马保三1924年加入共产党，1926年，中共寿光县委成立，任县委宣传委员，并负责寿光的农运工作。1927年大革命失败后，马保三出走东北，参加了东北的抗日斗争，后返回家乡。1933年，马保三因叛徒出卖，被捕入狱，1934年交保释放，并被群众推举为湖东乡乡长。
1937年七七事变后，马保三在牛头镇举办农民夜校，组织青壮年进行军事训练，为建立抗日武装培训骨干。10月上旬，鲁东工委组织委员张文通赶回寿光，向寿光县委传达了山东省委关于分区发动抗日武装起义的决定和鲁东工委的指示。寿光县委在马保三家召开了扩大会议，确定建立人民抗日武装，并成立了军政委员会，马保三被推选为军政委员。会后，年近半百的马保三积极投入到组织抗日武装准备工作中。他家成了接待站、会议场所、印刷所，把家里多年积攒的粮食和柴、油拿出来无偿使用。一个多月的时间，他组建了一支30多人的抗敌后援队。针对队伍缺乏枪支弹药的情况，11月中旬，马保三派人截取了羊角沟警察局运往县城的一批武器和弹药。不久，又缴获了羊角沟盐务局的30多支步枪，收编了一股土匪，得到10余支枪。
12月下旬，日军渡过黄河进入山东腹地，国民党主力部队仓皇撤走，国民党寿光县政府大小官员也急于溃逃。12月29日，中共寿光县委命令在王高、台头、洋头、南河、大坨、崔家庄、城南等地拉起的抗日武装迅速到牛头镇集结，宣布武装起义，成立八路军鲁东抗日游击队第八支队，马保三任司令员。在马保三的主持下，部队进行了整编，共编为4个中队和特务队、骑兵连、文艺宣传队，共700多人，500多支枪。1938年1月上旬，红军干部韩明柱和鲁东军事工委委员杨涤生来到牛头镇，加强了八支队的领导力量。根据韩明柱的建议，按红军的编制对八支队进行了整顿，马保三任指挥，韩明柱任副指挥，张文通任政治委员， 杨涤生任政治部主任。为了提高部队的军事技能，马保三委托韩明柱对部队进行了严格训练。韩明柱耐心地教战士们学习射击、刺杀、队列等军事科目，很快使部队掌握了基本的军事技能。经过短期训练后，八支队从牛头镇辗转寿光各地，继续发动群众， 宣传抗日。2 月3 日，部队南进到罗桥村一带。
当时，日军占领了胶东大部分地区，沧潍公路已成为日军输送军队和物资的重要通道，几乎天天都有日军车队经过寿光县城。为了打击日军的嚣张气焰，鼓舞部队的士气，锻炼部队，八支队负责人决定，伺机袭击日军车队。韩明柱立即派人仔细侦察了敌情，根据日军的活动规律和地形，决定在寿光城南三里庄打伏击。2 月4 日晚上， 寒风刺骨，韩明柱带领挑选的四五十名队员悄悄来到寿光县城南关。拂晓前，在当地向导的引导下，韩明柱查看地形，分析敌情，制定作战方案，进行设伏部署。然后部队埋伏在三里庄东公路旁的沟里，专等日军汽车的到来。天刚蒙蒙亮，3 辆日军汽车从远处开来。开头是一辆卡车，跟着是一辆中吉普，后面又是一辆卡车。韩明柱料定中吉普里坐的是日军的指挥官。于是，他命令放过第一辆，打第二辆。这次战斗，共击毙日军3 名，缴获中吉普1 辆，长短枪各1 支，指挥刀2 把，还有一部分军用物资。
这一仗，提高了人民群众的抗战信心，迅速扩大了共产党和八路军的政治影响。人民群众纷纷携带过春节的各种食品前来慰劳部队，并有许多青壮年当场报名参军， 八支队迅速壮大起来。
1938 年3 月，鲁东工委决定，八支队去昌邑、潍县，与七支队会师，扩大武装， 协同作战，打开昌邑、潍县的抗日局面。此时，八支队扩大到近2000 人、1000 余支长短枪。23 日，八支队离开寿光付家庄开始东进。26 日，八支队到达昌邑瓦城，与七支队胜利会师。
八支队到达昌邑后，为了鼓舞士气，打击日军，扩大影响，决定和七支队联合攻打柳疃日伪军据点。由七支队负责人张鸿礼、刘光汉带领七支队的一、三大队和八支队的一个大队攻打柳疃；由韩明柱率领骑兵队和八支队的三、五大队，埋伏在昌柳公路两侧打援。4 月2 日拂晓战斗打响，进攻部队很快突破城墙，冲进镇内，但遇到了日伪军的疯狂阻击。七、八支队武器差，缺乏攻坚经验，战术单调，被迫退出战斗。
4 月4 日，中共鲁东工委在龙池召开了第七、八支队大队长以上干部会议，讨论两个支队的合编和今后的行动方向。会议决定成立八路军鲁东游击指挥部，马保三任指挥，鹿省三任政委，韩明柱任副指挥，统一指挥第七、八支队。同时决定东进胶东，与中共胶东特委领导的山东人民抗日救国军第三军共同建立山区根据地，开展胶东山地游击战争。7日，政委鹿省三被隐藏在队伍中的敌对分子杀害。马保三等支队领导人清除了敌对分子，稳定了队伍。10日，合编后的七、八支队到达掖县沙河一带时，中共胶东特委副书记吕志恒、掖县县委书记张加洛等前来迎接。双方举行了互通情报的联席会议，决定为了遏制胶东各地的土顽投降势力，七、八支队继续东进。
