孙自平17岁入烟台正华商业学校读书，后转益文中学，阅读进步书刊，接受革命思想，曾参加过"万县惨案"后的反英运动。后因病辍学回乡。
1932年在家乡小学任教，积极参加抗日救国宣传活动。1935年秋经慕湘介绍加入中国共产党。同年10月，与于仲淑等人成立蓬莱县小学教师抗战服务团，担任组织委员。1936年加入中华民族解放先锋队，任县队部组织委员。1937年"七? 七"事变后，积极投身于蓬莱人民抗日武装起义的组织发动工作。1938年2月3日举行武装起义，建立山东人民抗日救国军第三军第三大队，不久改称第三军第二路(简称"三军二路")，孙自平先后任宣传队长、政治部组织科科长、第三大队政委。 1938年7月，"三军二路"整编后任一营政委，后任五十五团政治处主任。不久肺病复发，离开部队休养。
1939年4月， 中共北海地委派孙自平创办理琪小学，收纳抗日军、工、烈属子弟入学。他带病认真筹办，学校建成后任校长。1940年孙自平当选为蓬莱县参议会参议长。1942年2月当选为北海专区参议会副参议长。1942年5月，牙山抗日根据地创办北海中学，他被任命为校长，直至抗日战争胜利。
1945年9月，孙自平调任蓬莱县县长，带病深入新解放区， 发动群众开展反奸反霸斗争，建立健全区、村政权，既广泛发动和真心依靠基本群众，又注意团结各阶层开明人士，赢得了广大干部、群众的拥护和支持。1946年7月， 他病情加重，中共北海地委令其去大连治疗，他才不得不离开工作岗位。
1950年，孙自平受命担任山东水产养殖场场长，提出海带筏式人工养殖法，亲自指导试验，获得成功，为开创我国海带筏式人工养殖做出了重要贡献。 1954年1月，孙自平兼任青岛市科协副秘书长；12月调任山东省水产局副局长。1957年2月，调任中国科学院海洋研究所副所长和党委书记。他尊重科学，尊重爱护科技人才，曾冒着危险保护了一批专家学者。接到编写《海带养殖学》一书的任务后，让专家、学者集中食宿，规定"任何人不准打扰"，3个月便完成了我国第一部海带养殖专著。他十分重视人才培养，亲自确定重点培养对象，制定培养计划，请老专家带徒弟，开办进修班，派员到大学进修，培养出一批作风正派、工作勤恳、不计私利、忘我工作的科技干部。
"文化大革命"中，孙自平遭受严重政治迫害和人身摧残，1968年7月22 日含冤去世，终年58岁。
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