1938年春,晋西北抗日根据地的牺盟岢岚中心为加强路西牺盟会工作,增派中共党员马孔智为忻县(西)牺盟特派员,协同县牺盟分会党支部书记张国声等人利用合法身份开展抗日救亡活动,宣传党的《抗日救国十大纲领》和抗日民族统一战线以及“有钱出钱,有粮出粮,有力出力”的合理负担政策,建立健全了区、村牺盟组织,组建了各级农、青、妇、工等抗日救国团体,培养了一批革命干部,派赴全县各地发动群众开展“四六分粮”、“一分减息”运动,从而在经济上初步削弱了封建地主的剥削,改善了农民生活,在政治上有力地调动了广大民众投身抗日的积极性。同时,广泛组织发动进步青年,为抗日部队输送兵员,并成立了忻县人民武装基干自卫队,很快打开了工作局面,受到当地民众的热烈拥戴。1939年7月,当地中共党组织和县牺盟分会通过多种斗争方式,轰走阻挠抗战、压制民众、劣迹斑驳的县长,经上层统战关系的运作,派他担任忻县(西)县长。但到9月,山西第八专署专员陈兴邦配合阎锡山反共分裂逆流,下令调离马孔智县长,并公开杀害牺盟会干部。为坚持进步,反对倒退,在中央地方组织的领导下,县牺盟分会一面在驻地寺平村召开群众大会,掀起声势浩大的“反陈挽马”运动,一面派出请愿团3次赴兴县向第七集团军总司令兼第2游击区行署主任赵承绶等展开说理斗争,强烈要求惩办勾结日军、制造,磨擦、贪污腐化的陈专员,挽留政绩突出、抗战有功的马县长。迫使阎锡山命令赵承绶将陈“撤职查办”,重新委任马为县长。“晋西事变”发生后他与县委书记张雪轩密切协作,进一步发动群众展开了反击顽固派的斗争,并成立20余人的武装工作团,逮捕了反动的县公安局长和3名“精建会”成员以及各区的顽固区长(有的连夜潜逃)。到1940年初,忻县(西)县,区政权均有共产党员和进步人士所掌握。1941年起,他被调任晋西北(晋绥)行署六专署专员。六专署辖宁武、静(乐)宁(武)、崞县(西)、忻县(西),地处对日斗争第一线,如何在敌后游击区发动群众组织群众发展生产,开展游击战争,是当时游击区普遍面临的迫切问题。1943年宁武新屯堡农会秘书兼民兵分队长张初元把变工组织和民兵组织结合起来,一边生产,一边打击敌人,创造了劳武结合的成功经验。抓住这一典型,六专署及时进行了总结、培养、推广。1944年1月晋绥边区召开的第三届群英会上。中共中央晋绥分局和晋绥行署向全边区推广了劳武结合的经验,推动了根据地对敌斗争和生产建设方面的工作。 1949年1月后,曾任晋南行署粮食局局长,川西行署委员,云南省人民委员会委员、省公安厅厅长。