1938年日本鬼子占领黄县，冯尚贤抱着消灭日本鬼子保卫祖国的决心，在同年8月，未经父母同意，毅然跑到掖县（今莱州市）参加了八路军的三军军校，从此走上了抗日救国的革命道路。在军校期间，由于学习积极努力、思想上进，于同年11月加入了中国共产党，历任战士、班长、排长。
1939年，冯尚贤在胶东警卫营四连担任连长，那年才19岁，熟人们都称他是“小孩连长”。
1940年以后，在五旅十四团任连长时，抗日战争进入了相持阶段，战斗异常艰苦激烈。在这期间，冯尚贤随部队转战胶东，大小战斗经历了几十次。每次战斗，他都身先士卒，带头冲锋，表现出极高的革命热情。在一次攻坚战斗时，腿部负重伤，伤愈后，任团部作战参谋（副营职）。在掖县道头打埋伏时，亲自活捉了负伤装死的日本鬼子兵小林。在参加奇袭驿道战斗中，部队缴获了日寇的九二式重机枪，从此十四团有了重型机枪。
担任作战参谋时，冯尚贤做到了上情下达、下情上传，谋事策划，并且出色地完成许世友司令员交待的福山侦察敌情的任务。因为工作任务完成得好，射击比赛成绩优秀，1942年被评为优秀射手和模范参谋。
1945年，冯尚贤任南海军分区独立团参谋处长，参加了解放平度城战斗，在许世友司令员的指挥下，参战部队奋力拼杀，浴血奋战，歼敌6000多人。
1946年至1948年，冯尚贤任华东野战军第九纵队师、军作战科长，参加了胶县、高密、即墨、莱芜和孟良崮战役。
1948年3月，冯尚贤亲自参加策划解放淄川城的战斗，时任七纵队二十一师副参谋长。当时，七纵队尚缺乏攻坚爆破技术，他积极建议师长、政委采用挖坑道爆破东门楼，打开东门口。首长同意后，命令他上城墙指挥战斗，他从九纵借来工兵排挖地道，想出用棺材装炸药的办法，一举炸开城门楼，为顺利解放淄川城，全歼城内守敌做出贡献。
1948年4月到1949年初，冯尚贤任二十五军七十五师副参谋长、参谋长，参加了著名的淮海战役。与国民党的黄维兵团在双堆集作战时，他召集全师的爆破手和部分迫击炮手进行集训，研究制造了八二迫击炮送炸药、步枪送炸药的军事技术。这种技术在部队中得到了推广，给了敌人强有力的打击，解放军所抓获的俘虏都奇怪地问“你们那是用的什么武器？把我们的鼻子眼睛都震出血来。”在淮海战役攻克东南堆的战斗中，他做出了很大的贡献。
革命大军胜利南下的时候，冯尚贤参加了渡江战役和解放上海崇明岛战役。解放崇明岛以后，1949年8月，他奉命调到华东海军，任海军二大队副大队长。
从陆军到海军是要经过一段艰苦磨练的。但他以建设海军、解放台湾为己任，以高度的革命热情，请原海军舰长郭成森、部门长郭长友两同志为技术老师，拼命学习海军技术，成为从陆军来的同志中第一批会独自操船的舰长。
1950年，冯尚贤奉命到青岛组织华东海军的第一航海大队，领导培训了航海长、舵手等一大批人才，并且率领全大队的学员指挥登陆舰、沈阳舰和秋风舰三舰胜利完成了青岛到大连的第一次远航。1951年任华东海军一大队大队长。为了更好地了解情况，做好工作，他连续三次申请到舰上工作，为此，经上级批准他又兼任了广州舰的舰长。
1951年，担任大队长的冯尚贤率领“开封”舰护送一艘油驳由青岛驶往上海。当舰船开到连云港外的五条沙一带时，突然遇上了西伯利亚来的寒流狂风，气温骤然下降，狂风卷着巨浪，油船上的钢缆都被巨浪打断，军舰在飓风中剧烈地摇晃着，舰上烧水做饭都不行，舰长晕船晕得厉害，已经不得不下舱休息。此时冯尚贤沉着冷静，稳稳当当地站在指挥台上指挥。整整两个昼夜，他和大家一起跟巨浪严寒搏斗着，保护着油船。大风稍停，他们便顺利到达上海，胜利完成任务。此次航行受到华东海军的通报表扬。
