1929年7月，在太原上学期间，高克亭加入了中国共产党。1931年初，任山西革命互济会党团书记，从此开始了职业革命者的生涯。8月下旬，因叛徒出卖，高克亭不幸被捕入狱，被判为无期徒刑。
1937年七七事变后，高克亭经党组织营救出狱，随即投入到抗日斗争中。在组织的安排下，他来到延安，在陕甘宁边区党委组织部任统计科科长。1938年4月，中共中央为加强山东党的领导力量，建立稳固的抗日根据地，决定从延安选调大批优秀干部到山东工作。郭洪涛率领近50名干部乘汽车经西安，于5月到达山东。高克亭和马千里在随郭洪涛来山东途中，因带了10多匹马分头启程，被国民党方面阻滞，又返回延安。同年8月，高克亭再次随张经武、黎玉一行来到山东抗日前线。
高克亭到山东后，被分配到苏鲁豫皖边区省委组织部任组织科科长，并分管蒙阴、泗水等县的工作。1939年2月，山东分局派高克亭带领一个工作团到鲁东南地区开展工作，主要任务是组织抗日自卫团。3月，高克亭任鲁东南特委（不久改称山东第一区党委五地委）书记。鲁东南特委管辖莒县、日照、诸城、胶县、赣榆等县和高密到胶县的铁路以南一带的工作。高克亭到任后，克服种种困难，充实健全了特委和各级党组织。为加快建设鲁东南抗日根据地，鲁东南特委一是广泛发动群众，建立各种群众抗日团体。特委于5月组织了有100多人的民运工作队，高克亭任队长，下设莒南、莒北、日照、诸城4个分团。在普遍建立自卫团的同时，还相继建立了农民救国会、青年救国会、妇女救国会、儿童团等群众抗日团体。二是大量发展党员，扩大党的组织。到1940年下半年，全区建立起了19个分区委、75个党支部、1100多个党小组，拥有党员5000多名。三是进一步发展抗日武装。除建立了地委（特委改为五地委）特务营外，还在莒南、莒北、日照、诸城等县建立了县大队或独立营，每个县大队或独立营有一二百人不等。四是大力开展统一战线工作。为了粉碎鲁东南地区国民党顽固派及地方封建势力制造的摩擦，向地方士绅名流反复宣传共产党抗日救国主张和政策，指明抗战必胜的前途，争取他们参加抗战。团结国民党赣榆县长朱爱周共同抗日就是一个成功范例。
1940年7月，第一区党委成立，林浩任书记。第一区党委下辖第一、二、三、四地委，鲁东南特委改为第五地委，高克亭任书记。地委成立后，主要工作是着手建立抗日民主政权，先后建立了莒县、日照的抗日民主政府，同时还建立了一批区、乡、村的抗日民主政权。
在军事斗争方面，主要进行了反顽和打击反动会门“万仙会”的斗争。“万仙会”是在日伪和国民党顽固派庇护下产生的一个封建迷信的会门团体，它的总头目是莒县汀沟的大地主、汉奸于经武。“万仙会”在莒、日山区设了11个总分会，会徒最多时高达2万余人，他们袭击八路军的部队休养所，杀害伤病员、地方工作人员和家属，甚至纠集数千名会徒进攻五地委机关。鉴于严峻局势，鲁东南军政委员会从一支队二团、九支队和地委特务营抽调7个战斗力较强的连队，于7月下旬对“万仙会”进行反击，重创了“万仙会”。8月，又对日照土顽李延修部进行了反击。不久，山东纵队二旅主力进入鲁东南地区，扭转了该地区的局势。
1940年5月，山东军政委员会决定将原一区党委分建为鲁中、鲁南两个区党委。10月，鲁中区党委（又称七区党委）宣布建立，霍士廉任区党委书记。11月，高克亭调任鲁中区党委宣传部长。到任后，高克亭建立健全了宣传教育机构，培养了宣传教育干部，开展了各种宣传教育活动，办了十几种党刊、报纸。开办了各种党内外积极分子训练班，向广大党员干部和群众进行广泛的抗日救亡宣传，树立抗日必胜的信念。同时，还进行了共产党员的党性教育、气节教育和政策教育，规定机关干部必读《论持久战》《论共产党员的修养》《怎样做一个共产党员》《联共（布）党史》等几本书，提高了党员干部的理论水平和个人道德修养。宣传部还重点抓了鲁中区党校的工作，区党委负责人都兼党校的一至两门课，高克亭和区党委书记霍士廉都到党校讲过课，为根据地建设培养了大批骨干。
进入1941年后，日军加紧了对共产党领导的敌后抗日根据地的“围剿”，抗日战争进入困难时期。11 月，日军经过长期准备，调集5 万余人，对鲁中沂蒙山区发动了多路、多梯队的空前规模的“铁壁合围”大“扫荡”。在艰苦的反“扫荡”斗争中，鲁中区党委始终在中心区坚持斗争，领导组织群众反“扫荡”。区党委机关人员绝大部分分散活动，以缩小目标并帮助基层党组织开展斗争。高克亭和区党委组织科长李成仕等几个人带领一个公安武装班在沂南汶河一带打游击，后又插到泰南区，一度转移到泰山区。他们一路上了解情况，帮助各地反“扫荡”，总结反“扫荡”的经验。1942 年春，高克亭改任组织部长。在1942 年和1943 年的反“扫荡”斗争中， 高克亭多次冒着生命危险，到泰山区和泰南区的接敌区和敌占区检查指导工作，组织领导党员干部开展反“蚕食”、反“自首”斗争，有时一夜就要到好几个村庄开会指导，给这些地区的干部很大鼓舞。1944 年6 月，高克亭兼任鲁中区党委城工部部长， 主持和领导了在胶济铁路、津浦铁路沿线，以及济南、淄博、新汶矿区的秘密工作， 成功地建立了十几个秘密工委，发展了数百名党员，联系和培养了一大批抗战积极分子，并派出多支精干的武装工作队，配合地下党组织打叛徒，锄汉奸，打击了日伪军。
