民国27年，日本军队侵占山东。民国28年，王佩珍被选为该村青年救国会会长。民国30年当乡的青年救国会会长，并于同年参加中国共产党。民国31年任乡的联防队队长，民国32年当王家村的村长、农会主任。在抗日救国中，他组织群众站岗放哨，锄奸反霸，减租减息，表现积极。
民国35年2月，他离开家乡，到新解放区齐东县曹务区委任组织干事。民国36年，任该区组织委员。同年齐东县被国民党军队侵占，人民政府的大部分工作人员，都转移到黄河以北，王佩珍和少数精干人员留下来，坚持敌后游击斗争，打击敌特、还乡团。斗争环境恶劣，餐风露宿，忍饥挨冻，生活非常艰苦。形势紧张时，他们撤到邻近的青城县、高宛县境内。晚上常跑一百多里，回到本区散发宣传品，镇压还乡团，为贫苦农民撑腰。
民国36年11月，王佩珍参加中共渤海区三地委在高宛县正里庄进行的“三查三整”整风运动(三查：查阶级、查思想、查作风。三整：整顿组织、整顿思想、整顿作风)。该村庄离敌人仅40华里，他们边学习边进行对敌斗争。王佩珍在整风中严以律己，搞好团结，共同对敌。民国37年2月，整风结束后，王佩珍任中共曹务区区委书记。他组织武工队，配合解放军，重新解放曹务区，重建基层人民政权，组织群众恢复生产。
民国38年2月王佩珍调县委任组织部副部长。中共中央号召“打过长江去，解放全中国”，动员干部南下，接管新解放区。他积极报名南下，在南下干部大队中先后任排长、副指导员、指导员等职。他以身作则，吃苦在前。经过半年多的艰苦行军，才到达福建。
民国38年9月，王佩珍参加中共福建省委工作队，到福州郊区的阮洋乡做群众工作。他任中心组组长，深入群众访贫问苦，启发群众阶级觉悟，起来揭发当地大恶霸阮亨武的罪行，召开全省第一次有三千人参加的反霸斗争会，斗倒了恶霸阮亨武(后来有人根据这个典型素材，编成戏剧《九命沉冤》)。1950年1月，解放军要解放永安，王佩珍的工作队奉命接管永安。阮洋农民要求省委请他们留下来。王佩珍耐心地说服群众：“永安还有许多阶级兄弟在受压迫，我们要到那里去工作。”农民鸣放鞭炮，挥泪送别。
王佩珍于1950年1月30日到达永安，任中共永安县委组织部长，是县委领导成员之一，参与领导永安的剿匪、减租、反霸、土改、镇压反革命等群众运动。1950年冬，他步行到青水区领导土改，又和区委书记董文九走了30多华里，去偏僻的雪山村访贫问苦。这个小山村，过去外来的人只有抓壮丁的官兵和抢东西的土匪，这次竟破天荒有县区领导人来看望他们，群众莫不欢欣鼓舞。有位老农民杀了一只鸡招待他们，但王佩珍未吃一块鸡肉，临走时还留下一万元(旧币，当时干部每月伙食仅9万元)以补偿农民的损失。青水区西华乡的斗争比较复杂，王佩珍带领县人民法院的人员到西华，宣判不法地主罪行，支持农民开展土改分田斗争。当时环境恶劣，生活艰苦，有部分土改队员思想动摇，个别甚至回家不来。他耐心细致地做思想政治工作，安定队员情绪，终于胜利完成土改任务。
1952年，土改结束后，王佩珍主持举办整建党训练班，亲自讲授《怎样做一个共产党员》，讲解《共产党员八项标准》。党训班结业时，发展永安解放后第一批共产党员。
1953年，他下乡宣传党在过渡时期的总路线，推行农业互助合作运动。他经常到县委办的互助合作试点贡川新发冲陈木老互助组、林田黄发恩互助组，同农民座谈办初级社问题，与工作组研究办社的政策。
1954年，王任县委副书记，第二年改任县委第二书记。在合作化高潮中，他主张初级社转高级社要慎重、稳妥，不具备条件不要急着转，以免影响农业生产。1956年，他任县委书记，领导永安县实现社会主义改造。此后，他着重抓巩固农业合作社和推行农业新技术。他积极提倡间作稻改连作稻，单季稻改双季稻，这两项种植制度的改进，对永安农业增产起了显著作用。