1952年，冯尚贤担任了六舰队的副司令兼参谋长，负责部队的训练工作。在1953年到1956年期间，在组建新的海军部队时，六舰队向其他部队输送了从驱逐舰大队长、政委到战士，一共有七八百名优秀人才，被当时的海军称为“种子”部队。
1953年春天，毛主席从武汉来南京视察海军，陪同毛主席视察的有陈毅、罗瑞卿等首长，有军区首长张爱萍，海军副司令员王宏坤，华东海军司令员陶勇，政委袁也烈，政治部主任康志强，七舰队司令员饶守坤，六舰队司令员刘中华，副司令员冯尚贤。在绵绵细雨中毛主席跟摆队迎接的同志一一握手，随后，毛主席率领领导同志上舰视察。六舰队司令员令冯尚贤到指挥台去指挥前来受检阅的“南昌”、“广州”、“黄河”三舰和三十一大队的两艘鱼雷快艇。六舰队司令员刘中华陪同毛主席视察广州舰主炮以后，毛主席、陈毅司令员、罗瑞卿部长和舰队司令员来到南昌舰会议室，稍稍休息了一会儿，来到指挥台上，刘司令员向主席介绍说，这是六舰队副司令员冯尚贤同志。毛主席微笑着说：“看你很年轻嘛，你多少岁了？”他立正回答说：“四十三，不对，三十三。”主席又问：“你过去在哪工作？”冯尚贤回答：“在二十五军七十五师任参谋长。”毛主席微笑着点了点头。随后，主席又叫曾泉生舰长介绍舰上的各种仪器。接着，毛主席又观看了鱼雷快艇的表演。表演结束，冯尚贤就恭敬地拿着宣纸递给毛主席，请毛主席为接受检阅的三艘军舰题词三张，毛主席欣然接受了，在他的引领下，到早已准备好文房四宝的雷达房，为海军写了三张同样的题词“为了反对帝国主义的侵略，我们要建设一支强大的海军。”这就是永载史册的毛主席为海军的题词。这样，连同长江舰和洛阳舰上的题词，主席一共写了同样内容的五张题词。这一天，毛主席视察以后，和舰队的干部战士合影留念。第二年，冯尚贤被推选为第二届团中央委员。
1953年夏天，民用客轮“民主三号”在海上航行触礁，当部队接到求救信号时，冯尚贤立刻亲自带领两艘军舰，用最快的速度前去营救，他和舰员们高速度、快节奏，搭救了全船包括舰队李长如政委在内的到舟山去的数十名乘客，做到无一人伤亡，受到了当地政府的赞扬。
1953年4月的一天，在浙江三门湾海域，冯尚贤奉命带领着四艘军舰护渔，当时他采用的战术是钓鱼战术，即把国民党海军从渔山引出来，向北出来越远越好，这个任务交给“战大”两炮舰（比敌舰弱）执行，他率领“广州”、“开封”两舰先在檀头山北面隐蔽，“战大”把敌人引出来了，敌人四条舰，一艘驱逐舰和三艘护卫舰，成单纵队扑向“战大”。冯尚贤采用两面夹击的战术，命令“战大”继续向北引，冯尚贤率“广州”“开封”两舰到檀头山南海面，当敌人向北又进一段，他率“广州”“开封”两舰直插敌军舰的左前方，命令“战大”东北航向，向敌人的第二号舰射击，“广州”“开封”进入有效射程，冯尚贤命令向敌人一号舰（旗舰）射击。当“广州”130毫米口径炮进行效力射击时，命中敌人的旗舰，敌舰冒烟了，檀头山观测站也发来信号，向我方发来了命中敌舰的消息，我军也看见了在敌人军舰上冒出来的滚滚浓烟。敌人的四条舰向外海四下狼狈逃窜。这一仗，狠狠打击了敌人的嚣张气焰，大大助长了我军民的威风。