1942 年3 月，中共中央政治局候补委员、华中局书记刘少奇受中央和毛泽东的委托，来山东检查指导工作。刘少奇肯定了山东工作成绩，同时批评山东分局在减租减息斗争中不重视发动群众，和平“双减”，忽略斗争中发动组织基本群众，树立基本群众优势。5 月下旬，鲁中区党委在沂南安乐庄召开会议，传达学习了刘少奇的指示和山东分局《抗战四年山东我党工作总结与今后任务》，研究部署了在鲁中区开展以“减租减息，增加雇工工资”为主要内容的群众运动。高克亭与区党委其他负责人一起参加和领导了鲁中区的减租减息群众运动。在“双减”试点取得经验的基础上， 鲁中区各级党组织运用莒南大店和沂水埠前庄的经验，全力开展了减租减息运动。到年底，鲁中区的减租减息工作取得了初步成果，全区共减租粮14.9 万斤，减息粮2.5 万斤、款15071.8 元，增资粮50.5 万斤、款4875 元，使广大农民在经济上得到了实惠， 政治上得到了鼓舞，提高了阶级觉悟。
1943 年4 月3 日，中共中央发出《关于继续开展整风运动的决定》，山东分局据此于4 月18 日发出《关于重振整风学习的指示》，规定整风为山东的四大任务（对敌斗争、经济建设、群众工作、整风）之一，而且是保证其他三大任务实现的决定性任务。6 月1 日和22 日，山东分局连发两次补充指示，使山东的整风运动掀起热潮。鲁中区党委成立了学习委员会，罗舜初任学习委员会书记，霍士廉、高克亭先后任副书记。学习委员会以指导中心组学习为重点，带动一般学习组。为了适应敌后分散性游击战争的具体环境，一般以3至5人为一组，平时实行每天两小时学习制，青纱帐期间实行半日学习制，每个人都要写好学习笔记和发言提纲。6月，高克亭主持召开了各地、县委组织部长会议，传达了中共中央的22个整风学习文件，培养组织领导整风学习运动的骨干，会议举行了两个月的时间。11月，鲁中区党委和军区又发出了关于开展整风学习的指示，强调这是今后一年的重要工作任务之一。为了贯彻区党委的指示，高克亭再次来到泰南区，向地委传达了区党委和军区的指示要求，检查并部署了当地开展整风学习的活动，组织大批干部到党校轮训，并开办了整风训练班，培训县、区整风骨干。在整风过程中，区党委重视对党组织的整顿恢复工作，在被敌伪化的地区，结合对敌斗争，发动群众，对党员进行严格审查，妥善处理“自首”的党员。结合整风，开展了对支部的整理改造工作，保证了党支部中贫雇农成分的党员占优势，进一步增强了党支部的战斗堡垒作用。
1944年，山东抗日根据地的形势明显好转，年初，山东分局、八路军山东军区作出对敌斗争的全面部署：抓住时机，积极主动地对敌人发起局部反攻。根据山东分局和山东军区的指示，鲁中军区展开了1944年夏季攻势，攻克沂水城就是其中一次突出的战斗。沂水城是日军深入沂蒙抗日根据地腹地的大据点，对鲁中区抗日根据地危害极大，鲁中军区决定拔掉这颗钉子。由于鲁中军区司令员王建安在山东军区开会，便由军区政委罗舜初、参谋处长胡奇才、组织部主任周赤萍、鲁中区党委副书记高克亭共同研究了作战方案。8月15日，鲁中军区部队对沂水城发起攻击，首先解决了伪县长为首的1000多名伪军。经3天激战，击毙城内日军31人，俘虏20人，毙伤从莒县增援的日军11人。延安《解放日报》发表了题为《山东捷报》的社论，称誉这次战斗是1944年我军敌后攻坚战的模范战例。9月3日，鲁中军区部队在草沟、葛庄设伏，经一天半激战，全歼日军第五十九师团四十三大队（草野清大队）300余人，其中俘日军31人，毙伤俘伪军1300余人。这是山东八路军继1939年梁山战斗后又一次全歼日军一个大队的战例。1945年春，鲁中军区发起了更加猛烈反攻，先后攻克泗水、蒙阴县城，在济南近郊的历城、仲宫、章丘等地不断歼灭日伪军。在粉碎了日军5月进行的大“扫荡”后，日军对鲁中抗日根据地再也无力发动大规模的“扫荡”了。
到抗日战争胜利前夕，鲁中抗日根据地拥有5个专署、26个县抗日民主政府，面积占全区面积的76.5%，村庄占全区村庄总数的88.3%，人口占全区总人口的81.35%。
解放战争时期，高克亭先后任鲁中区党委第一副书记兼军区第一副政委，鲁中南区党委第一副书记兼军区第一副政委、书记兼军区政委。中华人民共和国成立后， 高克亭先后任中共中央山东分局副书记、山东省副省长等职。1958 年底，调青海工作，先后任副省长、省委书记兼监委书记等职。中共十一届三中全会后，高克亭又重新回到山东工作，先后担任山东省委常委、省革委会副主任、省委书记、省政协主席、省顾委主任等职。1998 年3 月17 日，高克亭在济南逝世。（田同军）
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