9月21日，中国人民政治协商会议第一次全体会议在北平开幕。杨奇清参加了这次会议。
10月1日，中央人民政府在北京正式成立。下午3时，开国大典在天安门广场隆重举行。在罗瑞卿领导下，杨奇清亲自组织了这次政协会议的安全保卫工作，主持制定了开国大典的保卫方案。他不仅细致地审查了方案的细节，为了做到万无一失，他在9月30日夜里还实地检查了毛泽东和中央领导同志上天安门的路线和各保卫工作人员的具体岗位。由于中共北京市委深入动员，罗瑞卿、杨奇清的精心组织、周密部署，北京市广大公安干警辛勤工作，坚守岗位，30万人参加的盛典进行的非常顺利，气氛热烈，秩序井然。
1949年10月15日，全国公安高级干部会议（第一次全国公安会议）在北京召开，杨奇清积极筹办并参与了这次会议。会议听取了各地的情况汇报，交流了工作经验，讨论了全国公安工作的方针、任务及当前必须解决的若干问题，部署了公安机关和公安队伍的组织建设。根据当时的实际情况，会议确定公安工作的中心任务是：在全国范围内迅速肃清残余反革命势力，建立革命秩序，巩固新生的人民政权，保卫经济恢复和社会主义改造的顺利进行。
1949年10月19日，中央人民政府委员会任命罗瑞卿为中央人民政府公安部部长，任命杨奇清为副部长兼公安部政治保卫局局长和中国人民解放军总政治部保卫部部长。其后，杨奇清又被任命为公安部党组副书记。
1949年11月5日，中央人民政府公安部正式成立，随后各地公安机关也相继建立。
建国之初，杨奇清是公安部唯一的副部长。他是罗瑞卿部长的得力助手，协助罗瑞卿领导全国公安干警，依靠人民群众，同国内外敌人进行了坚决斗争。在加强对敌斗争和治安行政管理，胜利进行镇反、肃反运动，教育改造罪犯和地富反坏分子，建设一支忠于党忠于人民的公安队伍等方面，都做出了自己的贡献。
公安部成立后，罗瑞卿和杨奇清在银行工会大楼一间大办公室里办公。李其炎同志和我担任罗瑞卿和杨奇清同志的秘书，负责处理两位部长交办的事项。那时候的工作非常紧张，因我同时还兼任办公厅机要一科科长，每天都要忙到深夜。
1949年12月，毛泽东主席决定访问苏联。在周恩来和罗瑞卿直接指挥下，杨奇清和铁道部部长滕代远具体组织了毛泽东访苏专列的保卫。正当毛主席要动身之前，突然发现一部潜伏的国民党电台露头活动。中央要求公安部限期破案。杨奇清在组织毛泽东访苏专列保卫的同时又承担了这一任务。他亲自指挥公安部和北京、天津两市的侦察人员密切配合，协同作战，不到两个月就如期将这个号称“万能台”（台长、报务员、译电员全由一人担任的电台）的国民党保密局北平潜伏台挖了出来，后由于要具体负责毛主席出访专列的安全工作，中央决定由李克农部长负责继续侦破，缴获了电台、密码、手枪等大批罪证，主犯计兆祥束手就擒。
毛泽东按时出访苏联，杨奇清和滕代远随车负责安全保卫工作。成功地组织了专列的保卫，开创了我国的专列保卫工作。1950年1月，周恩来赴苏参加中苏友好同盟互助条约谈判和2月间毛泽东、周恩来回国时的专列保卫工作，都是杨奇清负责组织的。尽管当时从北京到满洲里火车要运行6天6夜，沿线的治安情况也不很稳定，但由于专列保卫人员和全体列车工作人员高度警惕，严格按照保卫方案行事，铁道部门和沿线居民同公安干警密切配合，这三次繁重的专列保卫任务都得以圆满完成。
1950年9月，杨奇清亲自领导侦破了美国特务阴谋制造的炮击天安门案。抓获了特务间谍李安东、山口隆一，起获了敌人阴谋炮轰天安门的迫击炮，保卫了新生的人民共和国。
1950年起，杨奇清协助罗瑞卿部长召开了一系列专业工作会议，积极开展各项业务工作基础建设，并且根据中央指示，在全国范围内开展了大规模的镇压反革命运动。
4月，公安部召开第一次全国经济保卫工作会议，研究经济保卫工作的情况，确定经济保卫工作的方针、任务、组织形式等许多重大问题，特别是提出了保卫工作必须在实际上接受党委直接领导这一极为重要的方针。
7月6日，公安部召开第一次全国治安行政工作会议，讨论并解决了公安机关治安行政部门的职责和建警等重大问题；研究并草拟了治安行政管理的各种工作条例。这次会议还确定当时治安工作的主要任务是：依据政府法令，取缔与镇压各种反革命破坏活动，同盗匪、流氓以及危害人民生命财产安全的治安事故作斗争，采取各种措施整顿恢复社会秩序。
8月25日，公安部召开第一次会国侦察工作会议。杨奇清和陈龙筹备和主持了会议。会议详细地分析了全国解放后的敌情，总结了前一段侦察工作的经验和教训，研究确定了侦察工作必须实行党委领导和群众路线，专门机关必须和广大群众相结合，重点解决了侦察工作使用秘密力量等一系列根本性的问题，对以后几十年的侦察工作产生极为深远的影响。杨奇清在这次会议上还专门就侦察干部问题作了重要讲话，要求侦察干部下苦功学习，掌握丰富的知识和现代化技术。
10月16日，公安部在召开第二次全国公安会议，传达部署贯彻执行了中央《关于镇压反革命活动的指示》。会后，在全国开展了轰轰烈烈的“镇反”运动，集中扫荡土匪、恶霸、特务、反动党团骨干分子、反动会道门头子等五个方面的反革命分子。
11月，中国人民解放军全军保卫工作会议在北京举行。这是建国后第一次全军保卫工作会议，作为总政保卫部部长，杨奇清主持了会议，毛泽东、刘少奇、周恩来、朱德都为会议题了词。会议讨论确定了全国解放后军队保卫工作的方针任务和若干具体问题。
1951年5月10日，公安部召开第三全国公安会议，总结各地镇压反革命运动的情况，确定镇反工作从现在起采取谨慎收缩的方针，集中力量处理积案。强调镇压反革命必须实行党的群众路线，普遍组织群众的治安保卫委员会。
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