1935年，加入中国共产党，在本村创建第一个党支部。担任支部书记，并兼任直南特委的地下联络站站长，联络站以开中药铺为掩护。1940年，把药铺变成酒店，更
广泛的接触社会，搜集敌人的情报。并以酒换取敌人的子弹，积攒起来，送交豫北地委。 仅一年多，他家里的11亩地卖的只剩了1.3亩。酒店开不下去了，就开馍店。一家人节衣缩食，把节省下来的粮食留给过往同志吃。
1942年，任县交通科长兼四区区委书记。冬天，他身穿毛蓝大袄，背着粪箩头；夏天，披着白棉布褂，柴草篮子不离身。手拿一杆旱烟袋，白天，出入县里、区里和各个村庄，夜晚，开会布置工作。家中的接待、联络则全交给了他的妻子和女儿。
在四区，他访贫问苦，扎根串连，先后发展了张来成、周朝汉、周生文入党。又派共产党员韩子良打入敌人内部，搜集敌人的情报，掩护革命同志。他带领敌工人员把标语贴到敌人的岗楼上，把传单散发到四区的各个村庄和菏泽县的杨镇集一带。敌人称这一带是“异军突起”。
那时，拥有近2000人的国民党地方武装郝子端，在武胜桥一带骚扰残害群众，与八路军制造磨擦，不断出现流血事件。上级决定拔掉这颗钉子。但郝子端诡计多端。县委把侦察任务交给了孙自端。没过三天，他便把郝部的行踪搞得一清二楚，使八路军一举捣毁了郝的巢穴，郝子端束手就擒。
1943年，孙自端调到三区任区委书记。这里是菏泽、曹县、东明三县的交界地，情况更为复杂，环境更为险恶。他首先发展了进步青年王嵩峰、朱俊德、黄尚志等人入党，很快在三区形成了以共产党员为骨干的一支革命队伍。继而开辟了南起龙山集、北到武胜桥，长达20余里的联防线，使盘踞在城内的日、伪军不敢到这一带抓伕抢粮。
1944年，日、伪团部驻扎在离孙自端家仅有2华里的西孙楼村。敌人到处捉拿他，家两次被抄， 一家人颠沛流离。敌人抓不到他，就把他9岁的儿子孙书听和侄儿孙书金关押起来，残忍地毒打折磨，妄图引诱他来营救孩子上钩。敌人将孩子关押了84天，最终仍一无所获。
是年，他被调到鲁西南行署交通科，他随军分区武装，日夜穿行于枪林弹雨之中，拼杀在血与火的战场。敌人对他又恨又怕，咬牙切齿要抓到他。
1947年4月1日夜，他悄悄回到家中，看有没有急需处理的密件，不幸被敌人跟踪。凌晨，敌镇长刘显锡率一群荷枪实弹的士兵包围了东孙楼村，狂吠：“村里人若不把孙自端交出来，就把整个村子踏平”。全村的男女老幼无不提心吊胆。这时孙自端从村北的寨墙下走了出来，昂首怒视敌人，大声说：“我就是孙自端，天大的事我一人承担，不要连累老百姓”。
敌镇长刘显锡对他先是诱供，诱供不成，即凶相毕露，一使眼色，如狼似虎的打手一涌而上，把孙自端吊在梁头上，先是用皮带抽打，接着是坐“老虎凳”，灌辣椒水，压杆子……。他先是高声痛骂，但声音越来越小，慢慢地失去了知觉。敌人用冷水把他喷醒，放在一块木板上，威逼群众前来看他。敌人指着他说：“这就是当八路的下场。”他对乡亲们说：“你们不要难过，我早料到敌人会对我下毒手。我这一罐子血已泼到地下，不准备再收，随他们的便，今天脱了鞋，我不准备再穿了。”不一会儿，敌镇部中队长带着几分酒意来到审讯室，假惺惺地对他说：“你已是年过半百，有五个孩子的人了，丢下妻小这样离去，不感到后悔吗？”他觉得象有只苍蝇在耳边嗡嗡嘤嘤，从心底感到一阵恶心，只翻翻眼皮，不理他。敌人又用窜着火苗的大捆香往他身上乱烧乱燎，肉被烤化成油，一滴一滴掉在地上，血随汗水淌下来，红红的一片……。整整一天的折磨，孙自端已是奄奄一息了。夜晚，敌人偷偷把他押往邵寨村。待他稍有清醒，敌人又是一阵毒打审问，但照旧什么也得不到。结果，他被敌人残酷地杀害了。
第二天，村上的人去收尸，只找到一条殷红的麻绳和一件血肉模糊，烂成一条条的汗衫。周围的土地上洒满了烈士的鲜血。
建国后，陆圈镇西地，立起了巍巍丰碑。上书：“孙自端烈士永垂不朽。”
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