1935年2月26日，长征途中，红12团参加回师遵义娄山关进攻战斗。1营为主攻营，战斗发起后，因进攻通路狭窄，队形密集，1营伤亡很大，进攻受阻。协同作战的2营长邓克明在战斗激烈时刻发现敌人没有占领娄山关右侧高地，遂指挥2营从右侧迂回，冲上高地，居高临下，用步枪、机枪和手榴弹侧击敌人，协同1营击退敌人反冲击，立下战功。继之，红12团与友邻一道乘胜追击，南北夹击，敌五家烈全师覆没。是日，在红3军团总部祝捷大会上，2营受到表彰和物质奖励。
2月27日，邓克明率红5、6两个连及红13团两个连，组成“爬墙队”，发扬连续作战的作风，黎明时分一举攻入遵义，为红军第2次占领遵义城打开了通路。
10月，红一方面军到达陕北。邓克明任11团代理参谋长。
11月，邓克明任12团团长。
11月21日，邓克明挑选12团273名战士参加直罗镇战役。一举突破敌军防线，冲入直罗镇与敌激战2小时，与友军占领直罗镇。
1936年10月，中国工农红军1、2、4方面军在甘肃会宁、静宁地区胜利会师。蒋介石调动260多个团的兵力，计30余万人，向红军大举进攻。从10月下旬开始，至11月22日止，我红军与敌军进行了山城堡战役。
11月21日下午，红1师13团首先向敌发起进攻，但因敌预先构筑了工事，火力猛烈，两次攻击均未奏效。
邓克明见此情况，随即主动向师长李天佑请战。接着，又向红1师师长陈赓请战，获准。他便带领2连（原模范红5连）支援13团战斗。黄昏时分，13团对敌发起佯攻，轻重机枪声、军号声和杀声震撼山谷。邓克明带领部队在茫茫黑夜中迅速迂回到敌人侧后，向敌阵地猛烈进攻。红军英雄、2连连长五永禄带领第一排生产自救突入敌阵地，消灭敌一个排，紧接着冲入敌营指挥所，击毙敌副营长一名。敌失去指挥，乱作一团。13团政委魏洪亮即率部突入敌阵地，浴血奋战，白刃格斗。残敌见大势已去，纷纷缴械投降。
是役，12团2连俘敌500余名，缴获枪支500余支，迫击炮2门，弹节约人力物力一大批。我2连仅伤亡10余人。
22日12时，山城堡战役结束。
1937年3月，邓克明进入延安抗日军政大学第2期学习6个月，任区队长。
1937年8月25日，红军主力改编为八路军，邓克明在“抗大“结业后调入八路军115师343旅686团3营任营长。教导员刘西元。
9月25日，八路军115师343旅686团首战平型关。
686团部署在东起小寨、西至土桥的乔沟一段。这是整个伏击日军“口袋”最关键的“腰身”地段。上午时许，日军进入“口袋”，枪炮齐鸣，鬼子被打得人仰马翻。战斗正在激烈进行时，林彪师长发现日军小股部队正在向老爷庙运动，遂令686团派一个营迅速抢占老爷庙制高点。李天佑团长即命令3营冲向公路北侧的老爷庙。
邓克明营长率3营在烟雾弥漫中冲上公路，与鬼子白刃格斗，刺刀闪光，枪托飞舞，怒吼声、爆炸声响彻山谷。博杀半小时，3营伤亡惨重，9连只剩下10余人，终于杀出一条血路，冲上了老爷庙，抢占北侧制高点。
立足未稳之时，邓克明手拿望远镜观察日军动向，突然一发子弹击中腹部，肠子流出来大半截。教导员刘西元叫他下去休息，他焦急地伸出右手，指着正在冲上来的鬼子，嗑动着嘴巴大声嚷嚷，却发不出半点声音。接着，他晕了过去。
之后，老爷庙争夺战愈演愈烈。115师除686团外，685、687团均有部队参加老爷庙的殊死博斗。老爷庙争夺战成为平型关大战中焦点中的焦点。
1938年1月，邓克明伤愈，调任115师补充团团长。
9月，中共中央和八路军总部决定调115师政治部副主任兼343旅政委萧华率一批干部去冀鲁边区。统一领导那里的抗日武装斗争。27日，成立了冀鲁边军政委员会，并将该地区部队整编为八路军东进抗日纵队，萧华任纵队司令员兼政治委员，邓克明任参谋长，符竹庭任政治部主任。随后，萧华率领旅部机关干部100余人由晋西南进抵山东省乐陵县。至1939年夏，纵队扩大至两万余人，开辟了津南、鲁北15介县的冀鲁边抗日根据地。
1940年3月，邓克明任115师鲁西黄河支队副支队长。7月，任黄河支队支队长，兼冀鲁豫军区参谋长。
10月下旬，根据八路军总部命令，115师成立鲁南军区，全师7万余人，编成7个教导旅。邓克明任教导第4旅旅长，兼湖西军区司令员。下辖10团、11团、独立3团，在鲁苏边区微山瑚以西地区开辟了以丰（县）沛（县）为中心的抗日根据地。
1942年冬，邓克明率教导4旅运用游击战术，在湖西地区开展“反日寇万人大扫荡”的斗争，保卫了地方政权和人民安全，保存了抗日军队的有生力量，歼灭日、伪军团500余人，取得了“反扫荡”的胜利。
1943年1月23日，邓克明奉命从山东单县出发，通过敌人封锁线，5月23日到达延安。
7月，在南泥湾疗养。
8月，入延安中央党校深造。编在中央党校第一支部6支部，任支部委员。
1945年4月，邓克明当选为中共“七大”代表，在延安参加了党的第七次全国代表大会。
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