1950年1月初，郭调任中共永安县委书记。1月30日，郭克勇率领干部到达永安，进行繁忙的接管工作，同时组织6个区的区委、区公所的工作班子，分派到各区开展工作。3月5日召开永安县首次各界人民代表会议。郭克勇在会上号召各界人民团结起来，肃清土匪，为建设新永安而奋斗。同年5月，匪患日益猖獗，并扬言要攻打永安城。郭克勇将县级机关干部和地委、专署机关干部编为干部大队，早晨操练，晚上巡逻，保卫永安城。郭自己则和县大队一道，深入各区乡，了解匪情，发动群众，组织民兵，配合部队剿匪。在压下土匪的嚣张气焰之后，即在部分乡村废除保甲制度，组织农会，开展减租、反霸运动。1951年1月开始，永安先后开展土地改革和镇压反革命的群众运动。郭克勇开会布置任务后，即爬山越岭，走遍永安的各个区乡去抓落实。
经过军事清剿和政治瓦解；结合土改、镇反运动，到1951年5月，永安土匪已大部肃清，只剩王仁锋一股仍在青水、槐南一带骚扰。在永安地委召开的会议上，郭克勇说：“做一个共产党员，就是要为民除害，我代表县委向地委保证，在最短时期内消灭这股土匪。”会后，郭连夜和县委、县大队研究歼匪计划，第二天就赶到青水发动群众，形成一个包围土匪的天罗地网，使土匪处于穷途末路，有的下山投诚，有的落网被擒，最后只剩下匪首王仁锋尚未抓获。郭指挥部队、区乡干部、民兵，逐步缩小包围圈。7月12日，王仁锋终于因断粮忍不住饥饿，于晚上摸黑下山，在偷摘黄瓜充饥时，被县大队战士击毙，青水群众家家杀鸡饮酒庆祝，郭克勇也胜利回城。
1951年大张旗鼓镇压反革命运动中，在体育场一次公审大会上，有人把京剧团里的几个有历史问题的人揪来，要求法办。会后，郭克勇组织干部群众学习党的政策，正确处理放下武器改恶从善的人，统一认识后，就把这几个人放回。有一个干部在乡下审查反革命，搞假枪毙逼供，郭克勇不但批评、处分这个干部，并抓住这个事件教育大家，必须按党的政策办事。
郭克勇带领县委一班人，搞好团结。他工作大刀阔斧，但在决策之前，总是多方征求意见。郭又非常关心同志，对机关的通讯员也爱护备至，经常到他们的宿舍问寒问暖并教他们学习文化，规定跟他的通讯员，每天必须写200个字。他生活俭朴，按当时的供给制待遇，县级干部可以吃中灶，但郭克勇坚持在食堂和同志们一起吃大灶。他到群众家吃饭，一定要付足饭钱，并和他的通讯员小张说：“老百姓如果煮好吃的，你们不要都吃掉，群众生活很艰苦，要留些让他们自己吃。”郭克勇坚持亲自起草或修改文件，常工作到深夜，迟睡早起，有时还是他打起床钟。他用自己的行动，带出干部的团结、紧张、艰苦创业的好作风。
1952年，永安县土地改革结束，工作重心转入抓农业增产和互助合作运动。1953年初，郭带着干部住进贡川新发冲陈木老互助组，和群众一起讨论土地入社的各项具体办法，办起县里第一个农业社。取得实践经验后向各区推广，这年永安县办起12个农业社。
1953年冬，地委派邓超任永安县委第一书记，郭克勇不计较地位高低，积极配合。在宣传过渡时期总路线，实行粮食统购统销工作中，邓坐镇西洋，郭蹲点安砂，顺利完成全县统购任务。
1954年春鹰厦铁路开始勘测，贡川一位农民给县委来信，反映有人破坏修建铁路，郭克勇看信后即带着公安局长到贡川查实，及时制止了破坏活动。同年发生秋旱，郭带工作组前往安砂抗旱，下定决心，旱情不缓解不回县委。省委表扬了郭克勇这种抗旱精神。
1955年2月，郭调任省人民检察院永安专区分院检察长。1956年6月永安专区撤消，郭调任晋江专区分院检察长。1960年1月调任中共福建省委农村工作部办公室主任。1961年6月调任省人民委员会农办秘书室主任。
1962年2月，郭克勇调到诏安的省属建设农场任党委第一书记。他到任后，发现胶树缺肥，发动职工积肥，但进展迟缓，郭就和妻子双双挑着粪筐收拾牛粪。在他的带动下，农场干部和工人，都外出拾肥，终于完成10万多斤的积肥任务，既给胶树施上肥料，又改变了农场风气。冬天，郭和工人一起彻夜为胶树烧烟防寒。1963年大旱，他深入粮食作业区日夜抗旱，一个月不曾回家。在他的带动下，农场面貌大变。到1965年产出第一批橡胶，结束了福建不能生产橡胶的历史。
1965年底，郭调到国营浦城仙阳茶场任党委书记兼场长。该场工人多数是来自福州的青年，郭到任后以艰苦奋斗精神来影响他们。他每日天蒙蒙亮就挑着粪筐拾粪，还带着干粮和年青人一起，步行几十里到浦城最高峰上挖黄花菜苗，移植到茶园里。他和工人一起上山开荒栽茶，场里送去番薯当点心，有的青年把番薯丢掉不吃，郭把它拣起来，教育大家要爱惜粮食，并把这块番薯削皮后自己吃下去。由于“文化大革命”动乱，1969年农场经济困难，郭就把自己多年积蓄的3000元拿出来，暂时解决职工生活困难。在“文化大革命”中，郭被诬为“走资派”，遭到斗争。他虽“想不通”，但对党的信念丝毫没有动摇，仍教育女儿们要听党的话，下乡插队锻炼。后来，党组织为他平反，曾先后安排他为浦城县卫生科副科长、县生产组副组长、县革命委员会副主任、县政治协商会议副主席等职。而郭因1975年患脑溢血半身不遂，已无法到职视事。1983年即离职休养。在长达十多年的患病期间，虽然生活不能自理，全靠妻子张洁护理，但他仍关心党和国家大事，对粉碎“江青反革命集团”，对党的十一届三中全会以来改革开放取得的成就，非常高兴。
郭克勇终因久病不治，于1990年1月4日逝世，享年79岁。
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