段君毅早年在聊城省立第二中学读书，1931年赴北平求学，1932年考入中国大学政治经济系。1936年加入中国共产党，先后任中共中国大学支部书记、北平市西区区委书记，10月赴上海，担任中国学生救国联合会执行委员会主席。1937年12月，段君毅到达延安，进入中央党校12班学习。
1938年4月，中共中央决定郭洪涛从延安带领段君毅等近50名干部到山东工作。临行前，毛泽东、刘少奇、陈云等分别接见了他们。5月上旬，郭洪涛一行到达山东泰西地区，先在东平县宿城镇接见了东平县工委书记万里和宣传委员强仁普，听取了他们的工作汇报。随后，到达泰安九区的边家院镇，听取了泰西人民抗敌自卫团主席张北华的汇报。郭洪涛决定留下段君毅、何光宇、孙光等5人组建中共泰西特委，段君毅任书记，孙光任组织部长，万里任宣传部长，张北华任军事部长兼自卫团主席。
泰西特委成立后，段君毅经过调查研究，发现该地的党组织和政权组织都比较薄弱，即使在自卫团中党的组织也是如此。自卫团的17个大队虽然多数有党员，但只有个别大队建立了党支部。针对泰西的实际情况，首先集中力量抓了自卫团的整顿和部队及地方的党建工作。特委认为，要把自卫团整顿好、巩固住，必须加强党对军队的领导，在部队中发展党员，建立党组织。将抗战前失掉组织关系要求恢复的，经审查后一律恢复党的组织关系，团员要求转党的，经审查合格一律转为党员；凡抗战前在党的领导下搞过学生运动，蹲过国民党监狱的进步青年学生首先吸收入党，使自卫团有了党的骨干。把自卫团各大队教导员、中队指导员和大队长、中队长作为第一批党员发展对象，凡具备条件的就吸收入党，少数不具备条件的就予以调换。经过几个月的努力，使自卫团各大队和中队的政治、军事领导职务都由共产党员担任。同时，特委根据古田会议精神， 把支部建在连上，在各大队建立了党支部。各支部在班长、战士中发展了一大批党员， 增加了部队基层党的力量。特委还在北仇、边院等村举办了数期党员培训班，培训党员、政工干部，从而使军队的思想政治工作大为加强，战士的思想觉悟有很大提高， 部队战斗力进一步增强。
在进行党建工作的同时，段君毅还主持对自卫团进行整顿。自卫团创建初始，凡是抗日的都收编，虽然吸收的绝大多数都是爱国的青年学生和农民，但也卷进来一些不良分子。有些大队、中队多是以区乡范围和亲朋关系组织起来的，往往带有较强的山头主义和宗派观念，影响了部队的统一指挥和战斗力的提高，因此必须加以整顿。鉴于这一问题，特委进行了认真的分析研究，制定了整军方案。首先调整充实了团部的领导力量，调整和加强了自卫团的领导班子，张北华任自卫团长，任命红军干部何光宇为自卫团副团长，负责军事指挥，派孙光任自卫团组织部长，万里任宣传部长。遵照郭洪涛关于建立基干武装的指示，按照各大队不同情况分别进行了整编。对出身、历史比较复杂的人员，只要坚决抗日，愿意接受党的领导，都一律团结，工作中予以信任支持和善意的帮助，调动了他们的积极性。同时对部队进行政治思想和纪律教育， 对混入革命队伍而恶习未改、为非作歹的坏人，则坚决地进行了清除。如处决了为报私仇杀害战士并抢劫老百姓财物的先锋连连长杜光举和副连长杜光和，严明了军纪， 使部队更加纯洁，面貌焕然一新。
特委还大力开展了地方的党建工作。在全地区6 个县中，只有东平县建立了党的县工委，各县均未建立起党的领导组织。为了促进各县党的建设工作，段君毅赴长清等县视察，针对党员多在部队的情况，向当地干部传达了《中央关于大量发展党员的决议》，要求部队党员到地方工作，军队和地方都要做好发展党的工作，加强政权建设，发展党员要防止拉夫式的做法，严防汉奸、阴谋家和投机分子混入党内。
