的集会被驻防北京的阎锡山部逮捕。在狱中受尽磨难，曾经在刑场陪绑；但这些磨难不但没有消沉他的革命斗志，反而使他更加坚定地走上了革命之路。 冯忆罗说：“在当时这个革命形势的发展，他看到就是当是只有共产党才是真正救国救民。更重要的他自己就觉得他的路，我一生要走什么样的路已经比较坚定了。” 此后，清华大学的教授介绍他到哈尔滨商船学校任教，从此他开始了哈尔滨的地下党生活。先后担任过中共满洲省委秘书长；中共北满临时省委书记、宣传部长、秘书长等职；
1931年冯仲云把远在江南的妻子薛雯接到身边，引导年仅18岁的妻子走上革命的道路，以革命事业为起点的爱情，也深深地扎根在他们心中。白色恐怖下它们东躲西藏的开展党的工作，夜深人静的时候他们用孩子的哭声掩盖印刷文件的声音。而冯仲云的家也成为满洲省委的秘密联络点、工作站。
1932年冯仲云奉党的委派出任全满反日总会党组书记。次年任满洲省委秘书长。同年与爱妻薛雯别离，直到十二年后，夫妻才重获团圆。1932年10月，冯仲云作为满洲省委巡视员去汤原。在那里他整顿组织，发展党员，解决了党团员在民族分布不合理的现象。领导秋收抗租，办党员积极分子培训班，整顿重建受了挫折的汤原游击队。冯忆罗说父亲一直念念不忘朝鲜老奶奶舍身救他的故事： “就是来了一帮人扛着枪的，也分不清是土匪还是伪军，就说要抓共产党，后来奶奶急中生智把他的眼镜赶快藏起来，你就装哑巴。那些群众真好，说这就是他的哑巴儿子。我父亲一直都记着这个事。他说我这条命是捡回来的，如果没有李在德奶奶，也没有我今天。” 当冯仲云在老交通员的带领下步行1000多里走回哈尔滨的时候，身上满是虱子，棉袍破旧不堪，和乞丐已无区别。但老交通员的苦难身世和他的话深深印在他的心里。“只要你抗日打鬼子，我一辈子带着你走路”。
1933年11月省委秘书处由马家沟河沟街搬到小戎街2号。省委秘书长冯仲云以大学教授的公开身份为掩护在这里安家。省委的全部重要文件都保存在客厅的大沙发靠背里。冯仲云的家成为当时中国共产党领导东北人民进行抗日斗争的“总指挥部”和省委的“文件库”。在这里冯仲云夫妇曾多次躲过敌人的检查。 地下斗争是残酷的，危机四伏的，难到他们不怕吗？而且还有一个可人的仅仅才两岁的女儿。冯忆罗深情地说： “我们现在人对他们没办法理解，我说我能理解。他首先考虑我必须要把这个工作完成，因为如果它不完成千千万万个人头就要落地，它随时准备牺牲自己，因此他就不怕牺牲了，不怕死了。”
1934年叛徒的出卖使得哈尔滨不能再呆下去。冯仲云去了抗日游击队，薛文则带着两个孩子回到江苏的老家。临别前，党组织安排他们见了一次面。冯仲云对妻子说的一段话让冯忆罗至今深深感动： “咱们这次离别，也可能永久见不到了，但是你即便这样，你决不能辜负党；你回去以后可能你也很快能回来，通过组织找到我去的地方；也可能过十年、十五年咱们还能见面，那就是咱们把日本鬼子打出去” “我说妈你那个时候哭了没有？她说好像我们那时已经没有眼泪了。爱国家，使得东北人民不受日本帝国主义的奴役，这种感情，成为他神经的每一个细胞了。” 可谁曾想到，这一分别就是音讯全无的十二年。冯仲云在白山黑水间浴血奋战，无数的战友在他身边倒下，他自己也染过伤寒、负过重伤，草根树皮充饥，在零下40度的严寒里露宿野外，面对着篝火，思念着远在他乡的妻儿。
1936年2月根据中共中央《八一宣言》精神，党命令东北人民革命军及抗日武装部队统编为东北抗日联军，原人民革命军第三军改编为东北抗日联军第三军，赵尚志任军长、冯仲云任政治部主任。1937年，在北满省委会议上因被指责折中、调和、撤消了他北满省委书记职务，改任省委宣传部长。
1939年冯仲云以省委宣传部长的身份到下江指导工作。他重整北满抗日阵容，以抗联三、六、九、十一军为基础，组建东北抗日联军第三路军，李兆麟任总指挥、冯仲云任政委，许亨植任参谋长。之后，部队在嫩江、讷河、德都、北安一线打击日伪反动势力。 李兆麟、冯仲云指挥的抗联第三路军，是当时东北抗日队伍中力量强、战斗频繁，对日寇打击很大的一支抗日武装力量。他们的活动牵制了数十万日伪军，有力地配合了全国的抗战。
1942年在中共东北委员会的指导下，将三个路军合并为东北抗联野营教导旅，冯仲云任旅情报科长兼政治教员。在此期间，冯仲云除做好本职工作外，还研读了大量马列主义经典及军事理论及航空兵战术，政治理论和军事科学知识都得到了长足地进步。
1945年日本无条件投降，全国抗战胜利。彭真在沈阳对冯仲云说：“我们共产党人二十多年领导的革命斗争中，有三件最艰苦的事：第一件是红军二万五千里长征；第二件是红军长征后，南方红军的三年游击战争；第三件是东北抗日联军的十四年苦斗。” 1945年，回到东北的冯仲云立即通过组织关系寻找妻儿。 从春到秋，冲秋到夏，冯仲云对妻女的感情就和他的革命理想、革命事业一样坚定，海枯石烂，不变的是心。共同的理想，共同的信念，共同的事业，造就了两位坚强的战士。在他们不乏浪漫和温馨的生活中，忠贞、卫国、使东北人民不受奴役是他们舍生忘死为之奋斗一生崇高信念。
1949年冯仲云出任哈尔滨工业大学校长，在他的努力下，许多烈士遗孤得到了最妥善的安置和最好的教育。
1952年冯仲云任北京图书馆长，对图书馆事业做出了卓有成效的贡献，其所保留的新善本（包括老解放区的革命文献、革命领导人手稿名人手稿）至今仍是国图的瑰宝。
1954年至1968年冯仲云在水利电力部任副部长，任内为新中国的水电业解决过许多重大科研课题，培育下大批英才。
1968年被迫害至死。
1977年，党中央为冯仲云平反昭雪，对他的光辉一生作了充分肯定和公正评价。
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