“七七”事变后，根据党的指示，北平学联决定，将同学们疏散到全国各地去参加抗日救亡斗争。夏云超这时与同学们一起来到济南，参加了平津流亡同学会。后因在济南生活无保障，夏云超回到了荣成，住在其兄夏岳五的“崇德药房”里。经大哥介绍，夏云超结识了中共荣成城里支部负责人曹漫之、李耀文等人，在他们的直接教育影响下，思想觉悟提高很快，对中国革命和中国共产党有了深刻的认识。不久，夏云超便积极参加了中共荣成城里支部创办的河山话剧社荣成分社活动，经常随同剧社下乡进行抗日宣传。同年冬，夏云超到窑上村小学任教，在学生中传播爱国主义思想，积极参加油印传单、张贴标语和传递情报等革命活动。
1938年1月18日，曹漫之、李耀文奉命率领埠柳乡校起义的队伍西上文登县大水泊镇，与山东人民抗日救国军第三军会合，被编为“三军”第十一大队。同年4月，在曹漫之的推荐下，“三军”决定抽调夏云超到部队做军医。到了部队后，夏云超多次亲临战场，冒着战火，勇敢抢救和运送伤员，屡受部队首长的表彰。当时部队的医疗条件极差，夏云超就把重伤员转送到大哥的“崇德药房”治疗。“崇德药房”当时被誉为“三军”的“后方医院”。
1938年9月，“三军”奉命与掖县三支队在掖县沙河镇合编，改番号为八路军山东纵队第五支队，并在黄县大姜家村成立了胶东抗日部队第一个后方医院。此时，夏云超加入了中国共产党，并被任命为院长。创办医院，条件简陋，人员不足，面临很多困难。为改变被动局面，夏云超决定以培养政治坚定、技术优良的医护人员为宗旨，对医务人员进行培训。整个培训工作完全由他一个人承担，既当院长，又当教员，一身二任，手把手地传授技术，成为医护人员的良师益友。在培训中，夏云超还特别重视理论联系实际，让学员们在战争中服务，在服务中学习，突出强调“有医生在，就有伤员在”的舍己为人精神。经过半年多的时间，夏云超把各医务所医护人员轮训了一遍，使全院医护人员的政治、业务都有了很大提高。与此同时，夏云超又经常深入到驻地老百姓家中访贫问苦、看病治病，很受群众的尊敬和爱戴，当地群众都说：“八路五支里出了一个‘华佗’。”
1940年9月，山东纵队第五支队改编为山东纵队第五旅，夏云超升任旅部卫生处处长兼政委，随部队转战胶东各地，参加了无数次重大战斗。1942年冬，日伪军两万多人对胶东抗日根据地进行大规模的“拉网扫荡”。为了保证部队伤病员的安全，卫生处奉命在日伪“扫荡”之前，对已疏散在各地的伤病员普遍进行一次大检查。夏云超亲自到马石山一带村庄，检查伤病员的生活、治疗和备战设施情况。12月30日，日伪军突然将包围圈紧缩到马石山一带，把数千名干部群众包围在方圆不足40里的圈子里。24日，夏云超和警卫员在这次战斗中掩护群众突围时，不幸被一小股敌人包围。夏云超坚定勇敢，伏在地堰上一面用手枪向扑过来的敌人射击，一面强令警卫员往外突围。当敌人终于围拢上来时，他宁死不作俘虏，饮弹自尽，年仅25岁。
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