门金甲自6岁起在本村读私塾。1931年考取县立第四小学，时值“九一八”事变，门金甲积极参加爱国运动，上街宣传发动抵毁日货。1933年考取广饶县立初级中学。1936年中学毕业后，考入济南高中，因学费不济辍学回乡务农。是年8月，在共产党人办的小学里任教，既掩护地下党开展秘密活动，同时，又向高年级传播进步思想。
1937年门金甲考取益都省立第四师范学校，在师范期间，受到地下党员的培养教育。经常阅读《向导》、《新青年》等进步刊物，由于受新思想的影响，积极参加革命活动。“七七”事变后，门金甲积极参加地下党组织的抗日宣传队，宣传抗日救国。1939年初，门金甲毅然参加了八路军山东纵队第三支队，任特务连文化教员，后调团政治部任政治干事。同年由团政治委员岳拙园和延宁介绍加入中国共产党。1940年春，门金甲先后任基干六营七连副政治指导员，基干二营五连政治指导员，率部队在参加寿光陈家马庄战斗中右胳膊肘中弹负伤。11月，在参加攻打毛王伪军李青山部时腿部负重伤。
1941年， 门金甲调任清河行署秘书主任，9月，任广北行署主任， 协同张力群开辟、创建广北根据地。1943年2月，广北行署改称广北县，门金甲任县长。他积极发展抗日武装，组建广北县大队，并兼任县大队长。他发动群众大挖抗日沟运动，改造地形、地貌，建立手榴弹工厂，对日开展地雷战，团结各阶层抗日力量，开展挖坑埋粮、蔽井断源、间壁衣物、空舍清野，坚持对日本侵略军反“扫荡”、反“蚕食”斗争。狠狠打击了日伪军的嚣张气焰，巩固和发展了广北抗日根据地。
抗日战争胜利后，1945年8月，渤海区党委决定撤消中共益（都）、寿（光）、临（淄）、广（饶）四边县委、县政府建制，恢复广饶县，门金甲任县独立营营长。门金甲率县独立营、公安机关进驻广饶县城。同时，建立了城防司令部，门金甲任广饶县长兼城防司令。他发动群众对暗藏的伪顽组织和反动“会道门”进行清查，安定了民心，保护和发展城镇工商业。当伪匪李青山、成连基接受国民党改编，不断潜回内地搞破坏和暗杀活动时，门金甲发动群众，带领地方武装开展剿匪、反特、反顽斗争，发动群众反奸、反霸诉苦运动，清除反动组织，处决罪犯保卫胜利果实。
1947年，国民党重点进攻山东，黄河水回归故道。门金甲带领民工冒敌机轰炸，抢险护堤，为黄河安全归故道做出了贡献。1947年初，门金甲任渤海行署支前粮食供应总指挥，率领100多名干部支援前线。1948年冬，淮海战役进入决战阶段，门金甲率900辆粮车，日夜兼程，把粮食运往前方各部队，出色的完成支前任务。
1948年11月，门金甲调任山东北运河河务局局长；1952年春，任山东黄河河务局办公室主任，后任副局长。他与工程队共同研制成功了“爆破冰凌新工艺”，解除凌汛之险。1956年，调任三门峡工程局办公室主任兼驻京办事处副主任、任中央水电部办公厅副厅长；1958年调任黑龙江省水利厅厅长， 创建水利电业学院。1977年，任黑龙江省科委副主任。1983年离休，1995年9月29日病逝大连。
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