抗日战争爆发,国共合作的局面形成,郇肇纪获释。1938年1月,郇肇纪经长途跋涉到达了延安,经党组织安排,在陕北公学学习4个月后,分配到林伯渠领导下的八路军西安办事处工作。在此期间,他根据党中央的指示,接待和动员了大批爱国青年奔赴延安。不久,因病又重回到陕北公学,担任卫生所党支部书记,又调任中央组织部管理科长和干部处干部干事。1941年底到1945年8月,调延安《解放日报》社,担任报社社长博古的政治秘书。抗日战争胜利后,参加了赴东北开辟新区的干部工作团。被分配在热河省民主建国联合会筹委会,并担任了该会秘书长兼组织部长。1947年初,郇肇纪去热河省林西县任县委书记。此时,林西县也正在轰轰烈烈地开展土地改革运动。工作中,郇肇纪认真贯彻执行党的方针和政策,侧重解决了土地改革中“左”的倾向,并严肃调查处理了少数干部包庇地主、打击贫下中农的案件,进一步提高了党在群众中的威信。
1948年底,郇肇纪随东北解放军南下,回到山东,到华东局报道,分配到华东局组织部任干部科长,后又调任山东分局组织部干部科长。因他在入关时身体就极度虚弱,后来病情日益加重,在济南医院做了脾脏切除手术。手术后不到一个月,身体尚未完全康复,他即主动申请到基层工作。中共山东分局满足了他的请求,遂任命他为中共淄博地委副书记。二年后,又调任中共山东分局纪律检查委员会副书记,后任书记。郇肇纪在省委工作期间,在党内一些重大原则问题上,始终坚持党的原则,刚正不阿。但在日常工作中却十分平易近人,廉洁奉公,严以律己。三年困难时期,他适在青岛养病,当时组织上规定,他本人和直系亲属每人每天可享受0.8元的生活补贴,并可全部吃细粮。他谢绝了组织上给予的照顾,养病的两年期间,自觉用工资交纳生活费,并不准家属和子女吃细粮。郇肇纪因长期监狱生活的折磨,身染多种疾病,久治无效,于1964年1月6日在济南病逝,时年51岁。
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