1953年5月16日，担任副司令员兼参谋长的冯尚贤，又参加并指挥了檀头山南的海战。这次海战中，蒋介石的护卫舰“太和号”中了我军的诱敌之计，想来追赶我军的“开封”舰。冯尚贤沉着镇定，命令“南昌”、“广州”、“长江”舰进行有效射击，结果敌人的“太和”号带着浓烟仓皇逃窜了。它们又一次尝到了我海军的厉害。
过了两天，敌人派飞机准备轰炸“南昌”和“广州”舰，当敌机朝我军飞来的时候，冯尚贤指挥两舰起锚防空，舰上的高射炮对空射击，另一方面下达命令让舰上的空勤组呼叫战斗机。很快，我军的飞机，根据炮弹爆炸的浓烟所指示的目标，发现并击落了敌人的飞机一架，另一架敌机超低空逃窜了。这一次海战，冯尚贤不仅亲自经历指挥了舰对舰的战斗，而且还经历指挥了军舰协同我空军击落敌人飞机的战斗，这也是我国海军历史上的第一次。
1955年春天，冯尚贤升任海军六舰队司令员（正师职）。部队整编，六舰队改为中国人民解放军海军第六支队，他改任为支队长，成为海军护卫舰六支队的第一任支队长。
1955年的5月，南京海军学院在舟山基地进行战役演练。当演练就要结束的时候，台风来了，舟山基地指挥各舰到象山港避风，“淮阴”舰和“武昌”舰被大风吹上了小岛的岩礁。冯尚贤奉命前去抢救，他和舰队修理部长想出各种办法，组织人力，战酷暑、斗困难，千方百计抢维修，利用不到一个月的时间，胜利完成了任务。
1955年秋天，中国人民解放军在辽东半岛举行国内外著名的海陆空三军登陆抗登陆大演习和空、潜、快大演习，这是由叶剑英元帅组织指挥的。演习的规模之大，参加的兵力之多，领导和参观人员的级别之高，都是空前的。当时社会主义阵营国家的国防部长和军事代表团都来参观，我们党和国家的许多领导人刘少奇、邓小平、刘伯承、贺龙、陈毅、聂荣臻等也都来了。1955年11月3日，演习正式开始。当时指定冯尚贤担任十艘舰艇的护航和火力支援的指挥，他镇定自若，正确的指挥，次次命中目标，很好地完成了火力支援和掩护登陆的任务。
这次演习之后，紧接着在旅顺基地进行了一次航空兵、潜艇、鱼雷快艇的联合实弹射击大演习，就在要进行演习的时候，上级命令冯尚贤担任演习指挥，他临阵领命，沉着冷静，并和苏联专家一同登上“南昌”舰的指挥台。当时由海军司令、政委，陪同中央首长和许多外国的国防部长分乘“鞍山”、“抚顺”舰跟随视察。这次演习的指挥舰“南昌”舰又是目标舰，冯尚贤按照演习计划，准确及时地向在舰上的航空、潜艇、鱼雷艇指挥员发出攻击命令，完成了各项演习任务。当四条鱼雷从水下朝目标舰窜过来的时候，贺龙元帅高兴地大声喊道：“鱼雷过来了！鱼雷过来了！”，鱼雷（演习雷，没有装药）准确的从舰下一米深的水中通过，命中目标。这两次演习前所未有，当时在国际上产生很大的影响。
1955年年底，冯尚贤被授予海军大校军衔，同时授予抗日战争三级独立勋章，解放战争二级勋章。
1956年冯尚贤被派到苏联海军学院学习。他们在国内先学习半年俄文，1957年到苏联列宁格勒伏罗希洛海军学院（后来改名为苏联海军学院）入预科和本科学习，预科学习海军各种技术，本科学习了海军兵种战术，第二、第三年又学习了海军合同战术和战役法。各类科目几十门。在学习期间他刻苦认真、发奋努力，认真听讲，做好笔记，不懂就问。在几十次考试中，门门功课都是优秀。1960年7月毕业时，顺利通过由苏联北方舰队上将司令主持的国家考试，因为几年来考试成绩全优，最后获得金质奖章。他的名字被刻在苏联（现俄罗斯）海军学院的光荣榜上。