经过一段时间的努力，各县党的组织得到较快发展，先后建立了泰安（西）、肥城、长清、平阴、汶（上）东等县委或工委，从自卫团中抽调得力干部到地方担任县委书记。各县委建立后，在基层大力发展党员，自卫团也通过各种方式帮助地方发展党员。在各县党员数量增加的基础上，一些地方建立了区、乡、村党的组织。到1938 年底，泰西地区的整党、党建工作取得了明显成效，群众有了初步发动，抗日武装得到巩固和发展，泰西抗日根据地的雏形基本形成。
1939年1月15日，中共鲁西区委成立，张霖之任书记，段君毅任统战部长。鲁西区党委下辖泰西、鲁西、鲁西北3个特委，归山东分局领导。3月，八路军一一五师代师长陈光、政委罗荣桓率领师部一部和六八六团等组成东进支队进入鲁西。罗荣桓根据鲁西地区的形势，提出了“依（泰）山傍（东平）湖，向四周发展，建立泰西根据地”的任务。14日，鲁西区党委与一一五师师部联合组成鲁西军政委员会，罗荣桓任军政委员会书记。3月20日，段君毅在东平县常庄召开了泰西区抗日活动积极分子大会，罗荣桓在会上传达了中共六届六中全会精神，明确指示要加强政权建设，加强农会等群众组织，更好地发动群众开展抗日斗争。
根据罗荣桓的指示，段君毅带领鲁西特委，先后建立了泰安、肥城、东平、长清、平（阴）阿（城）、汶（上）宁（阳）6个中共领导的抗日民主县政府，其中，肥城县县长余会川、东平县县长周持衡、平阿县县长邹鲁风都是中共党员，由段君毅、张北华与国民党泰西专员郁仁治协商谈判后由郁仁治委任的。随后，在泰西地区6县又相继建立了动委会、自卫队、农会、工会、青救会、儿童团等群众组织。在同国民党顽固势力作斗争的同时，段君毅十分重视对泰西地区上层士绅、社会名流的工作，指定专人做红枪会的工作，亲自与红枪会头目谈话，争取和团结了他们中的大多数人。8月，鲁西军政委员会决定成立鲁西军区，杨勇兼任军区司令员，段君毅兼任独立旅副旅长、军区副司令员。1940年4月15日，鲁西行政公署成立，肖华任主任，段君毅任副主任。9月，段君毅接任主任。
从1940年起，日军对鲁西抗日根据地展开了多次残酷大“扫荡”，鲁西抗日根据地进入困难时期。7月，中共中央北方局和朱德、彭德怀给鲁西区党委及其领导人发出指示信，要求鲁西区党委要充分认识鲁西地区的战略地位，必须使之成为巩固的根据地。根据指示信的要求，段君毅提出要进一步加强民主政权建设，大力开展财经、文教和扩军工作，发动群众发展生产，参军参战，支援前线。为了完成扩军任务，段君毅在鲁西区党委主办的《灯塔》第20期上发表了署名文章，指出：“部队是我们打击敌人以致最后战胜敌人的支柱”，“扩大鲁西正规军、扩大鲁西军区武装是鲁西党，是鲁西每个党员的光荣任务”，“动员起来为完成扩军任务而斗争”。
扩军后，随着抗日部队的壮大和党政群组织的发展，所需供给、经费越来越多。
鲁西军政委员会专门设立了财经委员会，将财经工作置于党政军主要负责人的直接领导下，段君毅主持行署的财经处、粮食处、贸易处、交通处和鲁西银行工作。他率领有关人员制定了各种条例，加强了对上述工作的管理。为做到合理负担，以保护贫苦农民的抗战积极性，制定了《整理田赋地亩暂行办法草案》，规定人均一亩半地为起征点和三级累进税，使负担主要落到占户数30% 的地主、富农和富裕中农身上，一般中农和贫农的负担相对减轻。为禁止伪钞在根据地的流通和取缔土杂钞，发行了由鲁西银行发行的鲁西钞，90% 以上用于军队及地方党政群团的财政开支。对进出根据地的货物实行换货贸易，限制油料、棉花、布匹等军需民用生活必需品外流，并鼓励此类物资内进。积极自力更生发展经济，建立了许多生产、消费、信用合作社，开办了许多小型民用工厂。在此期间，段君毅在反“扫荡”率部突围时，在莘县苏村、马集战斗中受重伤，但他仍然带伤上马指挥战斗，带领行署机关人员安全转移。