1958年，省委先后派周超南、边圻任永安县委第一书记，他改任第二书记或副书记，从不计较个人的名利地位，积极协助第一书记领导县委工作。在“大跃进”中，刮起一阵浮夸风，他一再交待办公室：“要实事求是，不能多报产量，多报了，省委来调，我们拿什么给？”在“大炼钢铁”中，青壮年劳力都被调去炼铁，他下乡发现稻子黄了无人收割，便强调一定要安排劳力。把晚稻、蕃薯收起来。同年冬天《福建日报》刊登放开肚子吃饭的社论，当时农民都在食堂“吃集体”，他知道粮食有限，只提出“先试吃看看”，一试平均每天吃2斤米，他立即提出不能这样吃，要节约用粮。因此，第二年永安县农民的生活比那些“放开吃”的县更好安排一些。
1959年，在“反右倾”的压力下，永安县的领导终于把1958年的粮食亩产报成“跨纲要”(即亩产800斤)。国务院于1959年开会表彰“跨纲要”的县，通知永安参加，县委常委开会讨论由谁出席。因王佩珍是分管农业的书记，理应由他到北京开会领奖。但他不肯去，他认为永安亩产没有800斤，是欺骗毛主席。常委会开到下半夜，他还是不同意去，有的同志发了脾气，提出要报地委解决，结果在他未表态的情况下，作出了他去北京的决定。他从北京回来，将发给他的奖品全部交给公家。
1960年，国家遭到经济困难，有些地方社员自动包产到户。1961年春，王佩珍对杨作堂等同志说：“社员单干，不要急着去扭，不要耽误农时。”1962年经济形势逐渐好转，王佩珍又着重抓农业技术推广，曾到吉山、黄历、新冲等地搞试点。1963年，在吉山推广过磷酸钙时，由于施用过量，禾苗烧死，农民心焦，王佩珍赶到田头现场向农民表示：“县委在此试点，县委负责赔偿一切损失。”同时鼓励农技干部继续搞好试验，终于实验成功，在全县推广取得大面积增产效益。1964年6月15日，洪水涌进永安城，王佩珍日夜指挥抗洪抢险斗争，直到洪水退走为止。1964年10月，他率领一批干部到南安诗山公社，参加省委组织的社会主义教育运动，和普通队员一样与贫下中农同吃同住同劳动。1965年又到宁化安远公社参加社教运动。
1966年夏，王佩珍被调到国家文化部工作，先到北京京剧团当工作组，后到湖北筹建文化部的干部劳动基地。不久，县里开展“文化大革命”，他被诬为“走资本主义道路当权派”。1967年初，他被从湖北“揪”回永安批斗，身体受到摧残。1969年“清队”后，他作为毛泽东思想宣传队员下乡工作。1970年，任省农业科学实验站(今省农业科学院的前身)革命领导小组组长，发扬艰苦奋斗作风，团结科技干部，建立基地，担负保存因“文化大革命”而频临灭绝的水稻、小麦种子资源，为以后育种打下基础。他热情支持杂交水稻的研究，福建省后来能培养出适合本省条件的不育系和新的杂交组合，取得全省大面积增产的效果，是与王佩珍当时的热情鼓励积极支持科技人员分不开的。1974年王佩珍因患癌症逝世，享年54岁。
王佩珍生活俭朴，开支节俭。解放初期，他可以享受中灶待遇，但他却在食堂和一般干部同吃大灶。困难时期，他不搞特殊，也得了水肿病。他自奉甚薄，但对有困难的同志却慷慨解囊，有不少同志得过他的帮助。廉洁奉公的永安县长赵泰然，因家庭人口多，经济拮据，1959年有一次要外出开会，身边缺钱，王就赠100元给他。王佩珍团结干部，不分亲疏。他严以律己，为政清廉，一身正气，两袖清风，不开后门，不走后门，从未让家属看过一次公费电影，坐过一次公家小车。他调离永安时，没有带走公家的一点东西。县委送他一只樟木箱，他也不肯要。他去世的消息传来，曾和他一起工作过的永安干部无不痛惜。大家在怀念他时，总是不约而同地赞扬他的清正廉洁作风。
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