七、八支队到达黄县后，首先同三军驻黄县城里的隐蔽武装共同协作把黄县旧政府的一部分武装围困缴械，得枪200余支，解放黄县城。5月中旬，胶东特委、三军、八支队、掖县三支队负责人在黄县举行了联席会议，决定由三军、八支队、三支队组成“胶东抗日联军”，以统一指挥胶东地区的八路军部队，由马保三任指挥，林一山任政委，韩明柱任副指挥。会后，马保三帮助三军把分散在文登、荣成、蓬莱、黄县、乳山等县活动的地方武装集合起来进行整顿，统一编制，健全组织，配备干部。其后，七、八支队配合三军和掖县三支队，参加了反击顽军张金铭部的战斗，在夏邱堡一带两次歼灭张部数百人，并协助掖县三支队平息了内部发生的国民党顽固分子阴谋发动的叛乱，使蓬（莱）黄（县）掖（县）抗日根据地连成一片，三军和掖县三支队建立了稳固的战斗基地，提高了三军的战斗力。在胶东期间，八支队的武器装备得到了补充和改善，发展到4000多人，编为10个大队(包括机炮大队、特务大队)，3个区队，还有1个骑兵连。
6月中旬，胶东抗日联军接到省委指示，要求七、八支队迅速西进清河地区。下旬，马保三率领七、八支队告别第三军和掖县三支队，从黄县挥师西进。部队进入掖县北部时，根据上级指示，为了加强部队的统一领导和指挥，马保三对部队进行了改编，撤销了第七支队番号，原第七、八支队统称第八支队。马保三任八路军第八支队指挥，韩明柱任副指挥。其原辖的8个大队编为一、三、五3个区队。
8月下旬，八支队西行至淄博、桓台、邹平、长山一带，与坚守在清河地区的三支队在卫固街会师。在此地区的国民党土顽部队得知八支队到来后，召集了大小13个司令在焦家桥村开会，图谋趁八支队立足未稳之际，联合袭击八支队。八支队得知情报后，决定先下手为强，在三支队的配合下，全歼守敌，击溃了专事反共摩擦的王尚志等13股土顽，将其驱逐到了小清河以北。这次战斗解除了土顽对三支队的夹击，为创建清河抗日根据地奠定了基础。10月8日，八支队副指挥韩明柱在蒙家庄伏击日军时牺牲。马保三闻讯后，悲痛至极，老泪纵横，哽咽着对周围的同志说：“党失去了一个好同志，我失去了一个好战友，这是最大的损失！”在韩明柱的殡葬仪式上， 马保三号召全体指战员以韩明柱副指挥为榜样，奋勇杀敌，抗战到底。
韩明柱牺牲后，省委命令八支队越过胶济铁路，进入鲁中山区开辟抗日根据地。马保三与支队其他领导人研究后决定分两路南下，一路由政委张文通率队，一路由马保三率队。十三大队行至临淄城北龙田坞时，一股日军在此烧杀抢掠。十三大队大队长孙善卿率六十五中队冲向龙田坞村，在村南洼地与日军展开激烈战斗。由于地形不利，全队被日军包围，经反复冲杀，大队长孙善卿牺牲，剩下7 人仍然死守阵地。马保三得知消息后，立即派人收拢受伤人员，埋葬牺牲指战员，将孙善卿的遗体送回老家。孙善卿在老家殡葬时，马保三送去挽联：“奋勇杀敌不顾白发老母，为国尽忠哪管黄口婴儿。”
1939 年春，八支队与临朐、沂水、博山3 县的抗日武装整编为山东纵队第一支队， 马保三任司令员，钱钧任副司令员。6 月，马保三率部与二、四支队协同作战，粉碎了2 万多日伪军对沂蒙山区和泰山区的大规模“扫荡”。8 月，一支队奉命经淄河流域进入临朐县境内，担负起保卫沂山、鲁山根据地的任务，并伺机向安丘、昌乐地区发展，以扩大鲁中抗日根据地。10 月27 日，驻青州、临朐城的日伪军300 人偷袭驻五井的一支队部队。钱钧率部张网以待，待日伪军逼近后，突然猛烈反击，并迂回包抄，两面夹击。伪军溃不成军，狼狈逃命，日军依托武器精良固守莲花山制高点顽抗。马保三率机炮连前来增援，经过半个多小时的激战，全歼日军1 个小队。《大众日报》称此次战斗是“山东抗战两年来最模范的战斗”。
1940 年7 月山东省各界代表大会召开，马保三被选为山东省临时参议会副议长。从此马保三离开了山东纵队一支队，到省临时参议会工作。马保三根据党的政策，结合山东抗日根据地的实际情况，领导和参与了制定民主选举法、双减法、婚姻法、财经法，使山东抗日根据地的工作有法可循。为了战争的需要，他领导群众积极开展“双拥”活动，密切军民关系。他亲自到基层调查研究，帮助各地建立各级政权，发动群众开展大生产运动，开荒种菜，纺线织布。
1949 年6 月青岛解放后，马保三被任命为青岛市市长。中华人民共和国成立后， 马保三先后任山东省政协副主席, 全国政协常委，省委统战部部长，中共山东省第一、二届委员会委员。1964 年2 月15 日病逝。（田同军）
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