1941 年7 月，冀鲁豫、鲁西两区合并为冀鲁豫区，建立新的冀鲁豫区委，张霖之任书记，段君毅任区党委执行委员、行署副主任和党团书记。此时，正是抗日战争最艰难时期，由于日伪军的残酷“扫荡”“蚕食”和经济封锁，冀鲁豫区抗日根据地面积日益缩小，粮食征收和财政收入锐减，军政供给困难。本年，冀鲁豫边区出现持续干旱，粮食严重减产，天灾人祸，给根据地造成严重灾荒。针对上述严重状况，段君毅同行署其他领导人一起，按照边区党委以生产救灾为基本方针的部署，发动群众开展救灾运动，加强了对敌经济斗争和经济、财政建设。行署千方百计从边区中心濮、范、观城三县调集了500 万公斤粮食。在部队和民兵协助下，用毛驴驮、小车推、人肩挑，冲破日伪军封锁，将175 万公斤粮食运到了鲁西北地区，将数百万公斤粮食运到了豫北沙区，缓解了上述地区的灾情。行署还采取各种措施，动员群众互济互助， 抗御灾荒。在各级党政群团机关中开展了“节衣缩食、支援灾区”的运动，号召工作人员节约一把米、一分钱。1942 年冬至1943 年春，百万灾民从豫北滑县、内黄沙区和冀南大名、清丰、南乐等重灾区涌进濮、范、观城三县地区，段君毅指示濮、范、观城三县动员群众为灾民腾房、捐款、募衣、献粮、送菜，并禁止地主富农乘人之危娶灾民妇女为妾，稳定了灾民的情绪和生活。
1942 年10 月，中共中央北方局相继调整了冀鲁豫党政军领导班子，黄敬任区党委书记，段君毅调任二地委书记、第二军分区政委。段君毅到任后，与军分区司令员曾思玉研究决定，首先加强昆（山）张（秋）地区的反“蚕食”斗争。昆张地区为濮、范、观中心区的东大门，沦为敌占区后，隔断了中心区与泰西、运东地区的联系，对中心区造成很大威胁。地委、军分区共同召开了党政军民干部会议，决定加强以吴忠为队长的昆张支队，以昆张支队为基础，将军分区部队和县大队分别组建成4个中队，灵活机动地打击日伪军，逐渐使这一地区由敌占区变成游击根据地。1943年2月，为了加强和巩固根据地，段君毅主持地委会议研究决定在鄄（城）北开展民主民生运动试点工作，结合进行整党、改造村政权、整顿民兵等工作。段君毅和地委副书记万里亲自带队到鄄北许堂参加鄄城县委召开的县、区两级干部会议，对运动进行直接指导。在启发群众阶级觉悟的基础上，建立了农民协会和妇救会、青救会、儿童团等群众组织，整顿发展了民兵。一批出身贫苦、有较高阶级觉悟的积极分子在运动中脱颖而出，加入了共产党，建立了党支部，成为群众运动的领导核心和战斗堡垒。其后，按照民主集中制的原则，建立了新的村政权。1943年秋，地委向全区推广了鄄北的试点经验，在全区开展了民主民生运动。
1944年5月11日，冀鲁豫、冀南两区合并为冀鲁豫区，原二地委改为八地委，段君毅仍任地委书记、军分区政委。12月开始，曾思玉、段君毅率领军分区部队和民兵对日伪军展开了连续攻势作战，先后进行了昆张、清丰、寿张、南乐、东平、阳谷等战斗。1945年6月20日，中共冀鲁豫分局决定建立中共豫东工委、冀鲁豫军区豫东指挥部和豫东办事处，段君毅任工委书记兼指挥部政委。8月中旬，冀鲁豫军区组成南、北、中三路大军，对日伪军开展大反攻。王炳章、段君毅指挥三个团组成南路大军，保障中路军对开封的攻击作战。9月，南路大军参加了收复菏泽的战斗，毙伤俘守敌4000余人。
1945年10月以后，段君毅历任晋冀鲁豫野战军第六纵队政委、冀鲁豫边区行署主任、晋冀鲁豫军区后方战勤总指挥部司令员、鄂豫区党委书记、军区政委，第二野战军司令部后勤部司令员兼政委、南京军管会委员兼财经接管委员会主任。
中华人民共和国成立后，段君毅先后任西南军政委员会财经委员会副主任兼工业部部长、党组书记，第一机械工业部副部长、部长，四川省计划委员会副主任、省革委会副主任、省委书记，出任铁道部部长、党组书记，中共河南省委第一书记、省革委会主任、省军区第一政治委员，中共北京市委第一书记、北京卫戍区第一政治委员，中共中央顾问委员会委员、常务委员。2004年3月8日逝世。（田同军）
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