1960年8月毕业回国后，冯尚贤到潜艇十二支队任支队长，当时叶剑英元帅主持全军的训练工作，叶帅规定，海军师级主要干部要技术过关。潜艇对冯尚贤来说是陌生的，为了做好潜艇的工作，他一面做着正常的训练工作，一面按照叶帅的规定又开始了新一轮的学习。工作中，他不仅对部队严格要求，对自己也是毫不放松。他不分昼夜，从艇体结构到功能作用，到潜艇的各专业，一门一门的学习、考试，当时的老师是第一批的潜艇长辛福元和各专业的业务长。就这样勤学苦练，在较短的时间里就掌握了全套的技术，一次性通过了由北海舰队司令员刘昌毅主持的艇长考试，成为合格的潜艇艇长。
潜艇部队从制度、条令、条例到艇员的管理和训练方面，较其他部队都要严格得多。为此，冯尚贤以身作则，在训练方面，领导并严格遵守了许多制度、原则。组织出海，他每年出海都是五六十天，并且完成了1962年海军学院的实习大演习。
1962年底，冯尚贤任旅顺二支队支队长。在当时，这是一支作战部队（过去有训练和作战之分）。他深入基层，调查研究，大胆开展“齐装、满员、全训”的训练工作。经过一段时间各种科目的训练，他带领潜艇到海上进行了大胆的对抗演习。通过训练演习，潜艇二支队得到了很好的实战锻炼。在二支队工作的两年里，冯尚贤狠抓了新艇长的培训工作。给他们下达学习任务，规定时间，加大压力，培养一批优秀的人才，他们之中有许多人成长为部队首长。
1964年上半年，冯尚贤升任北海舰队旅顺基地副司令员，主要分管作战训练和海防建设。当时部队正开展大比武活动，他带领一艘潜艇和一艘快艇到青岛、舟山基地参加了潜水、发射管、下潜上浮等诸项比赛，叶剑英元帅和海军政委亲自检阅，他们的每项成绩都是优秀。
1965年，越南共产党领袖胡志明来旅顺、大连访问，因为风浪太大，为了保证安全，基地司令员命令冯尚贤陪同出海参观。在海上，他一一回答了胡主席的问话，当日下午胜利返航。
同年，冯尚贤奉命参加了地方上的社会主义教育运动，和辽宁省海城的农民同吃、同住、同劳动。
1966年，“文化大革命”开始，冯尚贤奉命结束了社会主义教育运动率领干部回到部队。
根据海军的命令，1967年春天，冯尚贤准备带队到越南扫雷。因为时机不够成熟，他奉命带着一些队员回到旅顺做准备工作。
1968年5月，冯尚贤奉命带领中国人民解放军海军扫雷队赴越，执行扫雷任务。扫雷组有三个队组成，一是干部队；二是战斗队；三是工程师队。扫雷组日夜奋战，克服了重重困难，终于在11月底完成了任务，奉命带着试验成功的扫水雷的磁力发射器凯旋回国。
1969年3月，冯尚贤任北海舰队旅顺基地政委，孙亮平同志任基地司令员。当时的任务是贯彻“九大”精神和海军“三·四”会议精神，同时完成了部队换防，潜艇备战等各项工作。
1969年冬天开始，冯尚贤受到不公正的处理，并被关押，但他实始终没有动摇革命信念。
1980年冯尚贤被安排到中央党校海军分校学习，学习结束回到旅顺，之后，任东海舰队副参谋长（正军职），1982年底，调任潜艇学院正军职顾问。在担任顾问的三年间，冯尚贤参加了潜艇学院的科研工作。
1985年，冯尚贤离职休养。此后，他仍关心党和国家的大事，关心教育下一代，关心海军的建设，经常为海军的建设献计献策，关心同志，抓紧学习，还参加了中国书画函授大学三年的学习，成绩优秀，获得了优秀学员的光荣称号。
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